Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Φάκελος Σωκράτη Κογεβίνα (1883-1991)
Προσωπικά έγγραφα Σωκράτη Κογεβίνα: διαβατήριο (1883), πιστοποιητικά (1912), τίτλοι ιδιοκτησίας στη Ρωσία και αλληλογραφία για τη διευθέτηση περιουσιακών στοιχείων (1914-1940 και 1991).

Φάκελος Νικολάου Πετιμεζά (1891-1943)
Οικογενειακή αλληλογραφία: επιστολή του Ηρακλή Πετιμεζά (1891) προς τον Νικόλαο Πετιμεζά-Λαύρα· επιστολικά δελτάρια του Νικολάου Πετιμεζά-Λαύρα προς τη σύζυγό του Ελένη (1912-1913)· επιστολή του Ηρακλή Πετιμεζά (νεότερου) προς τον πατέρα του Νικόλαο (1912).
Υπηρεσιακά έγγραφα Νικολάου Πετιμεζά: αποφάσεις Γερουσίας αποσπάσματα Ελεγκτικών Συνεδρίων, αποδείξεις κ.ά. (1906-1943)· αναμνηστικό μετάλλιο Άστιγγος (1928).

Αρχείο Ηρακλή Πετιμεζά (1930-1964)
Ατομικά έγγραφα σχετικά με τον διορισμό του στην Επιτροπή Μελετών του κόμματος των Φιλελευθέρων (1930-1944)· έγγραφα σχετικά με την εκλογή του Ηρακλή Πετιμεζά ως τακτικού μέλους και ειδικού γραμματέα του Πατριωτικού Ομίλου (1938-1947). Σημειώσεις σχετικά με τις λειτουργίες της Αβερώφειου Σχολής Λαρίσης (1934).
Έγγραφα σχετικά με τη συμμετοχή του στην Εθνική Αντίσταση: ιστορικό, ονομαστικές καταστάσεις, σημειώσεις κ.ά. της οργάνωσης «Νικήτας» που ενσωματώθηκε στον Ε.Δ.Ε.Σ. το 1941.
Οργάνωση Ε.Δ.Ε.Σ.-Ε.Ο.Ε.Α.: ιδρυτικό, ιστορικό της οργάνωσης· διαταγές, γενικές εκθέσεις, αναφορές, σαμποτάζ, κρυπτογραφικά σημειώματα, λογαριασμοί και βεβαιώσεις της οργάνωσης (1941-1945).
Επιστολές του Ηρακλή Πετιμεζά (Νικήτα) προς τον Ναπολέοντα Ζέρβα σχετικά με τις επιχειρήσεις στην Ήπειρο (1943-1944). Επιστολές του Ναπολέοντα Ζέρβα προς τον Ηρακλή Πετιμεζά (1944). Επιστολές του Ηρακλή Πετιμεζά προς διαφόρους (1943-1944, χ.χ.) και επιστολές διαφόρων προς τους Ηρακλή Πετιμεζά και Ναπολέοντα Ζέρβα (1943-1944). Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτα πρόσωπα (1944).
Έγγραφα σχετικά με την υπηρεσία του Ηρακλή Πετιμεζά στο Υπουργείο Τύπου και Πληροφοριών: αναφορές, αλληλογραφία, κρυπτογραφήματα, ημερήσιες διατάξεις (1945-1946).
Εθνικό Ίδρυμα Ραδιοφωνίας: δελτία, καταστάσεις, πωλήσεις εφημερίδων, κοινοποιήσεις, αλληλογραφία μεταξύ τρίτων (1945). Αποκόμματα τύπου και περιοδικών (1935-1939). Εφημερίδες και έντυπα με άρθρα του Ηρακλή Πετιμεζά (1934-1964).

Φάκελος Φωτεινής Πετιμεζά (1923-1951).
Προσωπικά έγγραφα Φωτεινής Πετιμεζά (1923-1951).

Αλληλογραφία του Αρχηγείου Βάλτου με το Γενικό Αρχηγείο του Ε.Δ.Ε.Σ, με αντάρτες και τα κατώτερα κλιμάκια της στρατιωτικής ιεραρχίας, διαταγές του Ν. Ζέρβα, αλληλογραφία μεταξύ του Συμμαχικού Στρατηγείου της Μέσης Ανατολής και του Αρχηγείου Βάλτου (διανομή πυρομαχικών, τρόπος δράσης των ομάδων για επίτευξη του κοινού στόχου των αντάρτικων ομάδων και του Αρχείου της Μέσης Ανατολής κ.ά), ανακοινωθέντα, ραδιοφωνικά δελτία, πληροφορίες από το αρμόδιο τμήμα του Γενικού Αρχηγείου για τις επιχειρήσεις των αντάρτικων ομάδων του Ε.Δ.Ε.Σ., κατάλογοι με τα ονόματα ανταρτών που δικαιούνται βοηθήματα, προκηρύξεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας ανταρτών, ένορκες εξετάσεις μαρτύρων, πρακτικά συγκρότησης Επιτροπών Εθνικού Αγώνα, αποδείξεις παραλαβής τροφίμων, τύπος του Βουνού και μεταγενέστερος που αναφέρεται στα γεγονότα του Εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα στην περιοχή του Βάλτου, εκθέσεις για την πολεμική δράση των ανταρτών, φωτογραφίες, επιστολές Σ. Χούτα-Β' Φιλικής εταιρίας Λονδίνου για τον σχηματισμόν Κυβέρνησης Εθνικής Σωτηρίας. Περιλαμβάνεται ακόμα αρχειακό υλικό από τη θητεία του Στ. Χούτα ως Υφυπουργού Κοινωνικής Προνοίας, Οικισμού και Ανοικοδομήσεως και Υπουργός Υπουργείο Δημοσίων έργων