• Αλληλογραφία της Γραμματείας / Υπουργείου με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες.
• Φάκελοι υπηρεσιακών μεταβολών προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), απονομής δικαιοσύνης, ναυτικής εκπαίδευσης, κατασκευών και επισκευών πλοίων, υποθέσεων προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), λιμενικών ζητημάτων (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα).
• Διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους.
• Επιστολές - αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. E
• Αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα.
• Ευρετήρια και πρωτόκολλα.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκτελωνιστών, σημειωτών, ξεναγών, καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, αδειών καταδυτικών συνεργείων, αστυνομικών ελέγχων, στατιστικά στοιχεία πνιγμών
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί του επιβατηγού «Βιτσέντζος Κορνάρος», πυρασφάλειας λιμενικών πλοίων και τροφοδοσίας πλοίων.

Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους αλληλογραφίας του Λιμεναρχείου με την Αστυνομία και τον Οίκο Ναύτου, σχετικά με: ναυάγια, αλιεία, γυμνιστές, ρύπανση, εορτασμούς, απογραφή ναυτικών, ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες, έκδοση αδειών τραπεζοκαθισμάτων και εκπαίδευση προσωπικού Λιμεναρχείου.