Το αρχείο αποτελείται από τις σειρές: α) "Εκκλησιαστικά" με περιεχόμενο που αφορά στα Επαρχεία Κερκύρας, Κεφαλληνίας, Ζακύνθου, Λευκάδος, Ιθάκης, Κυθήρων και Παξών και β) "Εκπαιδευτικά" με υποσειρές που αφορούν τη Γενική Διεύθυνση Αρχοντείου, την Ανώτατη και Εκκλησιαστική Εκπαίδευση καθώς και αλφαβητικά ευρετήρια καθηγητών, σπουδαστών, προκαταρκτικών σχολείων και κληροδοτημάτων.

Τεχνικές μελέτες, τμήμα αρχείου κληροδοτημάτων, που αφορούν κυρίως στην πόλη της Κέρκυρας και κάποια προάστια.