Το υλικό του αρχείου αποτελείται από αναφορές, υπομνήματα, εκθέσεις, μαρτυρικές καταθέσεις προσφύγων από την Ανατολική Μακεδονία και Θράκη και αποσπάσματα από φύλλα βουλγαρικών εφημερίδων, που στέλνονται από το Κέντρο Υπηρεσίας Αλλοδαπών Θεσσαλονίκης (από όπου και η πλειοψηφία των εγγράφων), τη Γενική Επιθεώρηση Νομαρχιών Μακεδονίας, τις νομαρχίες Έβρου, Φλώρινας, Κιλκίς, διάφορες διοικήσεις και υποδιοικήσεις χωροφυλακής (Ανωτέρα Διοίκησις Χωροφυλακής Δυτικής Μακεδονίας, Διοίκησις Χωροφυλακής Θεσσαλονίκης, Ανωτέρα Διοίκησις Χωροφυλακής Ηπείρου, διοκήσεις χωροφυλακής Κιλκίς, Έδεσσας, Βέροιας, Φλώρινας, Καστοριάς, Θεσπρωτίας, Τρικάλων, Κοζάνης, υποδιοικήσεις Βισαλτίας, Κηπουριού, Πρεσπών, Αγίου Όρους, Παιονίας) καθώς και από εκκλησιαστικούς φορείς.
Τα θέματα στα οποία αναφέρονται τα έγγραφα είναι οι ενέργεις των αρχών βουλγαρικής κατοχής, η δράση της ρουμανικής και αλβανικής προπαγάνδας και των μουσουλμάνων της Θεσπρωτίας.
Βουλγαρική προπαγάνδα
Δράση της Βουλγαρικής Λέσχης Θεσσαλονίκης (διανομή τροφίμων σε «βουλγαρόφρονες», ενέργειες εναντίον Ελλήνων κ.α.), τέλεση λειτορυγιών από τους Βούλγαρους στο ναό του Αγίου Ιωάννη του Χρυσοστόμου, δράση της Βουλγαρικής Σχολής και προπαγάνδα μέσω της Βουλγαρικής Κλινικής και της Χριστιανικής Αδελφότηττας, ίδρυση Βουλγαρικού κομιτάτου, εορταστικές εκδηλώσεις Βουλγάρων, δημοσιεύματα των εφημερίδων Ζόρα, Βουλγαρικός Νότος, Ούτρο, Μπαλκάνσκυ Γιουγκ, Ούσρεμ, Νέα Εσπέρα,. Περιλαμβάνονται επίσης έγγραφα με οδηγίες για την αντιμετώπιση της βουλγαρικής προπαγάνδας.
Ενέργειες των αρχών βουλγαρικής κατοχής
Συνθήκες διαβίωσης ελληνικού πληθυσμού, διώξεις, εκτελέσεις Ελλήνων και πυρπολήσεις χωριών (κυρίως σφαγές στην ανατολική Μακεδονία το 1941, πυρπολήσεις χωριών στην περιοχή της Φλώρινας, πυρπόλησης Κλεισούρας το 1944), αποστολή Ελλήνων σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας, ανάληψη της πολιτικής διοίκησης Μακεδονίας και Θράκης από τους Γερμανούς και της στρατιωτικής από τους Βούλγαρους, νόμος για την επιλογή της βουλγαρικής υπηκόοτητας, εποικισμός κατεχομένων περιοχών, ενέργειες βουλγαρικών στρατιωτικών τμημάτων εναντίον της Χωροφυλακής, κινήσεις βουλγάρων αξιωματικών, συνεργασία βουλγαρικών και γερμανικών αρχών, διαβήματα διαμαρτυρίας των ελληνικών αρχών προς τις γερμανικές για τις βουλγαρικές ενέργειες, κ.α..
Δράση ρουμανικής και αλβανικής προπαγάνδας καθώς και αυτονομιστικές κινήσεις μουσουλμάνων Θεσπρωτίας.