Το αρχείο περιλαμβάνει κώδικες, φιρμάνια, πατριαρχικά γράμματα, βεράτια και διάφορα άλλα τεκμήρια που παρήχθησαν ή συγκεντρώθηκαν από τα λειτουργούντα στο πλαίσιο της οθωμανικής διοίκησης εκκλησιαστικά και κοινοτικά όργανα του ελληνορθόδοξου μιλλέτ των περιοχών της Μικράς Ασίας, του Πόντου και της Ανατολικής Θράκης.

Ο κύριος όγκος του αρχειακού υλικού αποτελείται κυρίως από κώδικες που κρατούσαν οι κατά τόπους εκκλησίες και κοινότητες, αφορούν τον 19ο αιώνα και φτάνουν έως το 1922. Το υλικό χωρίζεται κατά κύριο λόγο σε δύο κατηγορίες, τους κοινοτικούς και τους εκκλησιαστικούς κώδικες, η τυπολογία των οποίων παρουσιάζει μεγάλη ποικιλία ενώ υπάρχουν και κώδικες που μετέχουν και των δύο κατηγοριών (κοινοτικοί και εκκλησιαστικοί). Οι κοινοτικοί κώδικες περιλαμβάνουν πρακτικά συνεδριάσεων της δημογεροντίας, κανονισμούς σωματείων, πωλητήρια, δωρητήρια, συμβόλαια δασκάλων, έξοδα συντήρησης σχολείων, καταλόγους βιβλιοθηκών, πατριαρχικές εγκυκλίους, όπως διάφορες ενθυμήσεις για σεισμούς, λιμούς κ.λ.π. αλλά και πληροφορίες για δοσοληψίες με την οθωμανική εξουσία μέσω των φόρων και των απογραφών. Στους εκκλησιαστικούς κώδικες καταγράφονται έσοδα και έξοδα, βαπτίσεις, γάμοι, διαθήκες, θέματα διαχείρισης της εκκλησιαστικής και μοναστικής περιουσίας, το φιλανθρωπικό έργο αλλά και τα ιερά σκεύη και τα κτήματα των εκκλησιών και μοναστηριών με την προοπτική της Ανταλλαγής.

Στο αρχείο εκτός από τους κώδικες διασώζονται φιρμάνια, βεράτια και πατριαρχικά γράμματα κυρίως από τις περιοχές της Καππαδοκίας, του Πόντου, της Κιλικίας, της Ανατολικής Θράκης και της Βιθυνίας που αποτυπώνουν το πλαίσιο των σχέσεων των κοινοτικών και εκκλησιαστικών οργάνων του ελληνορθόδοξου μιλλέτ με την οθωμανική διοίκηση και το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Δύο τουρκικά φιρμάνια: α. φιρμάνι διαστάσεων 78 Χ 53 εκ. που αφορά το χωριό Δραγάνη, και β. φιρμάνι διαστάσεων 40 Χ 28 εκ.

2 φιρμάνια, 1 χοτζέτι, 1 συμβόλαιο, 1 γενεαλογικό δένδρο, 1 αναφορά στην τουρκική, 1 περιβραχιόνιο, 1 θήκη εγγράφου.

Συλλογή της Διαμάντως Σταρά:

1. Έγγραφα από την Ήπειρο των ετών 1813-1868, εκ των οποίων μπουγιουρντί των: Αλή Πασά (23 Μαρτίου 1813), Βεζύρη Ομέρ Πασά (23 Ιανουαρίου 1824, 20 Μαΐου 1824 και 2 Σεπτεμβρίου 1824), Βεζύρη Μεχμέτ Ρεσήτ Πασά (19 Ιουνίου 1828), (19 Ιουνίου 1828), Πασά των Ιωαννίνων (17 Οκτωβρίου 1841), που παρέχουν φορολογικές και άλλες ευκολίες στο Μήτζη Παπά Γιώργη Παπά από Γρατζανά,
2. Έντυπο που περιέχει αυτοκρατορικό φιρμάνι προς τον Μαχμούτ Νεδίμ πασά, 30 Σεπτεμβρίου 1875,
3. Φύλλο της εφημερίδας "Ιωάννινα", 2 Μαρτίου 1882.

• " Έγγραφα Καστελλορίζου Νομαρχιακά", αναφερόμενα στην ιστορία της νήσου Μεγίστης (Κ1α).
• Πρωτόκολλο πράξεων του Εκκλησιαστικού Δικαστηρίου της Αρχιεπισκοπής Καστελλόριζου (Κ1β)
• Συλλογή οθωμανικών εγγράφων (εκ των οποίων ένα λιθόγραφο): δύο φιρμάνια του 19ου αιώνα σχετικά με την άδεια κατασκευής πλοίων, την ανακαίνιση του βακουφιού του Μπαμπά Τουρμπεσί, ένα δίπλωμα πλοιαρχίας κ.ά. (Κ1γ)
• Έγγραφα Καστελλόριζου, αποδείξεις πληρωμών φόρου, κ.ά. (Κ1δ)
• Μαθητολόγιο της Αστικής Σχολής Μεγίστης (Κ1ε)
• Απανταχούσα επισκοπική περί συλλογής εράνων υπέρ ανακαινίσεως ναού στο Καστελόριζο, πράξη προικοδοσίας της Κυράτζας Παπαδίας θυγατρός Χατζή-Βασιλείου, υπογεγραμμένη υπό του Αμασείας Παϊσίου (Κωνσταντινούπολη, 1818), προικοσύμφωνο Μαρίας Μιχαλιά και Κωνσταντή Χατζή-Πέτου στο Καστελόριζο (Κ1στ).

Συλλογή Ιωάννη Χώτζη:

1. Οθωμανικό έγγραφο σχετικά με ειδήσεις από το Ναύπλιο (1825).
2. Επιστολή με πολιτικές ειδήσεις από την Κωνσταντινούπολη (1789).
3. Τρία (3) ενετικά έγγραφα του τέλους του 17ου αι.
4. Πενήντα εννιά (59) οθωμανικοί φετφάδες.
5. Έγγραφο που περιέχει έκθεση υπαλλήλου του σουλτάνου.
6. Επτά (7) αυτοκρατορικά φιρμάνια και βεράτια.
7. Δεκαπέντε (15) εκθέσεις μεγάλων βεζιρηδων (τακρίρια) προς τους σουλτάνους.

Πωλητήρια έγγραφα, επιστολικά έγγραφα προς τους Επιτρόπους των Τρικέρων, προικοσύμφωνα, χειρόγραφο εγχειρίδιο ψυχολογίας, πατριαρχικό έγγραφο, επιτροπικό κοινοτικό έγγραφο, περιουσιολόγιο, διοριστήριο έγγραφο, αποδείξεις παραλαβής χρημάτων, μπουγιουρντί, φιρμάνια.

Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

1. Οθωμανικά έγγραφα, εκ των οποίων ένα φιρμάνι, του 19ου αιώνα για την περιοχή της Καβάλας.
2. Προϋπολογισμός δαπάνης για την κατασκευή ανδριάντα του Γρηγορίου του Ε΄ στη Δημητσάνα (1899)
3. Έγγραφα της οικογένειας Καμπανάρη: αποδείξεις καταβολής χρημάτων στην Τράπεζα της Κρήτης (1901) και το Κοινωφελές Ταμείο Κρήτης (1904), συμβολαιογραφικές πράξεις (1901-1912) και έντυπη απεικόνιση της σύνθεσης του γλύπτη Γιάννη Καμπανάρη με θέμα "Η εξέγερση της Κρήτης".
4. Έγγραφο της Εταιρείας Σιδηροδρόμων Πειραιώς - Αθηνών - Πελοποννήσου σχετικά με την αύξηση του μισθού του επιθεωρητή Ευθ. Καζάκου (1903).
5. Έγγραφα της Δ/νσης Επιμελητείας του Γ΄ Σώματος Στρατού, της Σχολής Υπαξιωματικών και άλλων στρατιωτικών υπηρεσιών σχετικά με ζητήματα επιμελητείας και λειτουργίας στρατιωτικών σχολών.
6. Ποιήματα των Κυπριώτη και Πολέμη που απαγγέλθηκαν στο Ελληνικό Προξενείο Μανσούρας (Αίγυπτος) και στη Δημαία Σχολή Μανσούρας για την εκατονταετηρίδα της Ελληνικής Επανάστασης.
7. Προκήρυξη των Τούρκων στρατιωτών προς τους Έλληνες στρατιώτες κατά τη Μικρασιατική Εκστρατεία.
8. Ανυπόγραφη επιστολή προς τη βασίλισσα της Ελλάδας (1931;).
9. Επιστολή προς τον στρατηγό Δούσμανη από το Παρίσι (1932).
10. Εγκύκλιοι της Μητρόπολης Δράμας, Φιλίππων και Νευροκοπίου (1933-1939) και έγγραφο του Πρωτοσύγκελου του Ιεράς Μητρόπολης Δράμας προς το Υπουργείο Παιδείας σχετικά με τις βουλγαρικές βιαιοπραγίες κατά την κατάληψη της Δράμας και της Ανατολικής Μακεδονίας (Ιούνιος 1941).
11. Φάκελος Συνταγματάρχη Θεοχάρη με υπηρεσιακή αλληλογραφία για ζητήματα κυρίως επιμελητείας και προμηθειών (1939-1944).
12. Ασπρόμαυρη φωτογραφία έφιππου αξιωματικού.
13. Προκηρύξεις Ε.Ο.Ν. (1940-1941)
14. Λιθογραφημένο μήνυμα του Γεωργίου Β΄ προς τους στρατιώτες του αλβανικού μετώπου για το νέο έτος (1940-1941).
15. Ποίημα "Η Ελλάδα θα ζήση" της Δέσπω Παναγιωτίδη.
16. Αντίγραφο επιστολής των Ελλήνων του Καΐρου προς τον πρόεδρο της Ελληνικής Κυβέρνησης Αλ. Παπάγο σχετικά με αναπήρους και θύματα πολέμου.

Φιρμάνι προς το σαντζάκμπεη Μυστρά (1582)· πιστοποιητικό Τούρκων προσφύγων της Αρκαδιάς για υπηρεσίες που τους πρόσφερε ο «Καντιάνος Ρώμας» στη Ζάκυνθο (1770)· κόπιες σουλτανικών εγγράφων για θέματα Βενετών εμπόρων· χοτζέτια και ιλάμια των καδήδων Καλαμάτας, Μεθώνης και Κορώνης κι άλλα έγγραφα για ζητήματα ναυτικού εμπορίου, πειρατείας κλπ. στη δυτική Πελοπόννησο

Φιρμάνι προς το μουχαφίζη του Ευρίπου (1744)· χοτζέτια, ταπιά κι άλλοι τίτλοι διαφόρων κτημάτων στη Λειβαδιά, στην Κάπραινα και αλλού στη Βοιωτία και στη Λοκρίδα· διάφορα έγγραφα για μισθώσεις τσιφλικιών ή μουκατάδων κλπ. στις ίδιες περιοχές· ναυλοσύμφωνο του 1806 και δανειακές συμφωνίες των προκρίτων της Λειβαδιάς· έκκληση «χαρεμιού» για ανταλλαγή αιχμαλώτων (1822) και 4 έγγραφα του 1823 (ίσως από την Εύβοια)· επίσης λίγα έγγραφα για υποθέσεις Τούρκων στις περιοχές Κρατόβου, Κουμανόβου κλπ.

Αρζουχάλια, χοτζέτια, ιλάμια, φιρμάνια κι άλλα έγγραφα για διάφορες ασύνδετες υποθέσεις της Νάξου και γειτονικών της νησιών (φορολογικές, εμπορικές, κοινοτικές, κληρονομικές κλπ.)· μεταξύ τους ένα φιρμάνι του 1792 για τα προνόμια των Γάλλων υπηκόων βάσει των διομολογήσεων

Φιρμάνια, αρζουχάλια, τεσκερέδες κι άλλα έγγραφα για διάφορες υποθέσεις, σχετικές συνήθως με τη Νάξο ή με Ναξιώτες· μεταξύ τους ένα φιρμάνι του 1811 προς τις αρχές της Φολεγάνδρου με οδηγίες για τη διακίνηση ξένων, δίγλωσσο μπουγιουρντί του Καπετάν πασά προς το Μιχ. Μαρκοπολίτη (1820), προσωπικοί τεσκερέδες του κεχαγιά του Καπετάν πασά που χρησίμευαν ως εσωτερικά διαβατήρια και έγγραφα για τους Ναξιώτες βουτσάδες αδελφούς Χριστοδούλου στην Κωνσταντινούπολη (1812-1831).

Ένα χοτζέτι σχετικό με ακίνητα στο Τσεπέλοβο του Ζαγοριού (1783), 2 μπεράτια Ελλήνων χειρούργων της Πόλης, 8 έγγραφα για τα μαγαζιά του γιατρού Κωνσταντίνου και του γούναρη Μήτρου στην Πόλη, ένα ιλάμι για οφθαλμιατρική διαφορά και 2 φιρμάνια για το φόρο του κρασιού στο Κουρί της Βιθυνίας

Φιρμάνι προς το ναΐπη της Σκιάθου (1755), τρία φιρμάνια του Μουσταφά Γ΄ για το καθεστώς της φορολογίας στο Τρίκερι και τρία έγγραφα 19ου αι.

Τρία (3) οθωμανικά έγγραφα, πιθανώς φιρμάνια σουλτανικά, και μετάφραση ελληνική φιρμανίου "προς τον κριτήν της Κορίνθου" με ημερομηνία Σεπτέμβριος 1797.