Αρχείο Στέφανου Σκουλούδη
Στο αρχείο του Στ.Σκουλούδη βρίσκονται έγγραφα και αλληλογραφία που καλύπτουν τις πολιτικές του δραστηριότητες (κυρίως τις διαπραγματεύσεις ειρήνης στο Λονδίνο 1912-13, την πρωθυπουργία του 1915-16), τα προσωπικά του θέματα (τους διορισμούς του σε δημόσια αξιώματα, τη συμμετοχή του σε συλλόγους και εταιρείες) καθώς και τα περιουσιακά του ζητήματα (ακίνητα, κληρονομικά και φορολογικά) και έχουν χωριστεί σε πέντε θεματικές ενότητες:
I. Πολιτικά
II. Αλληλογραφία
III. Προσωπικά
IV. Ακίνητα Στ.Σκουλούδη
V. Κληρονομικά-Φορολογικά
Στις δύο τελευταίες ενότητες του αρχείου είναι ενταγμένα και μεταγενέστερα του θανάτου του έγγραφα, που συσσωρεύθηκαν από τους εκτελεστές της διαθήκης του και κληρονόμους του, στη διάρκεια της εκποίησης και αξιοποίησης των περιουσιακών του στοιχείων, που αφορούν επίσης άμεσα και έμμεσα τον Στ.Σκουλούδη.
Ολόκληρο το αρχειακό υλικό αποτελείται συνολικά από είκοσι τρεις (23) φακέλους, επτά (7) δεμένους τόμους εγγράφων και επτά (7) βιβλία λογαριασμών. Πολύτιμοι είναι οι χάρτες που περιλαμβάνονταν στο αρχείο και είναι ενταγμένοι στο αρχείο χαρτών του ΕΛΙΑ καθώς και μια σειρά βιβλίων που προέρχονται από την πλουσιότατη βιβλιοθήκη του Στ.Σκουλούδη και περιέχουν συλλογές συνθηκών και διπλωματικών εγγράφων του υπουργείου Εξωτερικών.
Αρχείο οικογένειας Αθηνογένη

Το αρχείο αποτελείται από την επίσημη αλληλογραφία του Σκουλούδη, λευκώματα με αποκόμματα εφημερίδων, και βιβλία από την ιδιωτική του βιβλιοθήκη. Παρέχουν έναν πλούτο πληροφοριών για την πολιτική σταδιοδρομία του Σκουλούδη και την ιστορία της Σύγχρονης Ελλάδας στο τελευταίο μέρος του 19ου αιώνα και το πρώτο τέταρτο του 20ου αιώνα. Ο Σκουλούδης ήταν επίσης ιδρυτής της Εταιρείας της Λίμνης Κωπαΐδος (1883), που ανέλαβε το πρόγραμμα για την αποξήρανση της Λίμνης Κωπαΐδος στα τέλη του 19ου αιώνα.