Αρχείο Εμμανουήλ Μπενάκη (1904-1929)
Γενική αλληλογραφία (1904-1927): αλληλογραφία μεταξύ Εμμανουήλ Μπενάκη και Μακεδονικού Κομιτάτου σχετικά με την προσφορά όπλων και πυρομαχικών για την ενίσχυση του Μακεδονικού Αγώνα (1904-1906). Επιστολές Αντωνίου Μπενάκη προς τον Εμμανουήλ (1907)· αντίγραφα επιστολών του Εμμανουήλ Μπενάκη προς διαφόρους σχετικά με χορηγίες και άλλα θέματα: επιστολές των : Ελευθερίου Βενιζέλου, Νικολάου Πλαστήρα, Θεόδωρου Πάγκαλου, Γεωργίου Κονδύλη, κ.ά.· επιστολές του Γιάννη Βλαχογιάννη σχετικά με την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» (1907-1921)· επιστολές αναφερόμενες στην αγορά της Βιβλιοθήκης του Γιάννη Ψυχάρη από τον Εμμανουήλ Μπενάκη (1915, 1923-1927).
Έγγραφα σχετικά με την υπηρεσία του Εμμανουήλ Μπενάκη στο Υπουργείο Γεωργίας (1911), καθώς και στη Δημαρχία Αθηνών (1914-1916)· καταθέσεις και απολογία του Εμμανουήλ Μπενάκη και άλλων μαρτύρων στη δίκη για τα Νοεμβριανά (1916)· έγγραφα σχετικά με τη λειτουργία και τη διαχείριση του Πατριωτικού Ιδρύματος, στο οποίο υπήρξε πρόεδρος (1912, 1917-1918).
Υπόθεση δολοφονίας Ίωνα Δραγούμη· ένταλμα σύλληψης του Εμμανουήλ Μπενάκη, ως ηθικού αυτουργού (1921).
Χορήγηση υποτροφιών σε άπορους φοιτητές, καταγόμενους κυρίως από τη Μικρά Ασία, προκειμένου να συνεχίσουν τις σπουδές τους στο εξωτερικό (1920-1925)· εισήγηση στη Βουλή για την ίδρυση σανατορίων (1923). Ευχαριστήριες επιστολές από διάφορα σωματεία και επιτροπές για χρηματικές δωρεές και αγαθοεργίες.
Αλληλογραφία Βιργινίας Μπενάκη (1919-1928).
Οικογενειακή αλληλογραφία: επιστολές Βιργινίας Μπενάκη, Αντωνίου Μπενάκη, Πηνελόπης και Στέφανου Δέλτα προς τον Εμμανουήλ Μπενάκη. Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1904-1925).
Τιμητικά διπλώματα και μετάλλια (1907-1927)· λογαριασμοί, αποδείξεις (1913-1928)· έγγραφα διανομής περιουσίας (1929)· έντυπα.

Αρχείο Αντωνίου Μπενάκη (1906-1954)
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη με τους: Κωνσταντή Σαράφη, Γιάννη Βλαχογιάννη, Κωνσταντή και Σταμάτη Χωρέμη σχετικά με την περισυλλογή των έργων του Αλέξανδρου και του Παναγή Σούτσου, καθώς και τη χρηματοδότηση της έκδοσης των «Απάντων» (1906).
Αλληλογραφία με τον Γιάννη Βλαχογιάννη, κυρίως για την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» και για τις αγορές ιστορικών κειμηλίων, εγγράφων και βιβλίων (1907-1927)· αλληλογραφία με τον Δημήτριο Καμπούρογλου και τον Χριστόφορο Νομικό για θέματα αγορών ιστορικών κειμηλίων, αρχείων κ.ά. (1911-1919). Αλληλογραφία με τους: Αδαμάντιο Αδαμαντίου και Στέφανο Πάργα για την προετοιμασία και την έκδοση βιβλίου Βυζαντινής ιστορίας (1923-1925).
