• Αλληλογραφία της Γραμματείας / Υπουργείου με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες.
• Φάκελοι υπηρεσιακών μεταβολών προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), απονομής δικαιοσύνης, ναυτικής εκπαίδευσης, κατασκευών και επισκευών πλοίων, υποθέσεων προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), λιμενικών ζητημάτων (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα).
• Διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους.
• Επιστολές - αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. E
• Αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα.
• Ευρετήρια και πρωτόκολλα.

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).