Περιέχει υλικό σχετικό με την Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου, τις νομαρχίες - επαρχίες, την Αστυνομία - Χωροφυλακή, τις φυλακές, την υγιεινή - ιατρικά, τα μνημεία και κτήρια, την ανέγερση της πόλεως Αθηνών - Πειραιώς και λοιπών πόλεων και χωριών, τις μεταφορές - επικοινωνίες, τη βιομηχανία - οικοτεχνία, το εμπόριο, τη γεωργία - καλλιέργεια, τον Τύπο, τα δάση, τον πληθυσμό - ιθαγένεια - μετανάστευση, διάφορα και δυσκαθόριστα έγγραφα.

Το αρχείο διαρθρώνεται σε υποαρχεία των επιμέρους Τμημάτων του με τις αρχειακές σειρές να διαμορφώνονται ως ακολούθως: Τμήμα Α' Διοικητικό: Αλλαγές επωνύμων, Αλλοδαποί-ειδήσεις μεθορίου, χορηγούμενες άδειες περιήγησης της Ελλάδας, Αστυνομία, Δημαιρεσιακά έξοδα, Δημόσια ασφάλεια, Εκδουλεύσεις αγωνιστών, Εκλογικά, Επικουρίες και αμοιβές, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Μισθοί και έξοδα διοικητικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα ποινικών υπαλλήλων, Πολιτογραφήσεις, Προσωπικό υπουργείων και νομαρχιών, Στρατός, Συντάξεις απομάχων χηρών και ορφανών, Τελετές και πανηγύρεις, Φυλακές. Τμήμα Β' Δημοτικό: Αγαθοεργίες και αγαθοεργά καταστήματα, Αναθήματα-κληροδοτήματα, Δημοτικά διοικήσεων και νομών, Δημοτικές αρμοδιότητες, Δημοτικοί κανονισμοί, Εκθετα τέκνα, Επαρχιακά διοικήσεων και νομών, Επαρχιακά Συμβούλια, Ερανοι, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Φορολογία. Τμήμα Γ' Υγειονομικό: Εμβολιασμοί, Ιατρική εκπαίδευση, Μεταβολές ιατρικού προσωπικού, Μεταβολές υγειονομικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα υγειονομικών υπαλλήλων και ιατρών, Νόσοι εσωτερικοί-εξωτερικοί, Σύσταση και υπηρεσία λοιμοκαθαρτηρίων, Σύσταση και υπηρεσία υγειονομείων, Υγειονομικαί εισπράξεις, Υγειονομικές καθάρσεις, Υγειονομικές παραβάσεις, Υγειονομικοί κανονισμοί, Υπηρεσία ιατρών, Φάρμακα και φαρμακεία, Φωτισμός-καθαριότητα και νεκροταφεία πόλεων. Τμήμα Δ' Δημόσιας Οικονομίας: Αποικίες-μετοικεσίες-συνοικισμοί, Αρχαιότητες, Ασφαλιστικά καταστήματα, Ατμοπλοΐα, Βιομηχανία-θέατρα-παγκόσμιες εκθέσεις, Γεωργία, Γραφείο Δημόσιας Οικονομίας, Δασονομία-αγρονομία-αγροφυλακή-Γεωργική Σχολή Τίρυνθας , Δενδροκομεία, Δημητριακοί καρποί, Δημόσιοι πρόσοδοι, Εθνικά- ιδιωτικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εθνικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εκπαιδευτικά καταστήματα-υπότροφοι, Εμπόριο, Επιστημονικές συλλογές, Εφημερίδες και περιοδικά συγγράμματα, Ιπποφορβείο, Κατάπλοι και απόπλοι, Κτηνοτροφία, Λατομεία, Λαχεία, Μεταθέσεις πρωτευουσών, Μέταλλα-μεταλλεία, Μέτρα και σταθμά, Μνημεία, Ναυτιλία, Οροθεσίες δήμων και χωριών, Παράσημα, Σιδηρόδρομοι, Στατιστικά, Συγχωνεύσεις και μετασχηματισμοί δήμων, Σχέδια πόλεων, Ταχυδρομικά, Ταχυδρομικά τέλη, Ταχυδρομικές συμβάσεις, Τηλεγραφικά, Τοπογραφικοί χάρτες, Υλοτομία, Χρηματικές προκαταβολές, Χρηματικές τράπεζες, Χρηματικές τράπεζες-χρηματικές προκαταβολές-τοπογραφικοί χάρτες. Τμήμα Ε' Δημοσίων Έργων: Oδοποιΐα, Γεφυροποΐα, Δημόσια κτίρια, Ιερά καταστήματα, Λιμενικά έργα: φάροι-προκυμαίες, Μηχανικό: υπηρεσία γεωμετρών και αρχιτεκτόνων, Μισθοί και έξοδα προσωπικού δημοσίων έργων, Υδραυλικά έργα: φρέατα-διώρυγες-οχετοί-αποξηράνσεις λιμνών και ελών.

Το αρχείο αποτελείται κυρίως από την εμπορική αλληλογραφία της εταιρείας «Μ.Χ. Καραθανάσης & Σία» και καλύπτει κυρίως τις περιόδους 1896-1915 και 1925-1930. Δεν υπάρχει κανένα τεκμήριο από το διάστημα 1916-1924.

Η αλληλογραφία είναι με Έλληνες και ξένους πελάτες -ιδιώτες και εμπόρους- συνεργάτες, προμηθευτές, αντιπροσώπους, μεταφορικές εταιρείες, τράπεζες, πρεσβείες και προξενεία, κ.ά. Οι πελάτες είναι κυρίως ξένοι. Το αρχείο παρουσιάζει αυξημένο ενδιαφέρον για το εμπόριο τσιγάρων και δευτερευόντως καπνών στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ού αιώνα, την ελληνική και ειδικότερα τη σαμιακή καπνοβιομηχανία καθώς και για τις εμπορικές πρακτικές της εποχής.

Αν και το αρχείο δεν δίνει πληροφορίες για την εσωτερική οργάνωση της εταιρείας, η εκτεταμένη αλληλογραφία με συγγενείς (κοντινούς ή μακρινούς), οι οποίοι εμπορεύονται τα τσιγάρα Καραθανάση σε διάφορα μέρη του κόσμου δείχνει ίσως τη σημασία που έπαιξαν τα συγγενικά δίκτυα στην εξάπλωση της δραστηριότητας της εταιρείας.

Τα τσιγάρα Καραθανάση φαίνεται ότι είχαν ιδιαίτερη απήχηση στους ευρωπαίους διπλωμάτες της εποχής, καθώς οι παραγγελίες από πρεσβείες και προξενεία είναι συχνές.

Στο φάκελο 11.1, συνημμένα σε επιστολή, υπάρχουν δείγματα τσιγαρόχαρτων διαφόρων υλικών, χρωμάτων και ποιοτήτων, δίνοντας εικόνα της ποικιλίας τσιγαρόχαρτων που υπήρχε.

Ενδιαφέρον επίσης παρουσιάζει η εμπορική αλληλογραφία με διάφορους Έλληνες προμηθευτές καπνών, παραγγελιοδόχους και μεσάζοντες. Αρκετοί από αυτούς εδρεύουν στη Σύρο, γεγονός που δείχνει ότι το νησί διατήρησε μερίδιο στο διαμετακομιστικό εμπόριο της περιοχής ακόμη και στις αρχές του 20ού αιώνα.

Το αρχείο παρέχει ακόμη στοιχεία για την σαμιακή οικονομία στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ού αιώνα.