Το αρχείο περιλαμβάνει αλληλογραφία του Δ. Πετρακάκου, έγγραφα σχετικά με τους διορισμούς και τις απολύσεις του, ομιλίες και άρθρα του, διπλώματα, εφημερίδες, φωτογραφίες, προσωπικά κ.ά. Περιλαμβάνει επίσης τρία έγγραφα της περιόδου 1879-1891 που αφορούν τον πατέρα του Νικόλαο Πετρακάκο.

Αλληλογραφία της Αμαλίας Κολοκοτρώνη με φορείς της Εκκλησίας για την ανέγερση ορθόδοξου ναού στη Γενεύη (αντίγραφα επιστολών, 1961-1966). Αλληλογραφία με φορείς της Εκκλησίας σε σχέση με την ίδρυση του Ελληνικού Ορθόδοξου Ιδρύματος του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Λωζάννη (Fondation Orthodoxe du Patriarchat Oecumenic) καθώς και για διάφορα ζητήματα (1966-1997).

Εγκύκλιοι της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος προς τις Μητροπόλεις, για θέματα που αφορούν μοναστηριακά ζητήματα τις δύο πρώτες δεκαετίες του ελληνικού κράτους. Τα θέματα που καλύπτονται είναι διοικητικά, οικονομικά, εκπαιδευτικά: διαδικασία εκλογής ηγουμένων και έγκυρο των υπογραφών τους, συγκέντρωση των περιουσιακών στοιχείων των μονών που διατηρούνται και όσων καταργούνται, σύνταξη και αποστολή οικονομικών απολογισμών από τις μονές, αποστολή πολιτών για εκπαίδευση στη Ριζάρειο Σχολή και τις δυσκολίες των μονών να καλύψουν τα έξοδα συντήρησής τους, απότιση φόρου εκκλησιαστικού δέκατου, χειροτονίες πρεσβυτέρων. Αναφέρονται επίσης στις απαγορεύσεις υποθήκευσης και ενοικίασης μοναστηριακών κτημάτων, επιτροπείας ανηλίκων και ιδιωτικών περιουσιών από μοναχούς, απόδοση μοναχικού σχήματος σε φυγόστρατους, παροχής ασύλου σε ληστές. Περιέχεται επίσης ένας απολογισμός εσόδων – εξόδων της Μονής Πετράκη του έτους 1883.

«Κτηματολόγιον Ιεράς Μονής Πετράκη». Στο εσωτερικό υπάρχει η ένδειξη: «Παρελήφθη τηv 15ηv Ioυλίoυ 1936 άvευ παραβoλής με τo πρoτότυπov». Πρόκειται για βιβλίο καταγραφής της κτηματικής περιoυσίας της I.Μovής Πετράκη (γήπεδα, αγροτικές εκτάσεις) στις περιοχές: Αθήναι, Αμαρούσιον, Κερατέα, Μενίδιον, Κορωπίον.

Το μεγαλύτερο μέρος του αρχείου περιλαμβάνει τεκμήρια από την επαγγελματική δραστηριότητα του Σπ. Ζώη ως ιερέα και διδάσκοντα σε σχολεία της ομογένειας: αλληλογραφία με την Αρχιεπισκοπή Αμερικής και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, από τη λειτουργία και τις δραστηριότητες ορθόδοξων ναών σε ελληνικές ενορίες διαφόρων περιοχών της Αμερικής, επίσης μεγάλο αριθμό έντυπου υλικού: εκπαιδευτικά βιβλία για χρήση των σχολείων των ελληνικών κοινοτήτων και κατηχητικών της Αμερικής, έντυπα της Αρχιεπισκοπής Βορείου και Νοτίου Αμερικής, έντυπα θρησκευτικών φορέων και οργανώσεων, και φωτογραφικό υλικό.

