Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (διαγωνισμοί, εορτές, τελετές), Πλωτών και Χερσαίων μέσων (δελτία κινήσεως, διαταγές πορείας, επιθεωρήσεις, εφοδιασμός),
(β) Γραφείου Ναυτολογίας (συλλογικές συμβάσεις, άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, λιμενικά τέλη, προαναγγελίες βολών, καταστάσεις πληρωμάτων κ.λπ.),
(γ) Γραφείου Διαχείρισης (μισθοδοσία, οδοιπορικά, δαπάνες), Πλοηγικού σταθμού Βόλου (αναγγελίες κατάπλων, πλοηγικά δικαιώματα κ.λπ.), Λιμενικής Αστυνομίας (κλήσεις, επαγγελματικές-ερασιτεχνικές άδειες αλιείας, σήματα καταπλεόντων πλοίων), Νηολογίων (φύλλα μεταβολών), Ναυτολογίας (άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, ενιαύσια δρομολόγια, βεβαιώσεις ναυτικής υπηρεσίας κ.λπ.)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Γενικής Επιστασίας (διαγωνισμοί, εορτές, τελετές),
(β) Γραφείου Ασφάλειας-Ανακρίσεων (άρσεις πειθαρχικών ποινών και απαγορεύσεων),
(γ) Γραφείου Απογραφής Ναυτικών (ναυτικά φυλλάδια, δικαιολογητικά απογραφής, αντίγραφα ποινικού μητρώου),
(δ) Γραφείου Διαχείρισης (πινάκια μισθοδοσίας, δαπανών, περίθαλψης),
(ε) Γραφείου Πλοηγικού Σταθμού Βόλου (μισθοδοτικές καταστάσεις, πλοηγικά δικαιώματα),
(στ) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (παλιρροιομετρικά, αλιευτικές παραβάσεις, ενιαύσια δρομολόγια),
(ζ) Γραφείου Ναυτολογίας (λιμενικά και φαρικά τέλη, άδειες απόπλου, καταστάσεις πληρωμάτων, επιδοτούμενοι-άνεργοι ναυτικοί κ.λπ.), ΝΑΤ (ασφάλιση ναυτικών, επιδόματα, επιθεωρήσεις)

Φάκελοι Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, αποφάσεις επιτροπών)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (προσφυγές, τιμωρηθέντα σκάφη, αλληλογραφία με λιμενικές αρχές),
(β) Γραφείου Επιστασίας (βιβλίο απασχόλησης προσωπικού, φάκελος υπηρεσιών κρουαζιερόπλοιων),
(γ) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (πλωτές εξέδρες, αλιευτικά καταφύγια, πλωτά φράγματα, υδρογραφικές-ωκεανογραφικές εργασίες, καθαρισμός πυθμένα παραλίας, φάροι, λειτουργία σταθμού ΑΓΕΤ, επιτροπές, αλληλογραφία),
(δ) Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος (βεβαιώσεις παράδοσης-παραλαβής απορριμμάτων πλοίων, αίτηση πετρέλευσης)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Πλωτών-Χερσαίων Μέσων (δελτία κίνησης, εφοδιασμός με καύσιμα, επιθεωρήσεις),
(β) Γραφείου Γενικής Επιστασίας (εορτές, τελετές, προσλήψεις, ιματισμός),
(γ) Γραφείου Ασφάλειας-Ανακρίσεων (άρσεις πειθαρχικών ποινών και απαγορεύσεων)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (εκπαίδευση, άδειες, εορτές, τελετές, αλληλογραφία με αρχές),
(β) Γραφείου Ναυτολογίας (αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, επιδοτούμενοι ναυτικοί),
(γ) Γραφείου Απογραφής Ναυτικών (δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών, σήματα απογραφής),
(δ) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (κλήσεις, παραβάσεις, συστάσεις, τιμωρηθέντα σκάφη, στατιστικά στοιχεία)

