Δημοσιεύματα, φωτοτυπημένα έγγραφα, βιβλία για τη γλώσσα, την εκκλησία και την αργοναυπλιακή ιστορία, οικογενειακές κ.ά. φωτογραφίες.

Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

1. Οθωμανικά έγγραφα, εκ των οποίων ένα φιρμάνι, του 19ου αιώνα για την περιοχή της Καβάλας.
2. Προϋπολογισμός δαπάνης για την κατασκευή ανδριάντα του Γρηγορίου του Ε΄ στη Δημητσάνα (1899)
3. Έγγραφα της οικογένειας Καμπανάρη: αποδείξεις καταβολής χρημάτων στην Τράπεζα της Κρήτης (1901) και το Κοινωφελές Ταμείο Κρήτης (1904), συμβολαιογραφικές πράξεις (1901-1912) και έντυπη απεικόνιση της σύνθεσης του γλύπτη Γιάννη Καμπανάρη με θέμα "Η εξέγερση της Κρήτης".
4. Έγγραφο της Εταιρείας Σιδηροδρόμων Πειραιώς - Αθηνών - Πελοποννήσου σχετικά με την αύξηση του μισθού του επιθεωρητή Ευθ. Καζάκου (1903).
5. Έγγραφα της Δ/νσης Επιμελητείας του Γ΄ Σώματος Στρατού, της Σχολής Υπαξιωματικών και άλλων στρατιωτικών υπηρεσιών σχετικά με ζητήματα επιμελητείας και λειτουργίας στρατιωτικών σχολών.
6. Ποιήματα των Κυπριώτη και Πολέμη που απαγγέλθηκαν στο Ελληνικό Προξενείο Μανσούρας (Αίγυπτος) και στη Δημαία Σχολή Μανσούρας για την εκατονταετηρίδα της Ελληνικής Επανάστασης.
7. Προκήρυξη των Τούρκων στρατιωτών προς τους Έλληνες στρατιώτες κατά τη Μικρασιατική Εκστρατεία.
8. Ανυπόγραφη επιστολή προς τη βασίλισσα της Ελλάδας (1931;).
9. Επιστολή προς τον στρατηγό Δούσμανη από το Παρίσι (1932).
10. Εγκύκλιοι της Μητρόπολης Δράμας, Φιλίππων και Νευροκοπίου (1933-1939) και έγγραφο του Πρωτοσύγκελου του Ιεράς Μητρόπολης Δράμας προς το Υπουργείο Παιδείας σχετικά με τις βουλγαρικές βιαιοπραγίες κατά την κατάληψη της Δράμας και της Ανατολικής Μακεδονίας (Ιούνιος 1941).
11. Φάκελος Συνταγματάρχη Θεοχάρη με υπηρεσιακή αλληλογραφία για ζητήματα κυρίως επιμελητείας και προμηθειών (1939-1944).
12. Ασπρόμαυρη φωτογραφία έφιππου αξιωματικού.
13. Προκηρύξεις Ε.Ο.Ν. (1940-1941)
14. Λιθογραφημένο μήνυμα του Γεωργίου Β΄ προς τους στρατιώτες του αλβανικού μετώπου για το νέο έτος (1940-1941).
15. Ποίημα "Η Ελλάδα θα ζήση" της Δέσπω Παναγιωτίδη.
16. Αντίγραφο επιστολής των Ελλήνων του Καΐρου προς τον πρόεδρο της Ελληνικής Κυβέρνησης Αλ. Παπάγο σχετικά με αναπήρους και θύματα πολέμου.

Αρχείο του νομικού συμβούλου του Οικουμενικού Πατριαρχείου Αυρήλιου Σπαθάρη και γιου του καθηγητή της Μεγάλης του Γένους Σχολής Ανδρέα Σπαθάρη. Το αρχείο καλύπτει ποικίλα νομικά ζητήματα που αφορούν το Οικουμενικό Πατριαρχείο και την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης από τις αρχές του 20ου αιώνα έως το 1957. Συγκεκριμένα, περιλαμβάνονται φάκελοι που αφορούν τα δικαιώματα των μειονοτήτων στη Συνθήκη των Σεβρών, τις διαπραγματεύσεις στη Συνδιάσκεψη της Λωζάννης καθώς και το μειονοτικό καθεστώς των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης μετά το 1923. Περιλαμβάνονται, επίσης, φάκελοι για τη διεκδίκηση κληροδοτημάτων από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, για το εκκλησιαστικό καθεστώς των Νέων Χωρών, το εκκλησιαστικό ζήτημα της Κρήτης και για τη δικαστική δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας. Η αλληλογραφία του Σπαθάρη με διάφορους Κωνσταντινουπολίτες παρέχει στοιχεία για την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, όπως πληροφορίες για την οικονομική και εκπαιδευτική κατάσταση της μειονότητας, τις διενέξεις και τις αλληλοκατηγορίες στους κόλπους του Πατριαρχείου κ.ά. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η αλληλογραφία μεταξύ προσφύγων στα καραμανλίδικα, όπου προβάλλονται πτυχές της κοινωνικής ζωής των τουρκόφωνων προσφύγων μετά την Ανταλλαγή των Πληθυσμών.

