Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

Το αρχείο αποτελείται από τέσσερα (4) λευκώματα με επικολλημένα (από τον ίδιο τον Σ.Σίμο) διάφορα επίσημα έγγραφα, συγχαρητήρια τηλεγραφήματα και επιστολές με την ευκαιρία της ανάληψης του υπουργείου Περιθάλψεως, προσκλήσεις, μενού, επισκεπτήρια, φωτογραφίες (Εμπειρίκειο Άσυλο Παίδων, συνοικισμός προσφύγων στην Τούμπα Θεσσαλονίκης) και αποκόμματα εφημερίδων (1914-1921).
Στα εξώφυλλα των λευκωμάτων υπάρχουν οι ενδείξεις:“Αναμνήσεις εκ της ενδόξου Συνθήκης του Βουκουρεστίου 1914”, “Αναμνήσεις υπουργίας. Θεσσαλονίκη-Αθήναι”, “Σπ.Σίμος. Υπουργός επί της Περιθάλψεως, 1918-1921”.
-Λυτά έγγραφα, κυρίως επιστολές των Ιωακείμ πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Αλ.Σκουζέ, Ν.Μαυροκορδάτου, Ι.Γενναδίου, Ι.Κ.Σφακιανάκη, Α.Ζαΐμη, Ε.Βενιζέλου, Επαναστατικής Συνελεύσεως Κρητών, Ελληνικών Κοινοτήτων Βραΐλας, Γαλαζίου, Κωνστάντσας, κ.ά. (1887-1917).
-Δύο (2) αχρονολόγητες επιστολές Ε.Βενιζέλου προς Γεώργιο Βεντήρη.

Λεύκωμα με φωτογραφίες από τη δράση των αδελφών νοσοκόμων του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού.
Έντυπα: Why Greece is still fighting, Αθήνα 1949. Ελευθερώστε τα παιδιά μας από το παιδομάζωμα, χ.χ. Service social d' aide aux emigrants, χ.χ. Εγκύκλιοι παιδικής προστασίας. Κοινόν πρόγραμμα Υπουργείου Κοινωνικής Πρόνοιας και Εράνου Βορείων Επαρχιών Ελλάδος, Αθήνα 1950. Greece fighting for civilization, Αθήνα 1950. Greece anchor of the West, Truth about Greece, 1950-1951. Προς τα αδέλφια μας τα ελληνόπουλα του χωριού, Αθήνα 1950. Service Social International, Γενεύη χ.χ.
Έγγραφα σχετικά με τη δράση του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού (1941-1951): Περιληπτική έκθεση εργασίας τμήματος νοσοκόμων Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού 1944-1945. Απολογισμός του έργου του Γραφείου Αιχμαλώτων του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού από συστάσεως του τον Νοέμβριο του 1940 έως Αύγουστο 1941. Έγγραφα του Ερυθρού Σταυρού για πρόσφυγες από Ρουμανία και φυγάδες από όμορα της Ελλάδας κράτη. Έγγραφα και εκθέσεις του Εθνικού Συμβουλίου Ελληνίδων και του Διεθνούς Συμβουλίου Γυναικών. Έκθεση της Λίνας Τσαλδάρη επικεφαλής της Greek Commission on Child Welfare. Έγγραφα του Υπουργείου Κοινωνικής Πρόνοιας για την ενίσχυση των παιδιών προσφύγων εξωτερικού και πίνακας με τα εισελθόντα έκθετα ή εξώγαμα βρέφη στο Δημοτικό Βρεφοκομείο Αθηνών την περίοδο 1939-1950 καθώς και σημείωμα με αριθμούς υιοθεσιών.