Φάκελοι Γραφείων Λιμενικής Αστυνομίας (καταστάσεις επικίνδυνων φορτίων, προκηρύξεις μειοδοτικών διαγωνισμών, Επιτροπή ναυλώσεων, πανηγύρι Τρικκέρων κ.λπ.), Ναυτολογίας (δικαιολογητικά εμπορικής κίνησης, πρόσληψη αλλοδαπών ναυτικών, απολυθέντες ναυτικοί λόγω τραυματισμού ή ασθένειας)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (καταστάσεις επιβίβασης στρατιωτικού προσωπικού),
(β) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (σήματα πλοίων, βεβαιώσεις δρομολογίων, άδειες οστρακαλιείας),
(γ) Γραφείου Ναυτολογίας (καταστάσεις αργούντων πλοίων, προσλήψεις αλλοδαπών ναυτικών, επιδότηση ανέργων, αιτήσεις για πιστοποιητικά συνεχούς ικανότητας και εκσυγχρονισμού των γνώσεων)

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (εφοδιασμός υπηρεσιών),
(β) Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (προκηρύξεις),
(γ) Γραφείου Ναυτολογίας (συλλογικές συμβάσεις, πρόσληψη αλλοδαπών ναυτικών, άνεργοι ναυτικοί)

Φάκελοι Γραφείων Λιμενικής Αστυνομίας (έντυπα παλαιά κενά για οστρακαλιεία, υφαλοκαθαρισμό πλοίου, πετρέλευση κ.λπ.), Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος (έντυπα κοινοποίησης κατάπλων στους λιμένες Βόλου και Αμαλιάπολης)

Νηολόγια, λεμβολόγια, διαβιβαστικά και έγγραφα λιμενικής αστυνομίας, αποφάσεις κεντρικού λιμεναρχείου Ρόδου

Το αρχείο περιλαμβάνει αλληλογραφία του Λιμεναρχείου με τη Λιμενική Αστυνομία, έγγραφα περί ναυτολογίων και οικονομικής διαχείρισης του Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκτελωνιστών, σημειωτών, ξεναγών, καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, αδειών καταδυτικών συνεργείων, αστυνομικών ελέγχων, στατιστικά στοιχεία πνιγμών
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί του επιβατηγού «Βιτσέντζος Κορνάρος», πυρασφάλειας λιμενικών πλοίων και τροφοδοσίας πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία του Λιμεναρχείου με τον Οίκο Ναύτου και τη Λιμενική Αστυνομία
Β. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλία εσόδων, έγγραφα οδοιπορικών εξόδων, δικαιολογητικά οικονομικής διαχείρισης, έγγραφα αποζημίωσης μελών Τοπικού Κλιμακίου Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (Τ.Κ.Ε.Π.), τιμολόγια ιατρών, δικαιολογητικά καυσίμων χερσαίου πλωτού
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις προσλήψεων στο Λιμεναρχείο και αιτήσεις υποψηφίων, έγγραφα υγειονομικής περίθαλψης προσωπικού του Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.

