Το αρχείο αποτελείται από μελέτες, εκθέσεις, υπομνήματα, χειρόγραφα και δακτυλόγραφα, χειρόγραφες σημειώσεις για θέματα επιστημονικά και ποικίλου ενδιαφέροντος, αλληλογραφία προσωπική και επαγγελματική, έντυπα και αποκόμματα.

Το αρχείο του Φ.Δ. xαρακτηρίζεται από μία πλούσια μακεδονική θεματολογία σε πολιτικό, τοπικό κυρίως επίπεδο (τοπική πολιτική ιστορία Δυτικής Μακεδονίας) και σε εθνικό (εθνικές διεκδικήσεις). Χαρακτηρίζεται επίσης από μία τάξη και εσωτερική διάρθρωση που συμβαδίζει με την “πολιτική αταξία” της εποχής που έζησε. Παράλληλα, είναι φανερό ότι το αρχείο τηρήθηκε από τον δημιουργό του, με ιδιαίτερη φροντίδα και έγνοια να διασωθεί η παραμικρή λεπτομέρεια και να καταγραφεί κάθε ενέργεια.

Στο αρχείο υπάρχουν τα χειρόγραφα σχέδια απαντητικών επιστολών καθώς και η τελική δακτυλογραφημένη μορφή τους, σχεδόν για κάθε επιστολή που ελάμβανε. Ετσι ο αναγνώστης έχει πλήρη εικόνα των θέσεων και απόψεων του αποστολέα αλλά και του παραλήπτη. Υπάρχουν επίσης όλες οι μορφές των κειμένων του, από την πρώτη γραφή μέχρι την τελική, όπου παρεμβάλλονται διορθώσεις (ουσιαστικές και μη), προσθαφαιρέσεις κ.λ.π. Είναι ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα η παρακολούθηση της εξέλιξης ενός κειμένου για τη μελέτη της προσωπικότητας του δημιουργού του. ΄Ενα άλλο χαρακτηριστικό του αρχείου ήταν τα πολλαπλά δακτυλογραφημένα αντίγραφα (5-10 για πολλά έγγραφα) και τα πολλαπλά αποκόμματα εφημερίδων.

Το αρχείο του Φ.Δ. αναφέρεται κυρίως στην περίοδο του Μεσοπολέμου και στον Εμφύλιο, που είναι από τις πλέον περίπλοκες και συγκεχυμένες περιόδους της νεοελληνικής ιστορίας. Η μεταφορική “αταξία” του αρχείου, συνίσταται σε μια συνεχή, διάχυτη αίσθηση και εντύπωση, ότι σχεδόν όλα τα θέματα, της πρώτης κυρίως ενότητας, είναι αλληλένδετα και συναντιώνται σε όλους τους φακέλους, και αυτό γιατί τα περιεχόμενα των φακέλων επικαλύπτονται ή έχουν εκ των πραγμάτων θεματική συνάφεια και συνέχεια. Η αποτύπωση της ιστορικής περιόδου άφησε τα ίχνη της στη διάρθρωση του αρχείου στο οποίο απεικονίζονται η προσωπική δράση και τα ενδιαφέροντα του δημιουργού του.

Ο κύριος όγκος του αρχείου, είναι επικεντρωμένος στα εθνικά και πολιτικά θέματα της Μακεδονίας και κυρίως, της Δυτικής. Αλλά τα εθνικά θέματα που αντιμετωπίζει η χώρα είναι αναγκαστικά και πολιτικά, ενώ τα πολιτικά συνίστανται σε κομματικά, βουλευτικά, εκλογικά, οικονομικά, εκπαιδευτικά και κυβερνητικά θέματα. Είναι προφανές ότι η αλληλεπίδραση και η αλληλεξάρτηση όλων των παραπάνω θεμάτων και των ανθρώπων που εμπλέκονται δημιουργούν ένα σύμπλεγμα διαλεκτικών σχέσεων, με ιστορική διάρκεια μέσα στο χρόνο.

Η αρχή της πολιτικής σταδιοδρομίας του Στέφανου Ν. Δραγούμη, συμπίπτει και ταυτίζεται με την ανορθωτική προσπάθεια του Χ. Τρικούπη, αλλά συνεχίζεται και μετά το θάνατο του αρχηγού του τρικουπικού κόμματος, τις δύο πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα.
Ως έμπιστος φίλος και συνεργάτης του Χ. Τρικούπη, μέλος των κυβερνήσεών του (1886,1892), θα συμμετάσχει και αυτός στην διαμόρφωση του σύγχρονου νεοελληνικού κράτους και στην ορθολογική, οικονομική και πολιτική του ανάπτυξη.
Τα ιστορικά γεγονότα του τέλους του 19ου αιώνα και των αρχών του 20ού, είναι καθοριστικά για τη σύγχρονη Ελλάδα. Ο ερευνητής της ιστορικής περιόδου που θα θελήσει να χρησιμοποιήσει το πλούσιο αυτό αρχειακό υλικό, θα παρακολουθήσει τα γεγονότα αυτά να διαγράφονται και να εξελίσσονται μέσα από τις ιδιαίτερες συχνά πτυχές τους.

Πλούσια θεματολογία χαρακτηρίζει το σύνολο του αρχειακού υλικού. Τα μεγάλα εξωτερικά θέματα, όπως το Βουλγαρικό (οι συνέπειες της προσάρτησης της Ανατολικής Ρωμυλίας), το Ρουμανικό (η ελληνορουμανική διαφορά με αφορμή τη δίκη Ζάππα και το θέμα των Κουτσόβλαχων), τα Ελληνοτουρκικά, το Αλβανικό – Ηπειρωτικό, το Κρητικό ζήτημα (αυτονομία και ένωση της Κρήτης), το Μακεδονικό, κατέχουν μία κυρίαρχη θέση στα περιεχόμενα του αρχείου.
Ακολουθούνται από τα οικονομικά θέματα (φορολογικά νομοσχέδια, δημόσια δάνεια, νομισματικά θέματα) και σε άμεση συνάρτηση με αυτά η διανομή γαιών στην Θεσσαλία και η αποκατάσταση των προσφύγων (Θεσσαλικά).
Η υπόθεση Ζάππα (σχέσεις Ελλάδας – Ρουμανίας), η Επιτροπή Ολυμπίων και τα Ολύμπια καθώς και τα φιλολογικά και αρχαιολογικά ενδιαφέροντα του Στέφανου Ν. Δραγούμη, συνθέτουν ένα άλλο μεγάλο θεματολογικό κομμάτι του αρχείου.
Το συναρπαστικό χαρακτηριστικό του αρχειακού αυτού υλικού, είναι η διαχρονικότητα και η συνέχεια σε επίπεδο θεμάτων και προσώπων.