Αρχειακό υλικό που αφορά τις αρμοδιότητες του Τμήματος Β΄ Διοικητικής Οργάνωσης και Νομοθετικού Συντονισμού: οργάνωση υπηρεσιών Υπουργείου, μεταβίβαση αρμοδιοτήτων, οργάνωση εποπτευόμενων νομικών προσώπων, επεξεργασία / εκτίμηση των αναγκών σε προσωπικό του Υπουργείου και των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και περιγραφή θέσεων εργασίας, μέριμνα για συγκρότηση υπηρεσιακών συμβουλίων πολιτικού προσωπικού ΥΕΝ, μέριμνα για τη συγκρότηση Διοικητικών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και Υπηρεσιακών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων, κωδικοποίηση νομοθεσίας, κοινοβουλευτικό έλεγχο. Περιέχονται φάκελοι και υπηρεσιακά βιβλία (κυρίως πρωτόκολλα αλληλογραφίας). Από τα νομικά πρόσωπα υπάρχουν φάκελοι που αφορούν, κυρίως, τον Οργανισμό Λιμένος Πειραιώς (ΟΛΠ) και τον Οργανισμό Λιμένος Θεσσαλονίκης (ΟΛΘ). Το αρχείο συγκεντρώθηκε στην Διεύθυνση Οργάνωσης και Πληροφορικής μετά την μεταφορά αρμοδιοτήτων της προκάτοχης Διεύθυνσης: Διεύθυνσις Οργανώσεως και Εκπαιδεύσεως (1977-1988).

Κανονικές εισπράξεις λιμενικών τελών, επιθεώρηση λιμενικών αρχών, καταγραφή ναυαγίων, Γενικές Συνελεύσεις ΟΛΠ και ΟΛΘ και φάκελοι διεθνών Οργανισμών και συναντήσεων.