Βιβλία εργαζομένων στο λιμένα Πάτμου, δικαιολογητικά παραβάσεων γενικού κανονισμού 1991-1996, δικαιολογητικά εκδόσεων αδειών αλιείας, άδειες καταδυτικού κέντρου Λέγκου Ειρήνη, βεβαιώσεις εκλογών αλιευτικού συλλόγου, μηνιαίο δελτίο δικαιολογητικών κίνησης επιβατηγών πλοίων με πλήρωμα αλλοδαπών ναυτικών, έγγραφα σχετικά με: μειοδοτικό διαγωνισμό γραμμής Καλύμνου-Ψερίμου, εκφόρτωση συσκευασμένων επικίνδυνων φορτίων, λιμενική αστυνομία, βλάβες πλοίων, αλληλογραφία πλωτών και χερσαίων μέσων, οικονομική ενίσχυση, μεταβολές πληρωμάτων εμπορικών πλοίων, Ε/Γ-Δ/Ρ «Κωστάκης», απόσυρση σκαφών, τυχερά παιχνίδια.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: βιβλία διεκπεραίωσης αλληλογραφίας, πρωτόκολλα εισερχομένων εγγράφων, αλληλογραφία περί παραεμπορίου, ναυαγοσωστών και λουτρικών εγκαταστάσεων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: πρωτόκολλο αιτήσεων υποψηφίων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, βιβλία αδειών προσωπικού και νυχτερινής απασχόλησης
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα περί επαγγελματικών πλοίων αναψυχής και περί πλοίου «Οddin Finder», πίνακες ελέγχων επιθεωρήσεων πλοίων
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων και Προστίμων: ανακλήσεις αποφάσεων, πρόστιμα
Ε. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα δαπανών απορρύπανσης Κάβου Μαλέα (εμπεριέχονται φωτογραφίες), υποβολές μισθώματος κτηρίου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: διαβιβάσεις διαταγών προς το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Μονεμβασίας και Β΄ Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, έγγραφα περί του προγράμματος «Καταπολέμηση της Φοροδιαφυγής», περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, έντυπα σήματα περί στολών, αθλητικών δραστηριοτήτων και πολιτιστικών εκδηλώσεων, έγγραφα περί λειτουργίας φάρων, περί ασφάλειας εγκαταστάσεων Λιμενικού Σώματος, αντίγραφα ημερολογίων συμβάντων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εκπαίδευσης, διαγωνισμών κατάταξης, τοποθετήσεων, μεταθέσεων, αποσπάσεων, ανάθεσης καθηκόντων, οργανικής σύνθεσης και ασφάλισης προσωπικού, έγγραφα Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία κίνησης πλοίων υπό ξένη σημαία, πίνακες στατιστικών στοιχείων θαλασσίων συγκοινωνιών, αγκυροβόλια πλοίων στον όρμο Βατίκων, βεβαιώσεις ελλιμενισμού, άδειες καταδυτικών εργασιών και άδειες χειριστών ταχύπλοων σκαφών, άδειες εκμίσθωσης θαλασσίων μέσων αναψυχής, υποβολές ναυτιλιακής κίνησης
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί εκμισθώσεων χώρων αιγιαλού και παραλίας Δήμου Ελαφονήσου και Νήσου Κυθήρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων και καταστάσεις κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια κίνησης πλωτών, πιστοποιητικά επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων, πιστοποιητικά γραμμής φόρτωσης πλοίων και ασφαλούς διαχείρισης, έγγραφα και βιβλία περί απόπλου και δρομολογίων πλοίων, άδειες σκοπιμότητας πλοίου στη γραμμή Πούντας – Ελαφονήσου – Νεάπολης Βοιών, άδειες πετρελαίου, άδειες λειτουργίας τηλεπικοινωνιακού σταθμού πλοίων, άδειες VHF, έγγραφα περί επιθεωρήσεων πλοίων, ναύλων, εθνικότητας πλοίων, άγονης γραμμής Κυθήρων – Αντικυθήρων, τακτικής δρομολόγησης στην γραμμή Ελαφόνησος – Πούντα, μεταφοράς επικίνδυνων φορτίων, φάκελοι πλοίων: «Ελαφόνησος», «ΒΕΡΟΝΙΚΗ», «Χρυσή Άμμος», «Μαράκι», «ΑΘΗΝΑ», «Ανδρέας ΙΙ», «ΕΤΖΙΑΝ ΓΚΛΟΡΥ», «ΡΟΜΙΛΝΤΑ», «ΔΕΛΦΙΝΙ Ι», «ΔΕΛΦΙΝΙ ΙΙ», «ΔΕΛΦΙΝΙ V», «ΔΕΛΦΙΝΙ XIV», «ΣΠΥΡΙΔΟΥΛΑ», «ΕΛΑΦΙ», «ΔΩΡΑ», «ΜΥΡΤΙΔΙΩΤΙΣΣΑ», βιβλία ημερήσιας αναφοράς και παρουσίασης πληρώματος, έγγραφα περί σύνθεσης πληρωμάτων και καθορισμού συνδέσεως πληρωμάτων επιβατηγών – οχηματαγωγών, φωτογραφίες του επιβατηγού – οχηματαγωγού «ΜΑΡΘΑ»
Β. Οικονομικά στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεων και εκμισθώσεων θαλάσσιων μέσων αναψυχής, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και καυσίμων, καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επιδομάτων και αμοιβών πληρωμάτων, καταστάσεις ενοικίου οικήματος Λιμεναρχείου.
