Το αρχείο αποτελείται από τις σειρές: α) "Εκκλησιαστικά" με περιεχόμενο που αφορά στα Επαρχεία Κερκύρας, Κεφαλληνίας, Ζακύνθου, Λευκάδος, Ιθάκης, Κυθήρων και Παξών και β) "Εκπαιδευτικά" με υποσειρές που αφορούν τη Γενική Διεύθυνση Αρχοντείου, την Ανώτατη και Εκκλησιαστική Εκπαίδευση καθώς και αλφαβητικά ευρετήρια καθηγητών, σπουδαστών, προκαταρκτικών σχολείων και κληροδοτημάτων.

Αρχείο Ιωάννη-Βαπτιστή Θεοτόκη, τμήμα του ιδιωτικού Αρχείου Δαφνή. Σχέδια επιστολών του Ι. Β. Θεοτόκη, διάφορα αποσπάσματα ημερολογίων του Ιωάννη Βαπτιστή Θεοτόκη (1822, 1833), το corpus των επιστολών του F. Zambelli προς τον Ι. Β. Θεοτόκη, αποσπάσματα εφημερίδων της εποχής σχετικά με τον ελληνικό Αγώνα, αρκετά έγγραφα που αφορούν τα στρατιωτικά σώματα των φιλελλήνων αλλά και τηλεγραφήματα σχετικά με το γαλλοαυστριακό πόλεμο (1859), ένα αντίγραφο επιστολής του Ugo Foscolo προς τον πρώην Έπαρχο Ζακύνθου Dionisio Bulzo (1827) κ.α.