Μέχρι το Β’ παγκόσμιο πόλεμο, τα αρχεία του Στρατού παρέμεναν στους εκδότες τους ή σε φορείς του ενεργού Στρατού (επιτελεία, σχηματισμούς, διοικήσεις, μονάδες, σχολές και υπηρεσίες).

Κατά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, με την κατάρρευση του μετώπου το 1941 η κυβέρνηση κατοχής λόγω του κινδύνου απώλειας των αρχείων από τη γενικευμένη διάλυση των φορέων του Στρατού, προχώρησε με ρυθμιστικές υπουργικές αποφάσεις στη συγκρότηση της ΥΣΑ, με σκοπό να προωθηθούν εκεί όλα τα αρχεία των υπό διάλυση στρατιωτικών φορέων σε πρωτότυπη μορφή για ταξινόμηση και εκμετάλλευση.

Με ρυθμιστική Εγκύκλιο του ΓΕΣ το 1951, καθορίστηκε ότι στην ΥΣΑ θα αποστέλλονταν τα αρχεία μόνο των διαλυομένων φορέων του Στρατού. Το 1966 εκδόθηκε νεότερη ρυθμιστική υπουργική απόφαση, που προέβλεπε εκκαθάριση σε τακτική βάση όλων των αρχείων των φορέων του Στρατού και αποστολή τους στην ΥΣΑ. Στα αρχεία αυτά συμπεριλήφθηκαν στα τέλη του 1967 και τα ατομικά έγγραφα του στρατιωτικού και πολιτικού προσωπικού.

Η ΥΣΑ εφαρμόζει από το 1969 τη διαδικασία μικροφωτογράφισης για τους φορείς του ΓΕΣ, χωρίς καταστροφή των πρωτοτύπων. Η μικροφωτογράφιση, με αποδεικτική ισχύ και παράλληλη δυνατότητα καταστροφής των πρωτοτύπων, θεσμοθετήθηκε ως σύστημα αρχειοθέτησης επίσημα για όλο το δημόσιο τομέα το 1972.

Τέλος, η διαδικασία τήρησης των αρχείων του Στρατού συστηματοποιήθηκε με την ισχύουσα πληρέστερη ρυθμιστική υπουργική απόφαση του 2005.

ΑΠΟΣΤΟΛΗ
Η Υπηρεσία Στρατιωτικών Αρχείων έχει ως αποστολή την τήρηση των αρχείων του Στρατού Ξηράς και ορισμένων φορέων του ΓΕΕΘΑ (Σχολών, Υπηρεσιών) καθώς και των ατομικών εγγράφων όλων των στελεχών του Στρατού, του Δικαστικού Σώματος των Ενόπλων Δυνάμεων και των Κοινών Σωμάτων του ΓΕΕΘΑ, καθώς και των μονίμων πολιτικών υπαλλήλων του ΥΠΕΘΑ / ΓΕΣ.

Η ΥΣΑ παρέχει αρχειακό υλικό στο ΓΕΣ και γενικότερα στο ΥΠΕΘΑ και τους φορείς του, σε Δικαστικές και Αστυνομικές Αρχές, σε Στρατιωτικούς και Πολίτες, καθώς και σε λοιπούς δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς. Συνεργάζεται με τη Δνση Ιστορίας του Γενικού Επιτελείου Στρατού (ΓΕΣ / ΔΙΣ) και επιστημονικούς φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό.

Παράλληλα, είναι ανοικτή στην έρευνα του κοινού και δίνει στοιχεία από το μη διαβαθμισμένο αρχείο σε ενδιαφερομένους, μετά από αίτημά τους, εφόσον δεν εμπίπτουν στην προστασία των προσωπικών δεδομένων (συμπεριλαμβανομένων των ειδικών αρχείων του στρατιωτικού και πολιτικού προσωπικού). Η απομάκρυνση των αρχείων από τους χώρους της ΥΣΑ απαγορεύεται, πλην των ατομικών εγγράφων που αποστέλλονται για διοικητική / δικαστική χρήση. Τα έγγραφα διακινούνται αποκλειστικά από το υπεύθυνο προσωπικό.

Στο πλαίσιο του εκτελούμενου έργου η ΥΣΑ, μέσα από μία σειρά αλληλένδετων, συμπληρωματικών ενεργειών στοχεύει:

Στη διαφύλαξη του συνόλου του αρχειακού υλικού σε μορφή μικροφίλμ καθώς και μέρους του έντυπου υλικού με κατάλληλες συνθήκες αποθήκευσης.
Στη δημιουργία ψηφιακής βιβλιοθήκης όλων των αρχείων του Στρατού  και των μητρώων όλων των στελεχών του Στρατού.
Στην προβολή στοιχείων για τη Στρατιωτική Ιστορία σημαντικών χρονικών περιόδων.
Στην έρευνα του αρχειακού υλικού και την διάθεση του προς τους φορείς του Δημοσίου και το κοινό.
Στην άριστη εξυπηρέτηση του πολίτη και των Υπηρεσιών η οποία  έγκειται στην εύκολη και άμεση αναζήτηση πρωτογενών πληροφοριών  από κάθε ερευνητή και πολίτη στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
Στην ολοκλήρωση ενός μοναδικού, μεγάλης ιστορικής αξίας ψηφιακού πολιτιστικού αποθέματος και στην εύκολη πρόσβαση των ενδιαφερομένων σ' αυτό.
Στην προβολή και ανάδειξη σε εθνικό και παγκόσμιο επίπεδο της Στρατιωτικής Ιστορίας του Ελληνικού Στρατού, με τη χρήση Τεχνολογιών Πληροφορικής και Επικοινωνιών.