Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Η συλλογή περιλαμβάνει τις παρακάτω μικρές μονάδες και τα λυτά έγγραφα, που περιήλθαν στην κατοχή του Δαμιανού Κυριαζή από αγορές του ίδιου, καθώς και από το αρχείο της οικογένειας Μαυροκορδάτου.
Μικρές Συλλογές:
1) Εκκλησιαστικά έγγραφα (1691-1861)
2) Δικαιοπρακτικά έγγραφα (1712-1840): χρεωστικές ομολογίες, κατάστιχα.
3) Αρχείο Πασχάλη Βασιλείου (1778-1798) και Αμπελακίων (1793-1818)
4) Επιστολές Ιωάννη Καποδίστρια προς Νικόλαο Καλλέργη (1828-1830)
5) Επιστολές Αδαμαντίου Κοραή προς Chardon de la Rochette (1796)
6) Έγγραφα Φιλελλήνων (1795-1840): αναφορές, αλληλογραφία του H. Fauvel προς τον Cousinery, αυτόγραφα του Fabvier, κ.ά.
7) Αλληλογραφία εμπορικού περιεχομένου (1733-1839)
8) Έγγραφα Ηγεμόνων Μολδοβλαχίας (1714-1849): Μαυρογένη, Καρατζά, Σούτσου, Υψηλάντη
9) Οικογενειακό αρχείο Μουρούζη (1792-1826)
10) Έγγραφα Αγωνιστών (1820-1865)
11) Αρχείο αδελφών Ποστολάκα (1819-1850)
12) Αυτόγραφα του βασιλιά Όθωνα (1840-1856): επιστολές, διατάγματα, σημειώματα
13) Αρχείο Σπυρομήλιου (1829-1868)
14) Δικαιοπρακτικά Ιονίων νήσων (1638-1860): Σφραγίδες Επτανήσου και Πάργας
15) Αρχείο αδελφών Παπαδάκη (1820-1823)
16) Αρχείο Αλή Πασά (1794-1836).Το κύριο σώμα του αρχειου βρίσκεται στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη.
17) Αρχείο A. Bassano (1800-1847)
18) Οικογενειακό αρχείο Δεληγεώργη (1837-1881)
19) Αρχείο Ιωάννη Παπαρρηγόπουλου (1797-1848). Έγγραφα Κωνσταντίνου και Μαρίας Ι. Παπαρρηγοπούλου (1863-1907) ˑ Λουκία Νεγρεπόντη (1904-1933)
20) Ανακτορικό Κεντρικό Ταμείο (1867, 1895, 1908-1913)
21) Αρχείο René Puaux (π. 1917-1935): σημειώσεις, αλληλογραφία, βιβλιογραφία κ.ά. για θέματα που τον απασχόλησαν, όπως: γαλλογερμανικές σχέσεις (18ος – 19ος αι.), φιλελληνικά θέματα, Α’ Παγκόσμιος πόλεμος κ.ά.
22) Οθωμανικά έγγραφα (1809-1898)
23) Μονόφυλλα (1781-1939)

Οικογενειακό αρχείο Μαυροκορδάτου
Αρχείο Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1820-1865): έγγραφα αναφερόμενα στον Κωνσταντίνο, Δημήτριο και Ανδρέα Μεταξά των ετών (1820-1854) ˑ προκηρύξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη ˑ επιστολες του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου ˑ έγγραφα της Φιλικής Εταιρείας κ.ά. (1820-1823). Αλληλογραφία Γεωργίου Πραΐδη (1821-1822). Επιστολές, αυτόγραφα και η διαθήκη του Λόρδου Βύρωνα (1823-1824).
Έγγραφα των ετών 1824-1827 ˑ έγγραφα και επιστολές των ετών 1832-1841. Αλληλογραφία Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1842-1865) ˑ προσωπικά έγγραφα, ημερολόγια κ.ά.
