Κείμενα, σημειώσεις, έντυπα κ.ά. για ποικίλα εκκλησιαστικά και θεολογικά ζητήματα, «βιογραφία Φαρμακίδου» (φάκελος 39), διάφορα έγγραφα για τη δράση του (φάκελος 28), διπλώματα και «αλληλογραφία» (φάκελος 35).

Τριανταοχτώ επιστολές του Θεόκλητου Φαρμακίδη προς τον Μιχαήλ Καλλιφρονά με ενδιαφέρουσες αναφορές για την πολιτική κατάσταση και την καθημερινή ζωή στην Ελλάδα την περίοδο 1829-1833.