Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Διοριστήριο έγγραφο του ταγματάρχη Δημητρίου Βότζαρη (1855).
Κοινοποίηση του Υπουργείου επί του Βασικλικού Οίκου και των Εξωτερικών Σχέσεων προς τον ταγματάρχη Ιωάννη Δράκο με συνημμένο έγγραφο του Υπουργείου Στρατιωτικών (1860).
Απόσπασμα Αυτοκρατορικού Κτηματολογίου Καλλιπόλεως με ελληνική μετάφραση (1886).
Λαχείο Εθνικού Στόλου και Αρχαιοτήτων της Ελλάδος (1913).
Δίπλωμα απονομής μεταλλίου στον συνταγματάρχη Νικόλαο Δράκο (1914) για τη συμμετοχή του στη μάχη του Λαχανά.
Έγγραφο της Singer Sewing Machine Company.
Έγγραφο του Βασιλικού Αυλαρχείου προς το Γενικό Επιτελείου Ναυτικού (1958).

Συλλογή αρχιμανδρίτη και ιεροκήρυκα Ιωάσαφ (Χρήστου Νίφωνα του Διονυσίου) (1923 - 1960). Περιλαμβάνει αλληλογραφία με μοναχούς του Αγίου Όρους, κυρίως της Ιεράς Μονής Μεγίστης Λαύρας, επιστολές μητροπολιτών, ιερωμένων, Αρχιεπισκοπής Αθηνών, Υπουργείου Παιδείας και Στρατιωτικών σχετικά με τα κηρύγματα του Ιωάσαφ και άλλα θέματα. Έγγραφο των γερμανικών αρχών της Πάτρας (1943) και του 2ου Συντάγματος Πελοποννήσου (Ιούλιος 1944) για ελευθέρα κυκλοφορία και είσοδο στις φυλακές του Ιωάσαφ. Κοινοποίηση από Δήμο Αθηναίων προς τον πρόεδρο του εκκλησιαστικού συμβουλίου Ιερού Ναού Αγίας Τριάδας ευχαριστήριας επιστολής του πρωθυπουργού της Νέας Ζηλανδίας για τη βοήθεια των κατοίκων των Αμπελοκήπων σε Νεοζηλανδούς στρατιώτες. Φωτογραφίες και καρτ ποστάλ Μονών του Αγίου Όρους και άλλων μοναστηριών (Καστοριά, Άργος, Θεσσαλονίκη) Δημοτικού Νοσοκομείου Ξάνθης, εκδηλώσεων στην Ξάνθη και στον Άραξο κατά την υποδοχή του βασιλιά Παύλου, εγκαινίων ισραηλιτικού σχολείου στο Ψυχικό κ.ά.

"Ημερολόγιο του τρίτου τάγματος του Αγίου Αυγουστίνου" των Ασσομψιονιστών μοναχών με χειρόγραφες σημειώσεις της περιόδου 1945 - 1949.

(Κ18α) Ιδιωτική αλληλογραφία από διάφορες περιοχές:
1.Παροναξίας (1667-1840) και απόσπασμα κτηματολογίου (11 Οκτωβρίου 1665).

2. Αργολίδας (1755-1831).
3. Κέας (1790-1836).
4. Τήνου (1756).
5. Ζακύνθου (1786).
6. Πατρών (1838).
7. Έγγραφα της Επανάστασης του 1821 εκ των οποίων το ένα της Φιλικής Εταιρείας (αχρονολόγητο) και το άλλο του 1827.

(Κ18β) Έγγραφα που αναφέρονται, κυρίως, στην Κοινότητα των Καθολικών στη Σύρο (συμβόλαια, επιστολές προς τον εν Κωνσταντινουπόλει Τερσανά, την Αγία Έδρα, αλληλογραφία του Καθολικού Επισκόπου της νήσου και βιβλίο αυτής, ρίμα σατιρική κ.ά.)
1ος υ/φ.: Σαράντα δύο (42) ιδιωτικά έγγραφα των ετών 1610-1696.
2ος υ/φ.: Πενήντα τρία (53) ιδιωτικά έγγραφα των ετών 1701-1799.
3ος υ/φ.: Δεκαεννιά (19) ιδιωτικά έγγραφα των ετών 1803-1836.
4ος υ/φ.: Εικοσιεννιά (29) ιδιωτικές επιστολές των ετών 1755-1831.
5ος υ/φ.: Έγγραφα επισκόπου Καθολικών Σύρας:
α. Βιβλίο αλληλογραφίας, που περιέχει επιστολές από την 14η Απριλίου 1821 έως 17 Σεπτεμβρίου 1824.
β. Συλλογή επιστολών, μεταξύ των οποίων ένα τετράδιο αντιγράφων αλληλογραφίας , έκθεση της ανακλήσεως του επισκόπου Καθολικών Σύρας στη Ρώμη με χρονολογία 14 Απριλίου 1821, αντίγραφο βούλλας Πάπα Πίου με ημερομηνία 4 Σεπτεμβρίου 1560, όμοιο Πάπα Βενέδικτου με ημερομηνία Αυγούστου 1761.
6ος υ/φ.: Είκοσι (20) έγγραφα Κοινότητας Καθολικών Σύρας των ετών 1733-1815, μεταξύ των οποίων και τετράδιο (registro) του έτους 1788, επιστολές προς διαφόρους Οθωμανούς αξιωματούχους σχετικές προς την φορολογία του νησιού, πράξεις φορολογικές και διαταγή του βασιλικού Τερσανά,
7ος υ/φ.: Εικοσιεπτά (27) έγγραφα- διάφοροι λογαριασμοί των ετών 1744-1828.
8ος υ/φ.: Τρία (3) έγγραφα "Σημειώματα"δύο με σατιρικούς στίχους και ένα με αναγραφή ειδήσεων των Ναπολεόντειων πολέμων.

Συλλογή εγγράφων που περιλαμβάνει:

1. Ιδιωτικές επιστολές των χρόνων της Επανάστασης του 1821.
2. Ιδιωτικό πωλητήριο-συμβόλαιο που υπογράφεται από τον Αθανάσιο Κανακάρη.
3. Ποίημα.
4. Γράμμα indulgentiae (συγχωροχάρτι) του Πάπα Πίου ΙΧ προς τον Κερκυραίο Αλέξανδρο Battaglia.

Kώδικας της Δυτικής Αρχιεπισκοπής Ζακύνθου και Κεφαλληνίας, με πρόχειρη και άτακτη καταχώριση παραχωρήσεων, ενοικιάσεων, ανταλλαγών κτημάτων, δικών κ.λπ..

Περιέχει νοταριακές πράξεις, μαρτυρικές καταθέσεις, γράμματα προξενικών αρχών, γράμματα προς τον δημόσιο μνήμονα Νάξου, έγγραφα ιδιωτικού περιεχομένου που αφορούν στους καθολικούς στη Νάξο. Η συναγωγή έγινε από τον δημόσιο μνήμονα Νάξου Κωνσταντίνο Κόκκο Ιακώβου.