Αλληλογραφία με τον Ελευθέριο Βενιζέλο για την ίδρυση του Φυτοπαθολογικού Ινστιτούτου (1929) και με τον Σπυρίδωνα Μαρινάτο για τις ανασκαφές της Αμισού (1932)· ευχαριστήριες επιστολές προς τον Αντώνιο Μπενάκη για δωρεές έργων τέχνης και χρημάτων από τα ιδρύματα: Βυζαντινό Μουσείο, Εφορεία Αρχαιοτήτων Μακεδονίας, Αγγλοελληνικό Σύνδεσμο, Αθλητικό όμιλο Κηφισιάς, Σχολή Καλών Τεχνών, Εθνική Πινακοθήκη, βιβλιοθήκη της Βουλής κ.ά. (1920-1945).
Δωρεές προς τον Ναυτικό Όμιλο από το 1935 έως το 1940.
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη, ως μέλους της Μονίμου Επιτροπής Διεθνούς Καλλιτεχνικής Εκθέσεως Βενετίας, με καλλιτέχνες, αρμόδιους φορείς, για τη συμμετοχή ελλήνων καλλιτεχνών στη Bienalle (1929-1953).
Έγγραφα σχετικά με τις Δελφικές Εορτές. Αλληλογραφία, λογαριασμοί, αντιμισθίες ηθοποιών και ορχήστρας, φάκελος δικογραφίας κατά του Μπούρλου (1929-1934).
Αλληλογραφία και δημοσιεύματα τύπου σχετικά με τον θάνατο του Ίωνα Δραγούμη (1935).
Αλληλογραφία αναφερόμενη στη διενέργεια εράνου για την αποστολή βιταμινών και ειδών ιματισμού στους δεινοπαθούντες Έλληνες, μέσω του Ερυθρού Σταυρού και της Φανέλας του Στρατιώτη (1944-1948).
Τιμητικά διπλώματα (1912-1947)· ομιλίες και δημοσιεύματα ύστερα από τον θάνατο του Αντωνίου Μπενάκη (1954)

Έγγραφα περιόδου 1894-1927: προσωπικά έγγραφα Ελευθερίου Βενιζέλου (1894 κ.έ.). Προσωρινή Κυβέρνηση Θεσσαλονίκης (1917)ˑ αποτελέσματα των εκλογών 1920ˑ οικογενειακή αλληλογραφία (1921-1923)ˑ επισκευές οικίας Βενιζέλου στη Χαλέπα (1927).
Δημοσιεύματα αγγλικού και γαλλικού τύπου για τον θάνατο του Ελευθερίου Βενιζέλου (1936).
Προσωπικά έγγραφα Σοφοκλή Βενιζέλου (1918-1940): τιμητικά μετάλλια και παράσημα κατά την υπηρεσία του ως αξιωματικού του πυροβολικού (1918-1919)ˑ γενεαλογικά της οικογένειας (1918)ˑ διαθήκη Σοφοκλή Βενιζέλου (1919)ˑ κατάλογοι της βιβλιοθήκης του.
Προσωπική αλληλογραφία: συγχαρητήριες επιστολές για  τους αρραβώνες του με την Αικατερίνη Ζερβουδάκη (1920)ˑ επιστολές του Σοφοκλή προς την Δέσποινα Ζερβουδάκη (1922-1923)ˑ επιστολές Αικατερίνης Ζερβουδάκη προς τον Σοφοκλή (1922).
Έγγραφα σχετικά με την υπηρεσία του στον στρατό (1909-1922)ˑ  στρατός κατοχής Μικράς Ασίας (1919).
Διορισμός του Σοφοκλή Βενιζέλου ως στρατιωτικού ακόλουθου στην ελληνική πρεσβεία της Ουάσινγκτον (1941)ˑ υπηρεσιακά έγγραφα, αλληλογραφία με τον έλληνα Γενικό Πρόξενο στις Η.Π.Α. (1940-1941)ˑ αλληλογραφία με τους: Εμμανουήλ Τσουδερό, Ρούσσο, Σταυρίδη, κ.ά. (1942).
