Το αρχείο της οικογένειας Θεοδωράκη περιλαμβάνει στον πρώτο (1ο) φάκελο το αρχειακό υλικό που σχετίζεται με την οικογένεια Θεοδωράκη (γενεαλογικά δένδρα), τους Θεόδωρο και Αναστάσιο Θεοδωράκη (έντυπες διατριβές 1848, 1854) και τον Δημήτριο και Αναστασία Θεοδωράκη (εφημερίδες με λόγους και άρθρα του Δημητρίου, βιογραφικά στοιχεία και ψηφίσματα για το θάνατό του κ.ά.)
Στον δεύτερο (2ο) φάκελο συγκεντρώθηκε το υλικό που αφορά τον Αναστάσιο και την Άννα Θεοδωράκη (τραπεζικοί λογαριασμοί, κατάλογοι βιβλίων και οικοσκευών, αλληλογραφία, προσωπικά έγγραφα, οικογενειακός τάφος Τομπάζη κλπ.)
Στον τρίτο (3ο) φάκελο συγκεντρώθηκαν τα τεκμήρια που αφορούν την αγορά, πώληση, κατασκευή οικίας, διαχείριση και εκμετάλλευση του οικογενειακού αγροκτήματος Καρελά στο Κορωπί Αττικής καθώς και τα φορολογικά και κληρονομικά ζητήματα που προέκυπταν από τις ιδιοκτησίες του κτήματος.
Στον τέταρτο (4ο) φάκελο συγκεντρώθηκε η αλληλογραφία και λογαριασμοί με τους δικηγόρους Μιχαηλίδη και Στράτη σχετικά με τη διαχείριση της ακίνητης περιουσίας της οικογένειας στην Αίγυπτο και ορισμένων οικονομικών ζητημάτων της Ελληνικής Κοινότητας Αλεξανδρείας.
Στους πέμπτο (5ο) και έκτο (6ο) φάκελο συγκεντρώθηκαν τα τεκμήρια που αφορούν τον Δημήτριο Θεοδωράκη (προσωπικά, οικογενειακή αλληλογραφία, φροντίδες για Ευάγγ. Αβέρωφ, σημειώσεις και οδηγίες για την οργάνωση και ταξινόμηση των εγγράφων του αρχείου του καθώς και όλοι οι τραπεζικοί λογαριασμοί για την παρακολούθηση των εισοδημάτων, της φορολογίας εκ κληρονομιών κλπ.