Το Αρχείο του Χρίστου Αετού Τζιφάκι απαρτίζεται από έγγραφα που διατηρούσε ο ίδιος καθ’ όλη τη διάρκεια της ζωής του. Το προσωπικό αυτό αρχείο συμπληρωνόταν από έγγραφα που στέλνονταν στον ίδιο από τρίτους κατά τη διάρκεια της Μάχης της Κρήτης, της Εθνικής Αντίστασης και μετά την απελευθέρωση.

Το Αρχείο παρέμεινε στην οικία του στον Πρινέ Ρεθύμνης μετά το θάνατό του. Το 1982 ο γιος του Χρίστου Τζιφάκι, Αετός –απόστρατος ναύαρχος του Πολεμικού Ναυτικού–, το παρέδωσε στον ιατρό Νίκο Αλεξάνδρου Κοκονά από το Γερακάρι, ο οποίος το αρχειοθέτησε εκ νέου και συνέγραψε δύο μελέτες βασισμένες αποκλειστικά σε έγγραφά του: Αρχείο Χρήστου Τζιφάκη. Αυτοβιογραφία - Η Μάχη της Κρήτης, Αθήνα 1986 και Βρετανοί Κατάσκοποι στην Κρήτη, Αθήνα 1991, μελέτη βασισμένη στις 99 επιστολές Βρετανών κατασκόπων που βρέθηκαν στο Αρχείο Τζιφάκι.

Το 2005 ο εγγονός του Χρίστου Α. Τζιφάκι, Χρίστος Ν. Τζιφάκις παρέλαβε το Αρχείο από την οικογένεια Κοκονά και το κράτησε στο σπίτι του στην Αθήνα. Ύστερα από την προσωπική του γνωριμία με τον ιστορικό ερευνητή Κωστή Μαμαλάκη αποφάσισε να δανείσει το Αρχείο προς φύλαξη, ταξινόμηση και μελέτη στην Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών τον Αύγουστο του 2011. Η συμφωνία επεκτάθηκε το 2013.

Το Αρχείο φυλάσσεται στο Τμήμα Αρχείων και Βιβλιοθήκης του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης.