Το αρχείο αφορά την αναγνώριση των τίτλων ιδιοκτησίας οθωμανικών κτημάτων από Έλληνες, στις περιοχές που, βάσει διεθνών συνθηκών, δεν θεωρήθηκε ότι κατέχονται από ελληνικά στρατεύματα την περίοδο της υπογραφής των συνθηκών της Ανεξαρτησίας (Θήβα, ν. Φθιώτιδος, Φωκίδος, Εύβοια, ν. Αττικής). Περιέχονται: αλληλογραφία της Επιτροπής με το Υπουργείο Οικονομικών, το Υπουργείο Εξωτερικών, νομάρχες, οικονομικούς εφόρους, κ.ά. Επίσης, αιτήσεις Ελλήνων για αναγνώριση ιδιοκτησίας, πωλητήρια και συμβολαιογραφικά έγγραφα (χοτζέτια και ταπιά σε οθωμανική γραφή και μετάφρασή τους). Πρωτόκολλα εξερχομένων της Επιτροπής, αποδεικτικά παραλαβής τίτλων, ευρετήρια κλπ.

Το αρχείο της Μικτής Επιτροπής μαζί με το αρχείο των Εθνικών Κτημάτων αναδεικνύουν τις διαδικασίες με τις οποίες το ελληνικό κράτος και έλληνες υπήκοοι απέκτησαν κυριότητα επί των οθωμανικών γαιών μετά την Επανάσταση.

Οθωμανικά δικαιοπρακτικά έγγραφα κυρίως της οικογένειας Μπενάκη, για αγοραπωλησίες κτημάτων στην περιοχή της Καλαμάτας· πωλητήρια τσιφλικιού στο Γαϊδουροχώρι (1682) και περιβολιού στην Καλαμάτα (1692).
Έγγραφα των ετών 1706-1749: αποπληρωμή χρεών του Παναγιώτη Μπενάκη και άλλων στο αυτοκρατορικό ταμείο· διακανονισμός κτηματικών διαφορών· αγοραπωλησίες κτημάτων στην περιοχή της Καλαμάτας, Τρίπολης και αλλού.
Έγγραφα των ετών 1750-1770: καταγραφή ακίνητης περιουσίας του Παναγιώτη Μπενάκη στην περιοχή της Πάτρας· χοτζέτια για μεταβιβάσεις κινητών και ακινήτων μεταξύ Οθωμανών, στην Καλαμάτα και την Ανδρούσα· πώληση γαιών, που ανήκαν στους γιούς του Παναγιώτη Μπενάκη, έναντι 5.500 γροσίων· φετφάδες για την ενοικίαση βακουφίων, τη χρήση της γης και τη ρύθμιση διαφόρων θεμάτων. Εκμισθώσεις αλυκών, επιβολή φόρου, επί ζυγίω, στην παραγωγή μετάξης στην Καλαμάτα και την Ανδρούσα (1765-1768).
Διάταγμα γενικού χαρακτήρα για ισόβιες εκμισθώσεις (1767)· κατάσταση εσόδων από τα ελαιόδενδρα και το μετάξι που δόθηκαν για εκμετάλλευση στον Παναγιώτη Μπενάκη (1762)· αποδείξεις του Παναγιώτη Μπενάκη για δανεισμό χρημάτων.
Αγορές κτημάτων του Λυμπεράκη Μπενάκη στην περιοχή της Πάτρας (1764).
Ονομαστικοί κατάλογοι των κοτσαμπάσηδων Πελοποννήσου, οι οποίοι αναγνωρίζουν τον Παναγιώτη Μπενάκη ως έμπιστο και ως επικεφαλής του καζά (1764).
Φιρμάνι για την απομάκρυνση των Αλβανών από την Πελοπόννησο εξαιτίας της κακοποίησης των ραγιάδων από αυτούς (1765).
Υπομνήματα του βοεβόδα της Πρέβεζας για τον ερχομό του Αλή Πασά και την τοποθέτηση στρατού στο κάστρο της Πρέβεζας (1807).
Διεκδικήσεις κτηματικής περιουσίας από την Πεντζεχρούλα Μπενάκη (1781-1818).

Τέσσερα (4) χοτζέτια (1830-1839) που αφορούν στις αγοραπωλησίες τουρκικών κτημάτων στην Εύβοια και στη μετεπαναστατική ιστορία του νησιού.