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα διαγωνισμών δοκίμων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, μηνιαία προγράμματα βαρδιών προσωπικού, έγγραφα περί νυχτερινής απασχόλησης, ατομικοί φάκελοι των υπηρετούντων στο Λιμεναρχείο Νεάπολης Βοιών και στους Λιμενικούς Σταθμούς Αγίας Πελαγίας, Καψαλίου, Ελαφονήσου και Μονεμβασίας
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δελτία συμβάντων, πίνακες παραβάσεων και ατυχημάτων. Έγγραφα περί προστίμων, ατυχημάτων εργασίας στη θάλασσα, παραβάσεων κανονισμού λιμένος, ύποπτων σκαφών και καταζητούμενων λέμβων
Ε. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διευθύνσεις και Τμήματα Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης – Μετεκπαίδευσης, Απλούστευσης Διαδικασιών και Ποιότητας Υπηρεσιών, Υγειονομικού, Έρευνας και Διάσωσης, Νομοπαρασκευαστικής Εργασίας, έγγραφα περί αντιμετώπισης κλοπών, διεξαγωγής παιγνίων, συναλλάγματος, βουλευτικών και δημοτικών εκλογών, λειτουργίας θαλάσσιων λουτρών και ύπαρξης λουόμενων και ναυαγοσωστών
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: κατάλογοι και δικαιολογητικά ανέργων ναυτικών.
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις και άδειες κινήσεως αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αλιευτικών επιθεωρήσεων και προστίμων, έγγραφα περί σπογγαλιείας
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: στατιστικά στοιχεία δραστηριοτήτων Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος [5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.], έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου.
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας.
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα κοινών εισερχομένων εγγράφων και εισερχομένων σημάτων, βιβλία ταχυδρομικής υπηρεσίας Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, υποβολές εντύπων επιθεώρησης υλικών και μέσων απορρύπανσης, έγγραφα περί μεταφοράς νεκρών, εξαφάνισης ανηλίκων, ναυτικών ατυχημάτων και ελέγχων αλκοτέστ
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί των δρομολογίων των πλοίων «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Αγιαννάκης» και «Κάτω Νησί», πίνακες εκδοθέντων εισιτηρίων επιβατών ανά λιμένα, έγγραφα περί διακίνησης επιβατών την Καθαρά Δευτέρα, πίνακες καταχώρισης λέμβων, στατιστικά στοιχεία ναυτιλιακής κίνησης, βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλία αδειών προσωπικού, έγγραφα περί του υπηρετούντος προσωπικού στους Λιμενικούς Σταθμούς Μονεμβασίας και Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Ελέγχων - Απολογισμοί: έγγραφα περί ετησίου ελέγχου συμμόρφωσης υπόχρεων λιμενικών εγκαταστάσεων, απολογισμού προστασίας της θάλασσας, ελέγχου φορτηγών οχημάτων, εξαμηνιαία δελτία δραστηριότητας λιμενικής αρχής
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: πίνακες προστίμων, έγγραφα περί εφαρμογής νόμων και κοινών υπουργικών αποφάσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία Λιμεναρχείου με Λιμενική Αστυνομία, 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος [5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.], Εισαγγελία Πρωτοδικών, Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής, Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών, Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, Διεύθυνση Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών, Τελωνείο Νεάπολης, Λιμενικό Σώμα Μονεμβασίας και Λιμενικό Σώμα Αγίας Πελαγίας, γενική αλληλογραφία περί της λειτουργίας των φάρων Μαλέα και Γυθείου, έγγραφα για την αντιμετώπιση της λαθρομετανάστευσης, τη μεταφορά σορών, την εφαρμογή του κεκτημένου Schengen, έγγραφα περί ελέγχου ελαιοτριβείων και τουριστικών εγκαταστάσεων.
Β. Πρακτικά - Αξιολογήσεις: πρακτικά καιρικής κατάστασης, έγγραφα περί αξιολόγησης δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας – Παραβάσεων - Προστίμων: πίνακες προστίμων σε πλοία και εγκαταστάσεις ξηράς, έγγραφα περί κυρώσεων αναφορικά με την παράβαση της νομοθεσίας για την προστασία αιγιαλού και παραλίας, έλεγχοι εφαρμογής διατάξεων και νομοθεσίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης, έγγραφα περί καταχωρίσεως λέμβων και μηχανών με ένοχες βεβαιώσεις, έγγραφα ελέγχων χρήσης αλκοόλ από χειριστές και κυβερνήτες σκαφών, μηνιαίες εκθέσεις για την κατάσταση οργανωμένου εγκλήματος, έγγραφα περί αλιευτικών παραβάσεων
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι πλοίων «Αγιαννάκης», «Αρχάγγελος», «Βιτσέντζος Κορνάρος» «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Παναγία Κοίμησις», «Μυρτιδιώτισσα», μηνιαία δελτία κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια σταθμού VHF, έγγραφα περί δρομολογίων πλοίων και προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, μπλοκ για άδειες ανέλκυσης και καθέλκυσης σκαφών και για άδειες εισόδου στην αποβάθρα, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, έγγραφα περί εφοδιασμού φορτηγών δημοσίας χρήσεως με ηλεκτρονικό σήμα
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, ερασιτεχνικές άδειες αλιείας.
ΣΤ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων, έγγραφα Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών, έγγραφα περί βαρδιών του προσωπικού
Ζ. Οικονομικά Στοιχεία: μπλοκ είσπραξης υπέρ του ειδικού λογαριασμού κεφαλαίου Λιμενικής Αστυνομίας, αποδεικτικά είσπραξης Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικού (ΕΚ.Ο.Ε.Μ.Ν.), αποδεικτικά είσπραξης Λιμενικής Αρχής υπέρ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, δικαιολογητικά δαπανών προσωπικού, μισθολογικές καταστάσεις προσωπικού.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι των πλοίων «ΠΑΝΑΓΙΤΣΑ», «ΕΛΑΦΟΝΗΣΟΣ», «ΜΥΡΤΙΩΤΙΣΣΑ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΚΟΙΜΗΣΗΣ», «ΕΛΑΦΙ», «ΑΡΧΑΓΓΕΛΟΣ» και «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διεύθυνση Προγραμματισμού Οργάνωσης και Εκπαίδευσης, Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας [Δ.Λ.Α.], Διεύθυνση Ασφαλείας Ναυσιπλοΐας [Δ.Α.Ν.], Διεύθυνση Οργάνωσης και Ποιότητας Υπηρεσιών, Διεύθυνση Προσωπικού Λιμενικού Σώματος [Δ.Π.Λ.Σ.], Γραφείο Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης [Γ.Ε.Μ.Μ.Ε.] και 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος [5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.], έγγραφα περί έκδοσης αδειών τραπεζοκαθισμάτων, καύσης πυροτεχνημάτων και μεταφοράς νεκρού
Γ. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές άδειες επαγγελματικής αλιείας, έγγραφα περί ανανεώσεως αδειών αλιείας.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: πίνακες βαρδιών προσωπικού, ανακοινώσεις και έγγραφα περί συνδικαλιστικών θεμάτων, προερχόμενα από Πανελλήνια Ομοσπονδία Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος και Πανελλήνια Ομοσπονδία Αξιωματικών Λιμενικού Σώματος.
Ε. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί οδοιπορικών εξόδων και καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου.
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί εγγεγραμμένων ναυτικών και ναυτολόγησής τους, θεωρήσεις αποδεικτικών ναυτικής ικανότητας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δικαιολογητικά ναυτολογίας, έλεγχοι στελέχωσης πλοίων, έγγραφα των πλοίων « ΑΙΓΙΑΝΝΑΚΗΣ», «ΕΛΑΦΟΝΗΣΣΟΣ» «ΚΑΤΩ ΝΗΣΙ», «Β. ΚΟΡΝΑΡΟΣ», «ΠΡΕΒΕΛΗΣ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΤΗΝΟΥ», «ΜΑΡΙΑ Τ.» και «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ»
Β. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί παραεμπορίου, εξαφάνισης ανηλίκων και ναυτικών ατυχημάτων, υποβολές δελτίων ελέγχων, στατιστικά στοιχεία παραβάσεων, έγγραφα περί επιβολής διοικητικών κυρώσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, αλληλογραφία περί τοπικού σχεδίου αντιμετώπισης ρύπανσης
Γ. Λιμενική Αστυνομία: τριμηνιαία και εξαμηνιαία δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Δ. Στοιχεία Αλιείας: άδειες αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας.

Φάκελοι: Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας (Άδειες αλιείας ερασιτεχνικών σκαφών, Δελτία συμβάντων, Κ.Φ. 3112 Ερυθρά Δελτία, Δικαιολογητικά έκδοσης και ανανέωσης ατομικών αδειών ερασιτεχνικής αλιείας, Δικαιολογητικά έκδοσης – ανανέωσης – θεώρησης επαγγελματικών αδειών αλιείας σκάφους, Καταστάσεις επιβατών – Επιθεωρήσεις σκαφών), Γραφείο Επιστασίας (Δικαιολογητικά προκηρύξεων Λιμενικού Σώματος), Γραφείο Τ.Ε.Ε.Π. [Τμήμα Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων] (Κ.Φ. 1421ΑΣΠ Επιθεωρήσεις σκαφών, Έκτακτες επιθεωρήσεις πλοίων), Γραφείο Ασφάλειας ( Κ.Φ. 3312.38 Αναζήτηση – απώλεια – απόδοση λέμβων, Σήματα ασφάλειας, Δελτία Εγκληματικών Αναζητήσεων (Δ.Ε.Α.), Απώλεια λέμβων – Πειθαρχικά).

Φάκελοι: Άδειες καύσης πυροτεχνημάτων, Μεταφορές ασθενών, Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών Α΄ και Β΄, Απεργίες εργαζομένων ναυτικών, Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας – Γ΄, Προστασία υδροβίων, Εβδομαδιαίο Δικ/κό ελέγχων ταχυπλόων σκαφών, Δελτία συμβάντων.

