Το αρχείο του Ιωάννου Μεταξά περιλαμβάνει αρχειακό υλικό (αλληλογραφία, εκθέσεις, χάρτες, φωτογραφίες, αναφορές) σχετικά με την πολιτική του πορεία, τη στρατιωτική του σταδιοδρομία και την πολιτική του καθεστώτος της 4ης Αυγούστου, ενώ ένα μεγάλο μέρος του αρχείου σχετίζεται με τη στρατιωτική προπαρασκευή της χώρας ενόψει της ιταλικής επίθεσης τον Οκτώβριο του 1940. Περιλαμβάνονται, επίσης, προσωπική και οικογενειακή αλληλογραφία, έγγραφα σχετικά με την οικογένεια Μεταξά, χειρόγραφα σημειωματάρια, πιστοποιητικά που σχετίζονται με την ιδιωτική του ζωή και το προσωπικό του ημερολόγιο.

Επιστολές προς τον αρχηγός της Επανάστασης 1922 Νικόλαο Πλαστήρα υπουργών, κοινοταρχών, πολιτών, συλλόγων Φιλελευθέρων, πολιτευτών, ομογενών, στρατιωτικών, του Εμμ. Μπενάκη κ.ά. σχετικά με την πολιτική κατάσταση στη χώρα, ζητήματα διοίκησης, τις εκλογές του 1923 και την κάθοδο σε αυτές του Πλαστήρα, την ανασυγκρότηση του κόμματος των Φιλελευθέρων, με παρακλήσεις για διάφορες διευκολύνσεις, την εκκαθάριση των αντιφρονούντων στο Δημόσιο και το στράτευμα και τις διαμαρτυρίες για τις σχετικές αποφάσεις, την πολιτική στάση των Ελλήνων ομογενών στις ΗΠΑ και τις εκδηλώσεις των Ελλήνων νομοταγών στο Μάντσεστερ του New Hampshire, την αποδοκιμασία του κινήματος Λεοναρδόπουλου και την επιδοκιμασία της στάσης της Επανάστασης 1922 αναφορικά με τις ελληνοϊταλικές σχέσεις, ευχετήρια προς τον Πλαστήρα κ.ά. Έκθεση Ανακριτικής Επιτροπής Επιχειρήσεων Μικράς Ασίας, περίοδος δευτέρα: Νοέμβριος 1920 - Αύγουστος 1922. Πρακτικά Ανακριτικού Συμβουλίου για απόταξη του αντισυνταγματάρχη Χαράλαμπου Παπαθανασόπουλου για τη συμμετοχή του στο κίνημα του 1933. Προπαγανδιστική προκήρυξη προς τους Έλληνες στρατιώτες που τους καλεί να παραδοθούν στις κεμαλικές δυνάμεις. Διαφημιστικό της έκδοσης της εφημερίδας "Κράτος". Χάρτες του μετώπου της Μικρασιατικής Εκστρατείας και της περιοχής Κιλκίς-Λαχανά. Διαταγές του διοικητή του Νοτίου Συγκροτήματος του ελληνικού στρατού στη Μικρά Ασία και της 1ης Μεραρχίας Αθανάσιο Φράγκου καθώς και άλλων στρατιωτικών σχηματισμών προς τον Νικόλαο Πλαστήρα διοικητή του 5/42 Συντάγματος Ευζώνων κατά τον Αύγουστο του 1922. Δελτία πληροφοριών της 13ης Μεραρχίας του Απριλίου του 1922. Έκθεση πεπραγμένων της 13ης Μεραρχίας κατά τις επιχειρήσεις στην Μικρά Ασία την περίοδο 10 Αυγούστου με 15 Σεπτεμβρίου 1922. Μελέτη του 1921 της Ελληνικής Στρατιωτικής Αποστολής στην Κωνσταντινούπολη για τον τρόπο κατάληψης της πόλης από τον ελληνικό στρατό. Σχέδια κατάλυσης των αρχών της Επαναστατικής Επιτροπής Εθνικής Σωτηρίας, της εξουδετέρωσης των αντίθετων στο κίνημα του 1922 στρατιωτικών μονάδων, της μετάβασης των μονάδων από τα νησιά του βορειοανατολικού Αιγαίου στην Αθήνα. Επαναστατική Επιτροπή Χίου, έκθεσις του επιτελάρχου της Επαναστάσεως ταγματάρχη Πυροβολικού Ευριπίδη Μπακιρτζή των πεπραγμένων της Επαναστάσεως εν Χίω, Αθήνα 22/9/1922. Φωτογραφίες του Πλαστήρα και πρωταγωνιστών της Επανάστασης του 1922, ενώ μεγάλο μέρος των φωτογραφιών αφορούν στα αποκαλυπτήρια του ανδριάντα του Αθανάσιου Διάκου στο χωριό Άνω Μουσουνίτσα (νυν Αθανάσιος Διάκος) Φωκίδας από τον Πλαστήρα το 1922.

Το αρχείο αποτελείται από στρατιωτικά εγχειρίδια, έγγραφα υπηρεσίας και προσωπικές σημειώσεις του ταξιάρχου Ηλία Μπομπορίδη, σημειωματάρια, ημερολόγια και αλληλογραφία κατά την υπηρέτησή του στον Ελληνικό Στρατό, αποκόμματα εφημερίδων, διαφημιστικά, καρτ ποστάλ και βιβλία εσόδων-εξόδων.
Επίσης περιλαμβάνεται υλικό από το προσωπικό αρχείο του Στυλιανού Μπομπορίδη, των τέκνων του, Φιλίππου και Χρήστου Μπομπορίδη (αρχιτεκτονικά σχέδια και ξενόγλωσσο υλικό από σημειώσεις και εκθέσεις), καθώς και ένα μικρό μέρος από το αρχείο του Χρήστου Κέλλα.
Τέλος περιέχει μεγάλο αριθμό χαρτών: τοπογραφικούς, παγκόσμιους και ελληνικούς, προερχόμενους από τη Γεωγραφική Υπηρεσία Στρατού.