Στα νεότερα χρόνια, τις περιόδους 1947-1952, 1955-1961 και 1967-1974, το νησί της Γυάρου χρησιμοποιείται από τις εκάστοτε κυβερνήσεις ως τόπος φυλακής και εξορίας.
Στη νοτιανατολική πλευρά του νησιού δημιουργήθηκαν πέντε περιφραγμένα στρατόπεδα, στους αντίστοιχους πέντε όρμους του νησιού, όπου η διαμονή γινόταν κυρίως σε σκηνές κάτω από εξαιρετικά δύσκολες συνθήκες. Οι πρώτες οικοδομικές εργασίες ξεκίνησαν το 1947. Περιλάμβαναν εκβραχισμούς και διαμορφώσεις του εδάφους, διάνοιξη δρόμων, χτίσιμο ειδικών κτηρίων, αποθηκών, φυλακίων, πυροβολείων κ.ά. Ανάμεσα στον Δ΄ και τον Ε΄ όρμο χτίστηκε με αναγκαστική εργασία από τους κρατούμενους το κτήριο των φυλακών. Οι εργασίες διήρκεσαν από το 1948 ως το 1951. Πρόκειται για οικοδόμημα μεγάλων διαστάσεων, επίμηκες, ορθογώνιας κάτοψης. Αναπτύσσεται συμμετρικά γύρω από έναν άξονα που έχει κατεύθυνση Α–Δ, επάνω σε κεκλιμένο έδαφος που διαμορφώθηκε σε τέσσερα επίπεδα. Μορφολογικά το κτήριο ακολουθεί τα πρότυπα αντίστοιχων φυλακών της Δυτικής Ευρώπης.
Επάνω στο νησί βρίσκεται νεκροταφείο όπου έχουν ενταφιαστεί 20 πολιτικοί κρατούμενοι.
Το 2001, με την υπ’ αριθμ. ΔΠΑ/11131 απόφαση του υπουργού Αιγαίου (ΦΕΚ 772/Δ/19-9-2001), χαρακτηρίστηκαν διατηρητέα τα κτήρια των φυλακών καθώς και όλα τα οικοδομήματα, οι εγκαταστάσεις και οι κατασκευές που βρίσκονται στις περιοχές των πέντε όρμων του νησιού της Γυάρου, και καθορίστηκαν ειδικοί όροι και περιορισμοί στη δόμησή τους. Ακολούθησε ο χαρακτηρισμός από το υπουργείο Πολιτισμού του νησιού της Γυάρου ως ιστορικού τόπου, με την υπ’ αριθμ. Γ/4016/68475/17-12-2001 υπουργική απόφαση.