Το αρχείο περιέχει σειρές: αρχείο Π.Τ.Π. (Πρωτόκολλο Τελωνειακής Παράβασης), αρχείο διαφόρων υποθέσεων, αρχείο ανασυστάσεως παραστατικών, δικαστικό αρχείο, αρχείο τελωνειακών παραβάσεων λαθρεμπορίας, αρχείο μη δηλωθέντων, αρχείο εκτελωνιστών κ.ά. Επίσης περιέχει φακέλους που αφορούν το προσωπικό: δικαιώματα εκτέλεσης τελωνειακών εργασιών (ΔΕΤΕ), αποδοχές κά.