Βιβλίο Μητρώου και φάκελοι: Αλληλογραφία, ατομικοί φάκελοι, μεταβολές λιμενικών αρχών - σύσταση, κατάταξη στρατιωτικού προσωπικού Λ.Ε., προγράμματα μετεκπαίδευσης- επιμόρφωσης προσωπικού, αποζημίωση προσωπικού Λ.Ε. για εργασία, νυχτερινώς απασχολούμενοι, ετήσιοι πίνακες καυσίμων, δελτίο συμβάντων κ.ά..

Φάκελοι εγγράφων: πραγματογνωμοσύνες - εισαγγελικοί λειτουργοί - διερμηνείς, περί βολών, αλληλογραφία με Λιμεναρχείο Σάμου - λιμεναρχεία, άδειες ρυμούλκησης, ελευθεροκοινωνία πλοίων, άδειες μεταφοράς νεκρών με πλοίο - ασθενών - ζώων, εκχώρηση αιγιαλού, αλληλογραφία για ρύπανση θαλάσσια, περί ναυτιλιακών εγγράφων, σήματα ανέργων ναυτικών, αλληλογραφία με Δ.Ε.Π. για θέματα αξιοπλοΐας κ.λπ..

Δελτία συμβάντων, καταστάσεις Φ.Λ.Τ. Σάμου, πίνακας παραβιάσεων Κ.Ο.Κ., δελτία κίνησης, φαρικά τέλη, δελτία δραστηριότητας, κ.ά..

Αιτήσεις έκδοσης αδειών αλιείας, εκθέσεις επιθεωρήσεων, αιτήσεις ανέργων κ.ά..

Φάκελοι κατάπλου τουρκικών πλοίων, υπηρεσία υγειονομικού, απογραφή συνταξιούχων Ν.Α.Τ., αναφορές Frontex κ.ά...

Δικαιολογητικά Ν.Α.Τ., κεφάλαιο Λ.Α. Υπουγείου Οικονομικών, εισπράξεις λιμενικών τελών, αναφορές συμβάντων, υποβολή δελτίων ναυτιλιακής κίνησης κ.ά..