Φωτογραφίες με θέμα: πόλεις – τοποθεσίες, Εκκλησία, Κρήτες αγωνιστές, Πρίγκιπας Γεώργιος, πορτραίτα, Ευρωπαϊκές στρατιωτικές Δυνάμεις

Η συλλογή περιλαμβάνει τις παρακάτω μικρές μονάδες και τα λυτά έγγραφα, που περιήλθαν στην κατοχή του Δαμιανού Κυριαζή από αγορές του ίδιου, καθώς και από το αρχείο της οικογένειας Μαυροκορδάτου.
Μικρές Συλλογές:
1) Εκκλησιαστικά έγγραφα (1691-1861)
2) Δικαιοπρακτικά έγγραφα (1712-1840): χρεωστικές ομολογίες, κατάστιχα.
3) Αρχείο Πασχάλη Βασιλείου (1778-1798) και Αμπελακίων (1793-1818)
4) Επιστολές Ιωάννη Καποδίστρια προς Νικόλαο Καλλέργη (1828-1830)
5) Επιστολές Αδαμαντίου Κοραή προς Chardon de la Rochette (1796)
6) Έγγραφα Φιλελλήνων (1795-1840): αναφορές, αλληλογραφία του H. Fauvel προς τον Cousinery, αυτόγραφα του Fabvier, κ.ά.
7) Αλληλογραφία εμπορικού περιεχομένου (1733-1839)
8) Έγγραφα Ηγεμόνων Μολδοβλαχίας (1714-1849): Μαυρογένη, Καρατζά, Σούτσου, Υψηλάντη
9) Οικογενειακό αρχείο Μουρούζη (1792-1826)
10) Έγγραφα Αγωνιστών (1820-1865)
11) Αρχείο αδελφών Ποστολάκα (1819-1850)
12) Αυτόγραφα του βασιλιά Όθωνα (1840-1856): επιστολές, διατάγματα, σημειώματα
13) Αρχείο Σπυρομήλιου (1829-1868)
14) Δικαιοπρακτικά Ιονίων νήσων (1638-1860): Σφραγίδες Επτανήσου και Πάργας
15) Αρχείο αδελφών Παπαδάκη (1820-1823)
16) Αρχείο Αλή Πασά (1794-1836).Το κύριο σώμα του αρχειου βρίσκεται στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη.
17) Αρχείο A. Bassano (1800-1847)
18) Οικογενειακό αρχείο Δεληγεώργη (1837-1881)
19) Αρχείο Ιωάννη Παπαρρηγόπουλου (1797-1848). Έγγραφα Κωνσταντίνου και Μαρίας Ι. Παπαρρηγοπούλου (1863-1907) ˑ Λουκία Νεγρεπόντη (1904-1933)
20) Ανακτορικό Κεντρικό Ταμείο (1867, 1895, 1908-1913)
21) Αρχείο René Puaux (π. 1917-1935): σημειώσεις, αλληλογραφία, βιβλιογραφία κ.ά. για θέματα που τον απασχόλησαν, όπως: γαλλογερμανικές σχέσεις (18ος – 19ος αι.), φιλελληνικά θέματα, Α’ Παγκόσμιος πόλεμος κ.ά.
22) Οθωμανικά έγγραφα (1809-1898)
23) Μονόφυλλα (1781-1939)

