Ζητήματα κτηματικά, οικονομικά και διαπραγματεύσεις, θέματα για τη δημόσια εκπαίδευση, προξενικά ζητήματα και διπλωματικές σχέσεις με τρίτες χώρες, εμπορικά, διοικητικά και δικαστικά ζητήματα, κρούσματα πανώλης, υγειονομικά μέτρα, ναυτιλιακά ζητήματα, πολιτικές σχέσεις Ελλάδας - Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, διώξεις και μέτρα κατά των Ελλήνων, θέματα ελληνισμού, δικαστικές υποθέσεις, διπλωματικά θέματα, αλληλογραφία με το Γενικό Προξενείο Θεσσαλονίκης, ζητήματα ελληνικής εθνικότητας στη Τουρκία κατά το έτος 1874, θέματα προσωπικού, αιτήσεις αποφυλάκισης Ελλήνων κρατουμένων, ναυάγια, εκπαιδευτικά και εκκλησιαστικά ζητήματα, φάροι, σπογγαλιεία, υποθέσεις Ελλήνων Οθωμανών υπηκόων, πολιτική κατάσταση Κοσσυφοπεδίου, οργάνωση εκκλησιών Μακεδονίας, Μικράς Ασίας και Αιγαίου, πολιτικά θέματα νησιών Αιγαίου, ζητήματα Πατριαρχείων, μεταξοσκωληκοτροφία, αρμενικό ζήτημα, ελληνοτουρκικός πόλεμος (1897), υποθέσεις φυλακισμένων, υποθέσεις εξισλαμισμού Ελληνίδων, ποινικά ζητήματα, κληρονομικές υποθέσεις και κληροδοτήματα, πολιτικές και στρατιωτικές εκθέσεις, αλβανικά θέματα, θρακικά, βουλγαρικά, μακεδονικά, ρουμανικά, σερβικά ζητήματα, ζητήματα ιθαγένειας, ζητήματα Οικουμενικού Πατριαρχείου, γεωργικά θέματα, ημερήσεις αναφορές πρέσβεων, γεγονότα κατά Ισραηλιτών, επειδόσια στην Ελασσώνα, κρητικό ζήτημα, σχίσμα Βουλγαρίας, σχετικά με το Άγιο Όρος, σεισμός στη Σαμοθράκη, περί ληστείας, προάσπιση ελληνισμού στην Αλβανία, μέτρα κατά Ελλήνων και Αρμενίων, πίνακες πληθυσμού, σεισμοί Κωνσταντινουπόλεως, κ.ά.

Το αρχείο αποτελείται από την επίσημη αλληλογραφία του Σκουλούδη, λευκώματα με αποκόμματα εφημερίδων, και βιβλία από την ιδιωτική του βιβλιοθήκη. Παρέχουν έναν πλούτο πληροφοριών για την πολιτική σταδιοδρομία του Σκουλούδη και την ιστορία της Σύγχρονης Ελλάδας στο τελευταίο μέρος του 19ου αιώνα και το πρώτο τέταρτο του 20ου αιώνα. Ο Σκουλούδης ήταν επίσης ιδρυτής της Εταιρείας της Λίμνης Κωπαΐδος (1883), που ανέλαβε το πρόγραμμα για την αποξήρανση της Λίμνης Κωπαΐδος στα τέλη του 19ου αιώνα.