Το αρχείο του μητροπολίτη Τραπεζούντος και αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρύσανθου (Κομοτηνή 1881-Αθήνα 1949) περιλαμβάνει υπηρεσιακή αλληλογραφία, προσωπικά έγγραφα, φύλλα και αποκόμματα εφημερίδων, υπομνήματα, εκθέσεις και αναφορές, χειρόγραφες και δακτυλόγραφες σημειώσεις, έντυπα, φωτογραφίες, χάρτες που αφορούν την εκκλησιαστική και πνευματική δράση του και αποτελείται από 10 φακέλους.
Οι δύο πρώτοι φάκελοι (φάκελοι 1 και 2) του αρχείου του Χρύσανθου αφορούν την υπηρεσία του ως αρχειοφύλακα του Πατριαρχείου και μητροπολίτη Τραπεζούντος μέχρι το διορισμό του ως αντιπροσώπου του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Ελλάδα το 1926. Το υλικό αποτελείται από υπομνήματα, αλληλογραφία και αποκόμματα εφημερίδων που αφορούν τη δράση του για την αυτοδιάθεση του Πόντου και την αντίθεσή του στην εκλογή του Μελέτιου Μεταξάκη ενώ περιλαμβάνονται επίσης πρωτότυπα και φωτοτυπημένα αντίγραφα των εφημερίδων Εκκλησιαστική Αλήθεια και Οι Κομνηνοί, άδειες διδασκαλίες από μητροπόλεις της Μικράς Ασίας, αποδείξεις αγοράς βιβλίων από το Leipzig και λίγα τεκμήρια σχετικά με το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας (Μελέτιος Μεταξάκης) και την συμμετοχή του Χρύσανθου στην Επιτροπή για τον καθορισμό κανονικού συστήματος για την οργάνωση και τη διοίκηση μητροπόλεων των Νέων Χωρών.
Στους φακέλους 3 και 4 συγκεντρώθηκε το υλικό που αφορά την υπηρεσία του ως αντιπροσώπου του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Ελλάδα: αλληλογραφία, εκθέσεις, αναφορές και υπομνήματα κυρίως για τα ζητήματα των παλαιοημερολογιτών, του Πατριαρχείου Αντιοχείας, των σχέσεων με το Βατικανό, της διαχείρισης των περιουσιών της Μονής Ιωάννη Θεολόγου στην Πάτμο και των πατριαρχικών και σταυροπηγιακών μονών Σάμου. Καλύπτονται επίσης η δράση της Χ.Α.Ν-Χ.Ε.Ν. στην Ελλάδα, η λειτουργία της φοιτητική στέγης «Αθηνά» του Όμηρου Πιζάνη στο Βερολίνο και των των σχολών: Αθωνειάδο, Αναργύρειο και Κοργιαλλένειο Σχολή Σπετσών κ.ά. Περιέχεται, τέλος, αλληλογραφία με τον μητροπολίτη Χαλκηδόνος Μάξιμο, το Οικουμενικό Πατριαρχείο, και διάφορους μητροπολίτες. Το υλικό χαρακτηρίζεται από αποσπασματικότητα.
Οι φάκελοι 5 και 6 αφορούν την Αρχιεπισκοπή Αθηνών: αλληλογραφία με ιερείς Ελλάδος, διάφορα υπομνήματα, αποδείξεις Κοινωνικής Πρόνοιας Στρατευμένων, φάκελοι υποθέσεων υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, μήνυση του Θεοδόσιου Σπεράντζα, λειτουργία της Σιβιτανίδειου Σχολής κ.ά. Σημαντικά είναι τα σχέδια νόμου με χειρόγραφες σημειώσεις του Χρύσανθου που αφορούν τον Καταστατικό Νόμο της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Στον φάκελο 7 συγκεντρώθηκε το υλικό σχετικά με την εκθρόνισή του (που καλύπτεται συστηματικότερα), τη δράση του στην Κατοχή (υπομνήματα κ.ά.) και την περίοδο 1945-1949 (αλληλογραφία).
Ο φάκελος 8 περιλαμβάνει εισερχόμενη αλληλογραφία του Χρύσανθου και στον φάκελο 9 συγκεντρώθηκαν χειρόγραφα και δακτυλόγραφα κειμένων του Χρύσανθου, δημοσιευμένα κείμενα, αποκόμματα και ποικίλο άλλο υλικό.
Το φωτογραφικό υλικό (δύο άλμπουμ και λυτές φωτογραφίες του Χρύσανθου, αρχιερέων και προσωπικοτήτων και φωτογραφίες από τον Πόντο) συγκεντρώθηκε στον φάκελο 10.
Το υλικό που παρήγαγε ο Τασούδης και περιλαμβάνεται στο αρχείο Χρύσανθου (φάκελοι 11 και 12) αποτελείται από δοκίμια του δεύτερου και τρίτου βιβλίου του, φύλλα και αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών σχετικά με την αναγγελία και την κριτική των βιβλίων του στον Τύπο, την δημοσίευση επιστολών του Τασούδη σε εφημερίδες (κυρίως στην Εστία) σχετικά με διάφορα θέματα που αφορούν σε υποθέσεις που χειρίστηκε ο Χρύσανθος, δημοσιεύματα που αναφέρονται στη δράση του Χρύσανθου, αλληλογραφία του με διαφόρους κ.ά. (1949-1992).
Τα εμπροσθόφυλλα των παλιών φακέλων του αρχείου διατηρήθηκαν και συγκεντρώθηκαν στον φάκελο 13.

