Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Διπλότυπα εισπράξεων εράνων για "τα θύματα του Αγώνος", μητρώα μελών της οργάνωσης, κατάστιχα εισφορών, φύλλα εφημερίδων αντιστασιακών οργανώσεων: "Ελεύθερης Σκέψη" της αντιστασιακής οργάνωσης "Εθνικό Κομιτάτο", "Το δελτίο: Ραδιοφωνικαί ειδήσεις", "Ελεύθερη Ελληνική Ψυχή", έγγραφα προκηρύξεων της αντιστασιακής οργάνωσης "Επαναστατική Πανελλαδική Οργάνωση", ιδρυτικός χάρτης της οργάνωσης "Σπίθα" και άλλα ιδρυτικά έγγραφα, πεπραγμένα, κανονισμός λειτουργίας, κουπόνια, αιτήσεις εγγραφής μελών, αναφορές προπαγανδιστριών, κρυπτογραφικοί κώδικες, επιστολές, σημειώματα δράσης, δελτία οδηγιών, προκηρύξεις και άλλα έγγραφα της αντιστασιακής οργάνωσης "Σπίθα" κατά τη διάρκεια της Κατοχής.
Φάκελος για τις ενέργειες της οργάνωσης "Σπίθα", μετά τον εμφύλιο πόλεμο, αναφορικά με την ανασυγκρότηση του χωριού Άρματα Ιωαννίνων, δελτία και έντυπα της "Πρόνοιας Συμμοριοπλήκτων" και "Οι φίλοι του χωριού", αλληλογραφία της Λουκίας Μεταξά με συλλόγους, ιδιώτες κ.ά. σχετικά με την προσφορά ειδών για τα χωριά που επλήγησαν από τον πόλεμο και τον εμφύλιο, ευχαριστήριες επιστολές ιδρυμάτων προς Λουκία Μεταξά για την αποστολή ειδών. Επιστολές (κυρίως προς διάφορα Υπουργεία, προς την Ελληνική Ομοσπονδία Γυναικών , προς General Federation of Women’s Clubs , ανάμεσα σε μέλη οργάνωσης). Φύλλα Εφημερίδων Κυβερνήσεως (Φ.Ε.Κ.) με κυριότερη έμφαση στον αναγκαστικό νόμο "Περί απονομής ηθικών αμοιβών εις Εθνικάς αντάρτικας ομάδας και Εθνικάς Οργανώσεις εσωτερικής αντιστάσεως". Διάφορα έγγραφα (πρακτικά συνελεύσεων , καταστατικά , κοινοποιήσεις , διάφορες εγκυκλίους που αφορούν τη μεταπολεμική δράση της Εθνικής Γυναικείας Οργάνωσης ΣΠΙΘΑ, κ.ά.. Σφραγίδα ΣΠΙΘΑ , δύο (2) κλισέ που βρέθηκαν μέσα στους φακέλους καθώς και λιγοστό φωτογραφικό υλικό.

Καταστατικό Νεολαίας Παρνασσίδας του Ε.Δ.Ε.Σ. (1941)ˑ δελτία πληροφοριών (1943-1944)ˑ διαταγές και στρατιωτικά ανακοινωθέντα του Ναπολέοντα Ζέρβα από το αρχηγείο της ορεινής Ελλάδας (1943)ˑ συμφωνητικό για τη δημιουργία εθνικών ομάδων αντίστασης (1943).
Επιστολές του Ναπολέοντα Ζέρβα από το αρχηγείο Ηπείρου προς τους συνεργάτες του: Ηρακλή Πετιμεζά, Κομνηνό Πυρομάγλου, Φωτεινή Πετιμεζά, Ερρίκο Σκάση κ.ά., αναφερόμενες στη δράση του Ε.Δ.Ε.Σ., στην οργάνωση του αρχηγείου Ηπείρου και σε γενικότερα θέματα (1942-1944).
Αλληλογραφία μεταξύ των συνεργατών του Ε.Δ.Ε.Σ.: Αλεξάνδρας Αθανασιάδη, Λεωνίδα Ζέρβα, Θέμου Μαρίνου, Κωνσταντίνου Τσίρου, Απόστολου Κωνσταντίδη, Γεωργίου Αγόρου, Στυλιανού Χούτα κ.ά. (1943), αναφερόμενη στην οργάνωση και τη διεξαγωγή των στρατιωτικών επιχειρήσεων.
Ονομαστικός πίνακας των μελών της γερμανόφιλης οργάνωσης Ε.Σ.Π.Ο. (1943).
Προκηρύξεις τοίχου των οργανώσεων Κ.Κ.Ε., Ε.Α.Μ., Ε.Δ.Ε.Σ. (1942-1944).
Παράνομος τύπος (1942-1944): Η δίχρονη δράση του Ε.Α.Μ. (1943), Η Μάχη, (1944), Ο Αντάρτης του ΕΛΑΣ (1943), Απελευθερωτής (1944), Λευτεριά (1943), Ριζοσπάστης (1943-1944), Ελεύθερη Ελλάδα (1943), Ελευθερία (1944), Σάλπισμα Λευτεριάς (1942), Επανάστασις (1943), Δημοκρατική Φλόγα (1943), Καθημερινά Νέα (1944), Δόξα (1944), Δημοκρατική Σημαία (1944), Ελλάς (1944), Ελληνικός Αγών (1943-1944), Δημοκρατία (1943).
Σφραγίδες: Κεντρικής Επιτροπής Ε.Δ.Ε.Σ. και πλαστή σφραγίδα της Διεύθυνσης Αστυνομίας Αθηνών.