Αρχείο Χαρίκλειας Μαυροκορδάτου (1837-1885): περιλαμβάνει κυρίως αλληλογραφία των ετών (1837-1871), προσωπικά ημερολόγια (π. 1867-1884), καθώς και έγγραφα αναφερόμενα στο θάνατό της (1884-1885).
Αρχείο Γεωργίου Μαυροκορδάτου (1858-1902): αλληλογραφία, λογαριασμοί, αποκόμματα τύπου για το θάνατο του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1865), σημειώσεις, βιβλιογραφικά δελτία (1858-1902).
Αρχείο Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1903): προσωπικά ημερολόγια Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1893) ˑ αντίγραφα επιστολών του Νικολάου Μαυροκορδάτου προς διαφόρους (1859-1903). Αναφορές προς το Υπουργείο Εξωτερικών υπό την αρμοδιότητά του ως πρεσβευτή στις πόλεις: Παρίσι (1882-1886), Πετρούπολη (1886-1889) και Κωνσταντινούπολη (1889-1902). Έγγραφα σχετικά με τα καθήκοντά του ως Νομάρχη της Κέρκυρας. Οικογενειακή αλληλογραφία (1859-1903). Διπλώματα, παράσημα, γενεαλογικά Μαυροκορδάτων. Έντυπα, μονόφυλλα, πορτρέτα σε λιθογραφίες ˑ δελτία της βιβλιοθήκης Νικολάου Μαυροκορδάτου.
Αρχείο Ελένης Μαυροκορδάτου (1801-1917): αλληλογραφία (1872-1917) ˑ κτηματικά Ρουμανίας (1834-1906) ˑ συμβόλαια ακινήτων της οικογένειας στην Αθήνα (1866-1914) ˑ προσκλήσεις (1866-1890) ˑ λογαριασμοί (1896-1916). Κτηματικά της οικογένειας Balsch στη Ρουμανία: Bloesti, Bobulesti, Halaucesti, κ.ά. (1847-1888). Υπόθεση Sion (1835-1836). Οικογενειακά και κτηματικά οικογένειας Μουρούζη (1801-1903).
Φάκελος Σοφίας Balsch και Δημήτρη Μαυροκορδάτου (1851-1894)
Αρχείο Αλέξανδρου Νικ. Μαυροκορδάτου (1870-1895): έγγραφα σπουδών και σταδιοδρομίας (1877-1893). Οικογενειακές επιστολές, γάμος με Ραλλού Μουρούζη, μονομαχία (1889-1895) ˑ επιστολές (1870-1893). Έγγραφα σχετικά με τη γεωδαιτική υπηρεσία (1890-1892) ˑ επιστολές (1893-1895) ˑ υδροδότηση Λάρισας (1892) ˑ λογαριασμοί (1873-1875) ˑ τοπογραφικές εργασίες (1888-1889).
Φάκελος Σοφίας Ν. Μαυροκορδάτου – Σούτσου (1875-1926): αλληλογραφία, λογαριασμοί Αλέξανδρου Σούτσου.
Φάκελος Γεωργίου Ν. Μαυροκορδάτου (1882-1883): μαθητικά τετράδια και σχολικές σημειώσεις.
Οικογενειακό αρχείο Μπαλτατζή (1774-1924)
Προσωπικά έγγραφα Δημητρίου Μπαλτατζή (1774-1825). Κτηματικά κυρίως οθωμανικά έγγραφα οικογένειας Μπαλτατζή (1844-1907). Επιστολές προς τον Νικόλαο Μπαλτατζή (1893) ˑ κατάστιχα των ετών (1841-1844) και (1853-1854).
Επιστολές προς τον Γεώργιο Μπαλτατζή (1893-1899) και (1900-1904) ˑ οικογενειακή αλληλογραφία (1899-1902). Έγγραφα Υπουργείου Εξωτερικών (1921). Αποκόμματα τύπου για τη δίκη των έξι (1922). Συλλυπητήριες επιστολές (1922). Έγγραφα του Εμμανουήλ (Νώλη) Μπαλτατζή (1898-1924).