Αρχείο Εμμανουήλ Μπενάκη (1904-1929)
Γενική αλληλογραφία (1904-1927): αλληλογραφία μεταξύ Εμμανουήλ Μπενάκη και Μακεδονικού Κομιτάτου σχετικά με την προσφορά όπλων και πυρομαχικών για την ενίσχυση του Μακεδονικού Αγώνα (1904-1906). Επιστολές Αντωνίου Μπενάκη προς τον Εμμανουήλ (1907)· αντίγραφα επιστολών του Εμμανουήλ Μπενάκη προς διαφόρους σχετικά με χορηγίες και άλλα θέματα: επιστολές των : Ελευθερίου Βενιζέλου, Νικολάου Πλαστήρα, Θεόδωρου Πάγκαλου, Γεωργίου Κονδύλη, κ.ά.· επιστολές του Γιάννη Βλαχογιάννη σχετικά με την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» (1907-1921)· επιστολές αναφερόμενες στην αγορά της Βιβλιοθήκης του Γιάννη Ψυχάρη από τον Εμμανουήλ Μπενάκη (1915, 1923-1927).
Έγγραφα σχετικά με την υπηρεσία του Εμμανουήλ Μπενάκη στο Υπουργείο Γεωργίας (1911), καθώς και στη Δημαρχία Αθηνών (1914-1916)· καταθέσεις και απολογία του Εμμανουήλ Μπενάκη και άλλων μαρτύρων στη δίκη για τα Νοεμβριανά (1916)· έγγραφα σχετικά με τη λειτουργία και τη διαχείριση του Πατριωτικού Ιδρύματος, στο οποίο υπήρξε πρόεδρος (1912, 1917-1918).
Υπόθεση δολοφονίας Ίωνα Δραγούμη· ένταλμα σύλληψης του Εμμανουήλ Μπενάκη, ως ηθικού αυτουργού (1921).
Χορήγηση υποτροφιών σε άπορους φοιτητές, καταγόμενους κυρίως από τη Μικρά Ασία, προκειμένου να συνεχίσουν τις σπουδές τους στο εξωτερικό (1920-1925)· εισήγηση στη Βουλή για την ίδρυση σανατορίων (1923). Ευχαριστήριες επιστολές από διάφορα σωματεία και επιτροπές για χρηματικές δωρεές και αγαθοεργίες.
Αλληλογραφία Βιργινίας Μπενάκη (1919-1928).
Οικογενειακή αλληλογραφία: επιστολές Βιργινίας Μπενάκη, Αντωνίου Μπενάκη, Πηνελόπης και Στέφανου Δέλτα προς τον Εμμανουήλ Μπενάκη. Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1904-1925).
Τιμητικά διπλώματα και μετάλλια (1907-1927)· λογαριασμοί, αποδείξεις (1913-1928)· έγγραφα διανομής περιουσίας (1929)· έντυπα.

Αρχείο Αντωνίου Μπενάκη (1906-1954)
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη με τους: Κωνσταντή Σαράφη, Γιάννη Βλαχογιάννη, Κωνσταντή και Σταμάτη Χωρέμη σχετικά με την περισυλλογή των έργων του Αλέξανδρου και του Παναγή Σούτσου, καθώς και τη χρηματοδότηση της έκδοσης των «Απάντων» (1906).
Αλληλογραφία με τον Γιάννη Βλαχογιάννη, κυρίως για την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» και για τις αγορές ιστορικών κειμηλίων, εγγράφων και βιβλίων (1907-1927)· αλληλογραφία με τον Δημήτριο Καμπούρογλου και τον Χριστόφορο Νομικό για θέματα αγορών ιστορικών κειμηλίων, αρχείων κ.ά. (1911-1919). Αλληλογραφία με τους: Αδαμάντιο Αδαμαντίου και Στέφανο Πάργα για την προετοιμασία και την έκδοση βιβλίου Βυζαντινής ιστορίας (1923-1925).
Αλληλογραφία με τον Ελευθέριο Βενιζέλο για την ίδρυση του Φυτοπαθολογικού Ινστιτούτου (1929) και με τον Σπυρίδωνα Μαρινάτο για τις ανασκαφές της Αμισού (1932)· ευχαριστήριες επιστολές προς τον Αντώνιο Μπενάκη για δωρεές έργων τέχνης και χρημάτων από τα ιδρύματα: Βυζαντινό Μουσείο, Εφορεία Αρχαιοτήτων Μακεδονίας, Αγγλοελληνικό Σύνδεσμο, Αθλητικό όμιλο Κηφισιάς, Σχολή Καλών Τεχνών, Εθνική Πινακοθήκη, βιβλιοθήκη της Βουλής κ.ά. (1920-1945).
Δωρεές προς τον Ναυτικό Όμιλο από το 1935 έως το 1940.
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη, ως μέλους της Μονίμου Επιτροπής Διεθνούς Καλλιτεχνικής Εκθέσεως Βενετίας, με καλλιτέχνες, αρμόδιους φορείς, για τη συμμετοχή ελλήνων καλλιτεχνών στη Bienalle (1929-1953).
Έγγραφα σχετικά με τις Δελφικές Εορτές. Αλληλογραφία, λογαριασμοί, αντιμισθίες ηθοποιών και ορχήστρας, φάκελος δικογραφίας κατά του Μπούρλου (1929-1934).
Αλληλογραφία και δημοσιεύματα τύπου σχετικά με τον θάνατο του Ίωνα Δραγούμη (1935).
Αλληλογραφία αναφερόμενη στη διενέργεια εράνου για την αποστολή βιταμινών και ειδών ιματισμού στους δεινοπαθούντες Έλληνες, μέσω του Ερυθρού Σταυρού και της Φανέλας του Στρατιώτη (1944-1948).
Τιμητικά διπλώματα (1912-1947)· ομιλίες και δημοσιεύματα ύστερα από τον θάνατο του Αντωνίου Μπενάκη (1954)