Τμήμα Α' Ποινικής Δίωξης: Άρσεις Τηλεφωνικού Απορρήτου, δικογραφίες που έχουν τεθεί στο αρχείο και αφορούν σε υπουργούς και βουλευτές ετών 1992-1999
Τμήμα Ανηλίκων: φάκελοι κοινωνικής έρευνας (2004)
Τμήμα Εκτελέσεως Ποινών: Βιβλίο προτάσεων ναρκωτικών
Τμήμα Πρωτοκόλλου: Βιβλία Εισερχομένων-Εξερχομένων εγγράφων
Τμήμα Ερήμην Αποφάσεων: βιβλία κοινοποιήσεων ερήμην αποφάσεων
Τμήμα Διοικητικού: φάκελοι προκαταρκτικών-πειθαρχικών εξετάσεων κατά υπαλλήλων συμβολαιογράφων, δικαστικών επιμελητών, υποθηκοφυλάκων που τέθηκαν στο αρχείο μέχρι του έτους 2011

Το αρχείο της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθηνών προέρχεται από τέσσερα τμήματα και αφορά σε :

• Τμήμα Διοικητικού : Βιβλία Πρωτοκόλλου (1986-1990)
• Τμήμα Μηνύσεων και Ποινικής Δίωξης : Βιβλία Μηνύσεων
• Τμήμα Ερήμην Μονομελούς
• Τμήμα Αγορανομίας : Πρωτόκολλα και Ευρετήρια (1981-1992), βιβλία μηνύσεων (1981-1996) και βιβλία ωρίμων (1981-1990)
Επίσης, βιβλία λιπομαρτύρων και βιβλία εφέσεων, βιβλία Β' Ποινικής δίωξης, βιβλία ερήμην τριμελούς, βιβλίο καταχώρησης πιστώσεων