Το Ιστορικό Αρχείο της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας περιλαμβάνει:

Τη διοικητική αλληλογραφία κυρίως της Κεντρικής Αρχαιολογικής Υπηρεσίας με τις περιφερειακές αρχαιολογικές εφορείες, με τις Ξένες Σχολές, με δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς καθώς και με πολίτες.

Το περιεχόμενο της αλληλογραφίας αφορά σε ζητήματα που έχουν σχέση με την αποκάλυψη, φύλαξη και προστασία των αρχαίων και βυζαντινών αντικειμένων, την έκθεση αυτών στα μουσεία, καθώς και τη δημοσίευσή τους, τις εργασίες συντήρησης, μελέτης και ανάδειξης των μνημείων και των αρχαιολογικών χώρων, τις κηρύξεις προστασίας αρχαιολογικών συνόλων και βυζαντινών μνημείων, την παραγωγή, διάθεση και εξαγωγή αντιγράφων αρχαιοτήτων, την εποπτεία αρχαιοπωλείων και ιδιωτικών συλλογών, τη διώξη της αρχαιοκαπηλείας και την έκδοση αδειών μελέτης εντός των μουσείων και των αρχαιολογικών χώρων. Τέλος, στην αλληλογραφία εμπεριέχονται στοιχεία που αφορούν σε απαλλοτριώσεις, διοικητικά και οικονομικά ζητήματα καθώς και τα πρακτικά των συνεδριάσεων του Αρχαιολογικού Συμβουλίου.

Η μορφή του περιεχομένου του αρχειακού συνόλου συνίσταται σε βιβλία πρωτοκόλλων και διεκπεραιώσεως, έγγραφα (χειρόγραφα και δακτυλογραφημένα), φωτογραφίες (slides, contacts, αρνητικά), σχέδια, χάρτες και σκαριφήματα, βιβλία και ανάτυπα, περιοδικά και εφημερίδες, καθώς και σε λιγοστά αντικείμενα.