Φάκελοι: Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας (Θεώρηση ναυτιλιακών εγγράφων, Χορήγηση αδειών, Δελτία συμβάντων), Διεύθυνση Προγραμματισμού Οργάνωσης και Εκπαίδευσης (Πρακτικά σύσκεψης), Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών (στατιστικά, αλληλογραφία)

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων, πίνακες προσεγγίσεως πλοίων υπό ξένη σημαία, άδειες, καταστάσεις και στατιστικά στοιχεία απόπλου και κατάπλου πλοίων και θαλαμηγών, καταστάσεις φορτώσεως σε πλοία, έγγραφα περί ονομασιών και σημαιών πλοίων και περί ελέγχων στελέχωσης πλοίων, στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, δελτία συμβάντων, βιβλία διαιρέσεως φυλάκων πληρώματος, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος
Β. Οικονομικά στοιχεία: μπλοκ με αποδεικτικά εισπράξεως Λιμενικής Αρχής και Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), βιβλία αποθήκης και κατανάλωσης καυσίμων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί τηλεπικοινωνιακών και φαρικών τελών
Γ. Αλληλογραφία: περί κανονισμού χερσαίας ζώνης και αδειών χρήσης αιγιαλού, έγγραφα περί κίνησης μοτοσυκλετών και περί λειτουργίας αιγιαλού και παραλίας
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων : έγγραφα περί οργανωμένου εγκλήματος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές, ερασιτεχνικές και επαγγελματικές άδειες αλιείας, άδειες αλιείας πελαγικών ψαριών, ημερολόγια αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: απογραφές ναυτικών, έγγραφα Οίκου Ναύτου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις επιβατών και οχημάτων, έγγραφα περί κίνησης κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών, περί περιπολιών πλωτών, χερσαίων μέσων και λέμβων και περί ατυχημάτων μελών πληρώματος, άδειες ερασιτεχνικών και επαγγελματικών σκαφών
Β. Οικονομικά στοιχεία: πινάκια δαπανών ιατρών και Νοσοκομείου Σπάρτης, απολογισμοί φαρμάκων, δώρων και οδοιπορικών εξόδων, απολογισμοί Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, μισθοδοτικές καταστάσεις υπαλλήλων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, δικαιολογητικά είσπραξης λιμενικών τελών, τελών προσόρμισης πλοίων και παγίων προκαταβολών, δικαιολογητικά Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), έγγραφα περί πόρων ασφαλιστικών ιδρυμάτων, πίνακες καυσίμων και λιπαντικών, έγγραφα περί μισθώσεως ακινήτου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί εκκαθαρίσεως συντάξεων Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.)
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί υπηρεσιών, εκπαίδευσης και μετεκπαίδευσης προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Ε. Αλληλογραφία: περί αδειών χρήσεως και έργων επί αιγιαλού, εκλογών, ελέγχων λυμάτων και ρύπανσης
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί ανέργων ναυτικών
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις, υπεύθυνες δηλώσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ερασιτεχνικών και επαγγελματικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί παρουσίας Αιγυπτίων αλιεργατών σε αλιευτικά σκάφη, αλιευτικές επιθεωρήσεις
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: πίνακες με στατιστικά και συγκριτικά στοιχεία

Το αρχείο αποτελείται από φακέλους: Λιμενικής Αστυνομίας, Π.Θ.Α.Π.

Φάκελοι: ΝΑΤ, Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας, Διεύθυνση Προσωπικού Λιμενικού Σώματος

Φάκελοι: Γραφείο Επιστασίας (Τοποθετήσεις, Μεταθέσεις, Προαγωγές - Τοπικές Εορτές - Eκλογικά - Κλήσεις προς Λ/Σ για δικαστήρια - Κανονικές , Προφορ. Άδειες & Αναρρωτικές), Γραφείο Ν.Α.Τ. ( Διάφορα-Αλληλ/φία-Έξοδα κηδείας , Εξοφλήσεις Ν/γίων, Φύλλα Εκκ/σεως Ν/γίων) Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας (Ρυμουλκήσεις, Μεταφορά ασθενών με πλοία, Ναυτικοί Πράκτορες, Εορτές-Εκδηλώσεις-Έρανοι-Πανηγύρια, Λεμβολόγια, Μισθώσεις άγονων γραμμών & Ταχυδρομικών γραφείων)

Βιβλία αλιείας τμήματος επιστασίας, ναυτολόγια και έγγραφα τμήματος Λιμενικής Αστυνομίας, θεωρήσεις αδειών αλιείας, οδοιπορικά έξοδα

Φάκελοι Τμημάτων: Λιμενικής Αστυνομίας- Ναυτολογίας, Γραφείου Νηολογίων και Γραφείου Γραμματείας.

Φάκελοι: Γραφείο Επιστασίας (Κατάσταση ετοιμότητας τηλ/κού υλικού, Αλληλογραφία επί διαφόρων θεμάτων, Διάφορα θέματα επιστασίας, Ενημέρωση μητρώου διαχείρισης), Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας ( Αλληλογραφία εκλογών επιφυλακών, Δελτία συμβάντων, Καταστάσεις κίνησης επιβατών και οχημάτων, Δελτία ναυτιλιακής κίνησης, Διάφορες βεβαιώσεις Λ.Α), Γραφείο Ναυτολογίας (Σήματα Γ.Ε.Ν.Ε. ανέργων ναυτικών).