Το αρχείο του Ιωάννου Μεταξά περιλαμβάνει αρχειακό υλικό (αλληλογραφία, εκθέσεις, χάρτες, φωτογραφίες, αναφορές) σχετικά με την πολιτική του πορεία, τη στρατιωτική του σταδιοδρομία και την πολιτική του καθεστώτος της 4ης Αυγούστου, ενώ ένα μεγάλο μέρος του αρχείου σχετίζεται με τη στρατιωτική προπαρασκευή της χώρας ενόψει της ιταλικής επίθεσης τον Οκτώβριο του 1940. Περιλαμβάνονται, επίσης, προσωπική και οικογενειακή αλληλογραφία, έγγραφα σχετικά με την οικογένεια Μεταξά, χειρόγραφα σημειωματάρια, πιστοποιητικά που σχετίζονται με την ιδιωτική του ζωή και το προσωπικό του ημερολόγιο.

1. Είκοσι τέσσερις (24) φωτογραφίες του Σχεδίου Μάρσαλ που στάλθηκαν από την κοινότητα Ξυλοκάστρου.
2. Ευχαριστήριο έγγραφο της κυβέρνησης της Νέας Ζηλανδίας προς την κοινότητα των Αρχαίων Κλεωνών.

Φάκελοι της Κεντρικής Διοίκησης και των Περιφερειακών Διοικήσεων της μεταξικής Εθνικής Οργάνωσης Νεολαίας (ΕΟΝ). Οι φάκελοι που αφορούν την οργάνωση και λειτουργία της Κεντρικής Διοίκησης της ΕΟΝ αποτυπώνουν τις αρμοδιότητες και τη δράση της οργάνωσης: πολιτική διαφώτιση (αγωγή του Πολίτου), λογοκρισία, Τύπος και Αρχεία Φωτογραφιών (αποκόμματα Τύπου για τη δράση της ΕΟΝ και φωτογραφίες), περιοδικόν Νεολαία, μελέται θεωρητικών και τεχνικών σπουδών/βιβλιοθήκαι, στρατιωτική εκπαίδευση (πεζικό, ναυτικό, αεράμυνα-ανεμοπορία), κατασκηνώσεις ΕΟΝ, γεωργική, βιοτεχνική και τεχνική εκπαίδευση, θέματα διοικητικά/προσωπικού, κινήσεις τμημάτων για εορτασμούς, σχέδια κανονισμών, προσαρτημένοι οργανισμοί (φάκελοι σχετικά με την απορρόφηση υπαρχόντων οργανισμών νεολαίας στην ΕΟΝ), προετοιμασία και συγγραφή συγγραμμάτων και βιβλίων εκπαίδευσης, σχολές βαθμοφόρων, οργάνωση μονάδων εξωτερικού κ.ά. Οι φάκελοι των Περιφερειακών Διοικήσεων της ΕΟΝ το υλικό περιλαμβάνει, κυρίως, εκθέσεις πεπραγμένων, εκθέσεις επιθεωρήσεων, πίνακες βαθμοφόρων/σύνθεση Περιφερειακής Διοίκησης, οικονομικά στοιχεία, αλληλογραφία με την Κ.Υ., θέματα προσωπικού (διορισμοί), δελτία κινήσεως, φάκελοι οικονομικών υπηρεσιών κ.ά. Στο αρχείο εντάσσονται και φάκελοι για τη δράση της ΕΟΝ την περίοδο του ελληνοϊταλικού πολέμου το 1940 -1941 που περιλαμβάνουν έγγραφα, αποκόμματα Τύπου, Δελτία Ειδήσεων και Συνθημάτων, Δελτία Στατιστικής Πολεμικής Δράσεως, δελτία πληροφοριών που αφορούν την οργάνωση της πολιτικής επιστράτευσης, τη δράση της Κεντρικής Υπηρεσίας Αλληλεγγύης Μετώπου (ΚΥΑΜ), υπηρεσία της ΕΟΝ για την επιμελητεία, και τις αντίστοιχες Περιφερειακές Υπηρεσίες, φωτογραφίες φονευθέντων μελών της ΕΟΝ που στρατεύτηκαν, φύλλα της εφημερίδας μετώπου "Οχρίς" ή "Αχρίς", σκίτσα δημοσιευμένα σε εφημερίδες κ.ά. Στο αρχείο έχει ενταχθεί και ένας φάκελος που αφορά τη Λουκία Μεταξά (απονομή τιμητικών τίτλων).