Το αρχείο περιέχει αλληλογραφία, δικαστικά έγγραφα (αποφάσεις, κλητήρια θεσπίσματα, αποδεικτικά επίδοσης κ.ά.), αποδείξεις, εκθέσεις, υπομνήματα, πίνακες προσωπικού και πίνακες οικονομικών στοιχείων που αφορούν τη λειτουργία της «Χρυσαλίδος» και τις φορολογικές υποθέσεις των Στυλιανού και Κλεονίκης Παπαδοπούλου.

Το τμήμα του αρχείου που αφορά τη «Χρυσαλίδα» περιέχει υλικό που αναφέρεται στη μετατροπή της σε ανώνυμη εταιρεία, τις σχέσεις της με προμηθευτές κουκουλιών και εμπόρους των προϊόντων της (πτωχεύσεις, χρέη προς «Χρυσαλίδα», αγορά κουκουλιών, συμβάσεις κ.ά), εργατικά ζητήματα (κυρίως απολύσεις και αποζημιώσεις για εργατικά ατυχήματα) , την αγορά οικοπέδων στον Ποδονίφτη, τη μίσθωση κτημάτων της εταιρείας σε τρίτους, την επιβολή φορολογίας από τις κοινότητες Γουμένισσας, Νέας Χαλκηδόνας και το Δήμο Αθηναίων κά.

Το τμήμα του αρχείου που αφορά τον Στυλιανό περιλαμβάνει σημειώματα, ενστάσεις, εφέσεις και αποφάσεις επιτροπών επί των ενστάσεων διαφόρων εφοριών (Α΄ και Δ΄ εφορίας Πειραιά, Ζ΄ Αθηνών), αποφάσεις του Ελεγκτικού Συνεδρίου που αφορούν στους φορολογικούς ελέγχους για απόκρυψη κερδών της εταιρείας όταν ήταν ιδιωτική επιχείρηση και συγκεκριμένα για τα οικονομικά έτη 1916-1917 και 1921 έως 1927. Τα στοιχεία για τη δραστηριότητα της «Χρυσαλίδος» ως ιδιωτικής επιχείρησης, μπορούν να βρεθούν εδώ.

Το υλικό που αφορά την Κλεονίκη Παπαδοπούλου αναφέρεται σε κληρονομικά ζητήματα, μισθώσεις ακινήτων και διάφορες φορολογικές υποθέσεις της Κλεονίκης.