Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

Βιβλία τόμοι «Χρονικά της Χαλκιδικής», «Ο Ελληνισμός της Μ. Ασίας, του Πόντου, της Αν. Θράκης και η Χαλκιδική, 1912-1940», «Ο Αριστοτέλης και η Σύγχρονη Εποχή», «Πρακτικά του 1ου Πανελληνίου Συμποσίου Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Χαλκιδικής 1984», «Πρακτικά του 2ου Πανελληνίου Συμποσίου Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Χαλκιδικής 1987», «Πρακτικά του 3ου Διεθνούς Συμποσίου 1990», «Η οικονομική σκέψη των Αρχαίων Ελλήνων», «Η οικονομική σκέψη των Αρχαίων Ελλήνων», «Αριστοτέλης ο Σταγιρίτης», «Τα Εικοσάχρονα της Ι.Λ.Ε.Χ, 1960-1980», «Κατάλογος εκδόσεων Ι.Λ.Ε.Χ.», «Ι.Λ.Ε.Χ.», «Η Χαλκιδική τιμά τον Γ. Θ. Βαφόπουλο»

α) Έγγραφο 1
1834, Απριλίου 28
Κοινοποίηση της προκήρυξης για τη διάλυση της Γερουσίας από τον αρμοστή Gore Browne (Παλάτι Αγίου Μιχαήλ και Αγίου Γεωργίου, Κέρκυρα)
β) 1863, Ιανουαρίου 22
Επιστολή της πριγκίπισσας Koltzoff Massalsky (Λιβόρνο) προς την [Ελένη] Σκουζέ.
Το περιεχόμενο της επιστολής αναφέρεται εξ ολοκλήρου στην έκδοση του βιβλίου της για την ιστορία της Ελλάδας. Ο πρώτος τόμος, που τυπώθηκε στα γαλλικά, θεωρήθηκε από τους κριτικούς το πιο άρτιο έργο, καθώς και το πιο ευνοϊκό που γράφτηκε ποτέ για τους Έλληνες. Ο δεύτερος, που είναι στο στάδιο της εκτύπωσης, θα περιλαμβάνει τα γεγονότα από την έλευση του Καποδίστρια έως τη σύγκληση της Εθνικής Συνέλευσης με έδρα την Αθήνα. Το βιβλίο τελειώνει με προτάσεις για το μέλλον της Ελλάδας. Ακόμη, αναφέρει ότι της έστειλε τα άρθρα του A. Pommier και τελειώνει με ειδήσεις για την οικογένειά της.
γ) 1901, Ιουνίου 18 (1314 Ρεμπουλαχίρ 12)
Άδεια δικηγορίας, χορηγούμενη από το Υπουργείο Δικαιοσύνης στον πτυχιούχο της Αυτοκρατορικής Νομικής Σχολής Βασιλάκη Κελμπαμπά, για την άσκηση πρώτου βαθμού δικηγορίας στα οθωμανικά δικαστήρια.