Συλλογή εγγράφων της Νομαρχίας Θεσσαλονίκης της περιόδου 1940-1950:
Έκθεση για τα γεγονότα της περιόδου 1940-1950 στο χωριό Νυμφόπετρα Θεσσαλονίκης, προπαγανδιστική ιταλική προκήρυξη, εγκύκλιος του Υπουργείου Εσωτερικών του Οκτωβρίου του 1940, λίστα επιταχθέντων ζώων από τις στρατιωτικές αρχές το 1941. Μήνυμα της κυβέρνησης της Νέας Ζηλανδίας προς την κοινότητα Χαλάστρας για τη βοήθεια που προσέφεραν σε Νεοζηλανδούς στρατιώτες. Έγγραφα της Επαρχίας Λαγκαδά και κοινοποιήσεις σε δήμους και κοινότητες εγκυκλίων ελληνικών αρχών και γερμανικών κατοχικών αρχών σχετικά με την ύπαρξη Σοβιετικών αιχμαλώτων πολέμου και ομήρων που παρέμειναν στην Ελλάδα μετά το τέλος του πολέμου, την αποστολή εργατών σε έργα της Γερμανικής Στρατιωτικής Διοίκησης Λαγκαδά, την εφαρμογή του γερμανικού ποινικού δικαίου στην κατεχόμενη Ελλάδα και την υποχρέωση τοπικών αρχών να φροντίζουν τους τάφους των Γερμανών στρατιωτών. Έγγραφα της Γενικής Διοίκησης Μακεδονίας προς τον Σύνδεσμο Βιομηχάνων Μακεδονίας σχετικά με την εντολή των γερμανικών αρχών για τη συγκέντρωση στοιχείων για τις βιομηχανίες της επαρχίας Θεσσαλονίκης καθώς και έγγραφα σχετικά με την προστασία των εγκαταστάσεων της Α.Ε. Χρυσωρυχεία Βορείου Ελλάδος στο Κιλκίς. Εκθέσεις πεπραγμένων του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσσαλονίκης για τη λειτουργία παιδικών συσσιτίων, την ενίσχυση των απόρων φυματικών και των ιδρυμάτων προστασίας του παιδιού την περίοδο της Κατοχής και την ενίσχυση στρατιωτικών μονάδων, μαχομένων και των οικογενειών τους και "συμμοριοπλήκτων" την περίοδο του Εμφυλίου. Έγγραφα του Υπουργείου Οικονομικών για την απονομή πολεμικών συντάξεων σε εκτελεσθέντες από Γερμανούς, Βούλγαρους και Τάγματα Ασφαλείας, έγγραφα στρατιωτικών αρχών για προαγωγή επί ανδραγαθία πεσόντων οπλιτών και βεβαιώσεις βομβοπλήκτων και ανταρτοπλήκτων. Διαταγή της Ανωτέρας Διοίκησης Χωροφυλακής Κεντρικής Μακεδονίας προς την Επαρχία Λαγκαδά σχετικά με τη γνωστοποίηση εμφάνισης "συμμοριτών". Εγκύκλιοι της Γενικής Επιθεώρησης Μέσης Εκπαίδευσης Θεσσαλονίκης σχετικά με τη συμμετοχή των μαθητών σε εράνους υπέρ μαχομένου στρατού, ιδρυμάτων και σχολείων που καταστράφηκαν από "συμμορίτες". Έγγραφα σχετικά με την παροχή βοήθειας από UNRA, Greek War Relief Association, Διεθνή Ερυθρό Σταυρό και Σχέδιο Μάρσαλ για την αποκατάσταση ύδρευσης Θεσσαλονίκης, τη χορήγηση βοηθημάτων στο Δημοτικό Βρεφοκομείο Θεσσαλονίκης Άγιος Στυλιανός. Αντικομμουνιστικά έντυπα και φυλλάδια της Διεύθυνσης Τύπου του Γενικού Επιτελείου Στρατού. Φωτογραφία του Γεωργίου Πάλλα αγωνιστή της Εθνικής Αντίστασης, αντίγραφα φωτογραφιών της περιόδου της Κατοχής και σημειώματα του Πάλλα για την Κατοχή και την Εθνική Αντίσταση.