Το αρχείο του στρατιωτικού διοικητή Ηρακλείου, Ανδρέα Νάθενα, περιλαμβάνει τα 4.000 επίσημα έγγραφα της Στρατιωτικής Διοίκησης του Νομού Ηρακλείου.

Περιλαμβάνει τα χειρόγραφα ποιήματα του ποιητή Γιώργου Σαραντάρη.

Ο θεσμός των «δημογεροντιών» ίσχυσε στα τελευταία σαράντα χρόνια της τουρκικής κυριαρχίας (1858-1900). Πρόκειται για ένα μόρφωμα θεσμού κοινοτικής αυτοδιοίκησης, στα πλαίσια των προνομίων που παρείχαν οι Οθωμανοί στους Χριστιανικούς κυρίως πληθυσμούς, για την αποφυγή έξαρσης εθνικών επαναστατικών αγώνων. Στη δικαιοδοσία τους αναγόταν η επίλυση προβλημάτων οικογενειακού και κληρονομικού δικαίου, καθώς και η επιστασία κοινωφελών καταστημάτων, σχολείων, νοσοκομείων κ.α. Οι δημογεροντίες παρενέβαιναν και στη διαχείριση των ορφανικών περιουσιών μέσω της Χριστιανικής Ορφανικής Τραπέζης.

Το αρχείο περιλαμβάνει χειρόγραφα απομνημονεύματα του ιδίου σχετικά με τα πολιτικά γεγονότα της εποχής 1860-1906 και την Κρητική Επανάσταση του 1896.

Το αρχείο περιλαμβάνει ονόματα αγωνιστών και ομάδων της Εθνικής Αντίστασης την περίοδο 1941-1944.

Το αρχείο του δημοσιογράφου, ιστορικού και εκδότη Ιωάννη Μουρέλλου, ο ρόλος του οποίου έχει συμβάλλει σημαντικά στην πνευματική ζωή και την ιστορία της Κρήτης εντάσσεται χρονικά στην περίοδο 1818-1962. Το περιεχόμενό του διαχωρίζεται σε δύο μέρη. Το ένα αναφέρεται στα κατοχικά χρόνια και τα άλλο αφορά στις Κρητικές Επαναστάσεις. Συνολικά περιλαμβάνει 23 φακέλους, οι οποίοι περιέχουν έγγραφα,αποκόμματα εφημερίδων, βιογραφίες οπλαρχηγών, ομιλίες, διαλέξεις, παροιμίες, φωτογραφίες και λογοτεχνικά έργα, κυρίως της εποχής της Τουρκοκρατίας. Το αρχείο τούτο μάλιστα εμπεριέχει και ένα μεγάλο αριθμό εκτελεσθέντων Κρητικών κατά την περίοδο της Κατοχής.

Το αρχείο του Κρητικού Ιωάννου Μάνα περιλαμβάνει οικονομικά βιβλία της εποχής και εκλογικούς καταλόγους της περιόδου της Κρητικής Πολιτείας.

Το αρχείο περιέχει χειρόγραφα ποιήματα, αυτοβιογραφικά στοιχεία, διορθώσεις, επιστολές του Μάνου Ελευθερίου καθώς και μια φωτογραφία από το σπίτι του ποιητή Τάκη Σπινόζο.

Το αρχείο περιλαμβάνει έγγραφα που συνέλεξε ο Δήμαρχος Ηρακλείου Μανόλης Καρέλλης.

Το αρχείο περιλαμβάνει στοιχεία από τη δράση και τη ζωή του Μελέτιου Μεταξάκη, του μετέπειτα Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής.

Το αρχείο περιλαμβάνει ποικιλία υλικού σχετικά με την ιδιότητα του Μηνά Νικηφοράκη ως φωτογράφου.

Το αρχείο του Νικόλαου Σακλαμπάνη, γραμματέα του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου (ΕΑΜ), αποτελείται από δύο (2) φακέλους, που περιέχουν έγγραφα, προκηρύξεις, αλληλογραφία και άλλο υλικό της Αντιστασιακής Οργάνωσης. Είναι ένα από τα σπάνια αρχεία που διασώθηκαν σχετικά με την Αντίσταση, αλλά και το χώρο της Αριστεράς.

Περιλαμβάνει τον κατάλογο των θυμάτων των πλοίων που βομβαρδίστηκαν από γερμανικά αεροπλάνα την περίοδο 1941-1944.

Το αρχείο περιέχει δημοσιεύματα σχετικά με τη δράση του αρχαιολόγου Στέφανου Ξανθουδίδης, ο οποίος διετέλεσε και διευθυντής του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου.

Το αρχείο του Στρατή Βελουδάκη, καπετάνιου του Ελληνικού Λαϊκού Απελευθερωτικού Στρατού (ΕΛΑΣ), περιλαμβάνει βιογραφίες, σημειώσεις από τη δράση του αγωνιστή, έγγραφα, ημερολόγια, ομιλίες, αλληλογραφία, δημοσιεύματα, αλλά και εφημερίδες.

Περιέχει χειρόγραφα και έντυπα του Στρατή Μυριβήλη.

Περιλαμβάνει αρχεία που αποκτήθηκαν σε μικροφίλμ και είναι σχετικά με την περίοδο της Βενετοκρατίας.

Η συλλογή περιλαμβάνει αποδελτιώσεις από τα επίσημα κρατικά οθωμανικά κατάστιχα της Κρήτης.

Η συλλογή περιλαμβάνει έγγραφα και σημειώματα σχετικά με την τοπική ιστορία της Κρήτης.

Αποτελείται, κατά βάση, από χειρόγραφους Κώδικες του Ιεροδικείου Ηρακλείου, που εκτείνονται σε χρονικό διάστημα 230 ετών και είναι γραμμένοι στην τούρκικη γλώσσα με την παλιά αραβική γραφή -γλώσσα την οποία μπορούν να διαβάσουν μόνον όσοι την έχουν σπουδάσει ειδικά. Στους κώδικες αυτούς οι κατήδες καταχωρούν όλα τα σχετικά έγγραφα με τη δημόσια λειτουργία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Στο Τουρκικό Αρχείο Ηρακλείου έχουν πρόσβαση ερευνητές με συγκεκριμένη ερευνητική εργασία και με γνώση των Οθωμανικών.