Οικογενειακό αρχείο Μαυροκορδάτου
Αρχείο Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1820-1865): έγγραφα αναφερόμενα στον Κωνσταντίνο, Δημήτριο και Ανδρέα Μεταξά των ετών (1820-1854) ˑ προκηρύξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη ˑ επιστολες του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου ˑ έγγραφα της Φιλικής Εταιρείας κ.ά. (1820-1823). Αλληλογραφία Γεωργίου Πραΐδη (1821-1822). Επιστολές, αυτόγραφα και η διαθήκη του Λόρδου Βύρωνα (1823-1824).
Έγγραφα των ετών 1824-1827 ˑ έγγραφα και επιστολές των ετών 1832-1841. Αλληλογραφία Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1842-1865) ˑ προσωπικά έγγραφα, ημερολόγια κ.ά.
Αρχείο Χαρίκλειας Μαυροκορδάτου (1837-1885): περιλαμβάνει κυρίως αλληλογραφία των ετών (1837-1871), προσωπικά ημερολόγια (π. 1867-1884), καθώς και έγγραφα αναφερόμενα στο θάνατό της (1884-1885).
Αρχείο Γεωργίου Μαυροκορδάτου (1858-1902): αλληλογραφία, λογαριασμοί, αποκόμματα τύπου για το θάνατο του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1865), σημειώσεις, βιβλιογραφικά δελτία (1858-1902).
Αρχείο Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1903): προσωπικά ημερολόγια Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1893) ˑ αντίγραφα επιστολών του Νικολάου Μαυροκορδάτου προς διαφόρους (1859-1903). Αναφορές προς το Υπουργείο Εξωτερικών υπό την αρμοδιότητά του ως πρεσβευτή στις πόλεις: Παρίσι (1882-1886), Πετρούπολη (1886-1889) και Κωνσταντινούπολη (1889-1902). Έγγραφα σχετικά με τα καθήκοντά του ως Νομάρχη της Κέρκυρας. Οικογενειακή αλληλογραφία (1859-1903). Διπλώματα, παράσημα, γενεαλογικά Μαυροκορδάτων. Έντυπα, μονόφυλλα, πορτρέτα σε λιθογραφίες ˑ δελτία της βιβλιοθήκης Νικολάου Μαυροκορδάτου.
Αρχείο Ελένης Μαυροκορδάτου (1801-1917): αλληλογραφία (1872-1917) ˑ κτηματικά Ρουμανίας (1834-1906) ˑ συμβόλαια ακινήτων της οικογένειας στην Αθήνα (1866-1914) ˑ προσκλήσεις (1866-1890) ˑ λογαριασμοί (1896-1916). Κτηματικά της οικογένειας Balsch στη Ρουμανία: Bloesti, Bobulesti, Halaucesti, κ.ά. (1847-1888). Υπόθεση Sion (1835-1836). Οικογενειακά και κτηματικά οικογένειας Μουρούζη (1801-1903).
Φάκελος Σοφίας Balsch και Δημήτρη Μαυροκορδάτου (1851-1894)
Αρχείο Αλέξανδρου Νικ. Μαυροκορδάτου (1870-1895): έγγραφα σπουδών και σταδιοδρομίας (1877-1893). Οικογενειακές επιστολές, γάμος με Ραλλού Μουρούζη, μονομαχία (1889-1895) ˑ επιστολές (1870-1893). Έγγραφα σχετικά με τη γεωδαιτική υπηρεσία (1890-1892) ˑ επιστολές (1893-1895) ˑ υδροδότηση Λάρισας (1892) ˑ λογαριασμοί (1873-1875) ˑ τοπογραφικές εργασίες (1888-1889).
Φάκελος Σοφίας Ν. Μαυροκορδάτου – Σούτσου (1875-1926): αλληλογραφία, λογαριασμοί Αλέξανδρου Σούτσου.
Φάκελος Γεωργίου Ν. Μαυροκορδάτου (1882-1883): μαθητικά τετράδια και σχολικές σημειώσεις.
Οικογενειακό αρχείο Μπαλτατζή (1774-1924)
Προσωπικά έγγραφα Δημητρίου Μπαλτατζή (1774-1825). Κτηματικά κυρίως οθωμανικά έγγραφα οικογένειας Μπαλτατζή (1844-1907). Επιστολές προς τον Νικόλαο Μπαλτατζή (1893) ˑ κατάστιχα των ετών (1841-1844) και (1853-1854).
Επιστολές προς τον Γεώργιο Μπαλτατζή (1893-1899) και (1900-1904) ˑ οικογενειακή αλληλογραφία (1899-1902). Έγγραφα Υπουργείου Εξωτερικών (1921). Αποκόμματα τύπου για τη δίκη των έξι (1922). Συλλυπητήριες επιστολές (1922). Έγγραφα του Εμμανουήλ (Νώλη) Μπαλτατζή (1898-1924).