Υπηρεσιακά έγγραφα, ραδιοφωνικές ομιλίες από Λονδίνο (1942).
Απόρρητα έγγραφα κυβέρνησης Καΐρου (1943)ˑ εκθέσεις, αναφορές για το Δωδεκανησιακό ζήτημαˑ τη στάση στο πολεμικό πλοίο "Ιέραξ"ˑ έκθεση του Τσουδερού για τη λεηλασία στην Τράπεζα Ελλάδος κ.ά.
Εκθέσεις για το πολιτειακό ζήτημα, την πολιτική κατάσταση στην Ελλάδα, την καταβύθιση ελληνικών πολεμικών πλοίων, την εθνική αντίσταση κ.ά. (1943).
Εμπιστευτικά έγγραφα, εκθέσεις, αλληλογραφία και σημειώσεις για τα γεγονότα (1944-1946) και την πολιτική κατάσταση στην Ελλάδα: Συμφωνία Λιβάνου, κίνημα Μέσης Ανατολής, παράδοση του Ρίμινι στις ελληνικές δυνάμειςˑ εκθέσεις για την κατάσταση στην Κρήτη (1945) και τη Βόρειο Ελλάδα (1946)ˑ αποστολή στις Η.Π.Α. (1946)ˑ πρακτικά συνομιλιών, αλληλογραφία σχετικά με άλλα θέματα.
Έγγραφατης Επιτροπής Διεκδικήσεων για την ανασυγκρότηση της Ελλάδας (1946). Εμφύλιος πόλεμος (1947).
Υπηρεσιακά και κυβερνητικά έγγραφα (1948-1949): αλληλογραφία του Σοφοκλή Βενιζέλου με τους C. Dwight, Griswold, Samy Cohn, ταξίαρχο Παντελίδη, Δημήτρη Φιλάρετο,  Απόστολο Ορφανίδη, Βασίλειο Δενδραμή (πρέσβη στις Η.Π.Α.) κ.ά. (1948)ˑ εκθέσεις για την στρατιωτική κατάσταση και την επαγγελματική εκπαίδευση, το ενεργειακό, την ελληνοτουρκική οικονομική συνεργασία κ.ά.
Υπηρεσιακά-κυβερνητικά έγγραφα (1950-1952): συλλήψεις και εκτοπίσεις πολιτικών κρατουμένωνˑ επιτροπή οικονομικώνˑ νομολογίες και σχέδια νόμωνˑ  ύδρευση της Αθήναςˑ σανατόριο Κρήτης. Εκκλησιαστικές υποθέσεις (1950-1951)ˑ αμερικανική βοήθεια (1951-1953)ˑ  ταμείο κοινωφελών έργων προέδρου της κυβέρνησης (1950-1952).
Υπηρεσιακά-κυβερνητικά έγγραφα (1952-1953): υπόθεση "Μερκαντίλε"ˑ αλληλογραφία με James Van Fleet, George Meyers κ.ά.
Έγγραφα των Υπουργείων: Εξωτερικών, Δημοσίων Έργων, Ανοικοδομήσεως, Υγιεινής, Συγκοινωνιών κ.ά. (1947-1964).
Προσφωνήσεις, αγορεύσεις του Σοφοκλή Βενιζέλου (1943-1952).
Έγγραφα ποικίλου περιεχομένου και αλληλογραφία των ετών (1953-1957).
Κυπριακό (1951-1964)ˑ  ελληνογιουγκοσλαβικά (1953-1963).
Έγγραφα σχετικά με την ελληνική Οικονομία και Βιομηχανία (1948-1963).
Πρακτικά και αποδείξεις συνδρομητών του κόμματος των Φιλελευθέρων (1946-1963).
Σημειώσεις και λογοτεχνικά σχεδιάσματα (1944, χ.χ.)ˑ  χάρτες επιτελικοί. Διάφορα (1951-1964).
Αποκόμματα τύπου (1943-1960)ˑ έντυπα (1893-1943).