Ο Homer A. Thompson γεννήθηκε στο Devlin, ένα παραμεθόριο χωριό στο Οντάριο του Καναδά στις 7 Σεπτεμβρίου 1906. Έλαβε το πτυχίο του και το μεταπτυχιακό του από το Πανεπιστήμιο British Columbia και το διδακτορικό του από το Πανεπιστήμιο του Michigan. Το 1929, όταν ήταν ακόμη φοιτητής στο Πανεπιστήμιο του Michigan, ένας από τους καθηγητές του, ο Benjamin Dean Meritt, ο οποίος θα γινόταν στενός φίλος και συνάδελφος στο Institute for Advanced Study, συνέστησε τον Thompson στον T. Leslie Shear, Sr., ο οποίος συγκέντρωνε προσωπικό για την Αμερικανική Σχολή Κλασικών Σπουδών την πρώτη χρονιά ανασκαφής της Αθηναϊκής Αγοράς. Έτσι ξεκίνησε η δια βίου σύνδεση του Homer A. Thompson με την Αγορά. Κατά τη διάρκεια των ανασκαφών το 1931, συνάντησε την Dorothy Burr, την πρώτη γυναίκα που διορίστηκε Μέλος των ανασκαφών της Αθηναϊκής Αγοράς. Τρία χρόνια αργότερα, το 1934, παντρεύτηκαν.
Η διδασκαλία ήταν μέρος της ζωής του Thompson όπως και η ανασκαφή: για δεκαετίες περνούσε τα καλοκαίρια του στην Αθήνα και το ακαδημαϊκό έτος πίσω από το αναλόγιο. Ήταν καθηγητής Κλασικής Αρχαιολογίας και Τέχνης και Αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Τορόντο (1933-1947) και διετέλεσε επίσης Αναπληρωτής Διευθυντή του Βασιλικού Μουσείου του Οντάριο, Τορόντο και Επιμελητής της Κλασικής Συλλογής (1933-1947). Αλλά το 1942, ο Thompson στρατολογήθηκε στις Εφεδρικές Μονάδες Βασιλικού Ναυτικού του Καναδά. Από το 1943 έως το 1945 πέρασε μεγάλο μέρος του χρόνου του στο Μπάρι της Ιταλίας υπηρετώντας ως Αξιωματικός της Υπηρεσίας Πληροφοριών. (Οι δραστηριότητες αυτές του επέτρεψαν να παρακολουθεί τι συνέβαινε στην Αθήνα, όπως φαίνεται στις επιστολές του από το Μπάρι προς την οικογένεια και τους φίλους του [βλ. Σειρά VI]). Όταν οι Γερμανοί αποχώρησαν από την Αθήνα, ο Thompson επέστρεψε για να συνεχίσει ανασκαφές σε μια τραγικά φτωχή πόλη τώρα στη δίνη του ελληνικού εμφυλίου πολέμου.
Το 1947, ο Thompson διορίστηκε Διευθυντής των Ανασκαφών της Αγοράς και, τον ίδιο χρόνο, έγινε μέλος του Institute for Advanced Study, όπου παρέμεινε μέχρι τη συνταξιοδότησή του. Όμως, μαζί με την ανασκαφή και την έρευνά του, συνέχισε να διδάσκει (Πανεπιστήμιο του Princeton (1954-1971), Πανεπιστήμιο Columbia (1968-1969), Πανεπιστήμιο Oxford (1959-1960), Πανεπιστήμιο Aberdeen (1964), Πανεπιστήμιο California, Berkeley (1978) και Αρχαιολογικό Ινστιτούτο της Αμερικής (1978-1979). Ταξίδεψε επίσης στις Ηνωμένες Πολιτείες και τον Καναδά, δίνοντας διαλέξεις για το Αρχαιολογικό Ινστιτούτο της Αμερικής και διορίστηκε σε θέση λέκτορα στην Αυστραλία, Καναδά, Αγγλία και Σουηδία. Φαίνεται ότι δεν μπορούσε ποτέ να πει «όχι» σε μια πρόσκληση για να μιλήσει για το ενδιαφέρον του, δίνοντας ομιλίες σε γυμνάσια και κοινωνικές λέσχες.
Ήταν επίσης ενεργό μέλος πολλών οργανισμών: υπηρέτησε στο διοικητικό συμβούλιο και σε πολλές επιτροπές της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών στην Αθήνα και του Αρχαιολογικού Ινστιτούτου της Αμερικής και σπάνια απέρριπτε αιτήματα για υποστήριξη ανασκαφών. Του απονεμήθηκαν τιμητικοί τίτλοι από πανεπιστήμια και κολέγια στις Ηνωμένες Πολιτείες, τον Καναδά, την Ελβετία, τη Γαλλία και την Ελλάδα. Του απονεμήθηκε το Χρυσό Μετάλλιο του Αρχαιολογικού Ινστιτούτου Αμερικής για Διακεκριμένο Αρχαιολογικό Επίτευγμα (1972) και έλαβε πολλές άλλες διακρίσεις (the University Museum, University of Pennsylvania’s Lucy Wharton Drexel Gold Medal (1978), the British Academy’s Kenyon Medal for Classical Studies (1991), and the American Philosophical Society’s Thomas Jefferson Medal for Distinguished Achievement in the Humanities (1996)).
Η επιστημονική φήμη του Thompson στον τομέα της ελληνικής αρχαιολογίας φαίνεται και διαφυλάσσεται σε πολλά άρθρα και βιβλία του. Οι επαφές του απλώνονταν σε όλο τον κόσμο από αρχαιολόγους, κλασικιστές, ιστορικούς του εικοστού αιώνα έως αξιόλογα ονόματα εκτός του χώρου. Ήταν ένας παραγωγικός και πρόθυμος επιστολογράφος. Ακόμη και οι πιο απλές ερωτήσεις από μικρά παιδιά λάμβαναν προσεγμένες απαντήσεις. Παρόλο που, σύμφωνα με μαρτυρίες του, αρνήθηκε να βοηθήσει τους νεώτερους συναδέλφους του, ο απίστευτος αριθμός συστάσεων και αιτήσεων επιχορηγήσεων που έγραψε για την υποστήριξη νέων φοιτητών αντικρούει τον ισχυρισμό του. Ενθάρρυνε και υποστήριξε φοιτητές από την πρώην Σοβιετική Ένωση να σπουδάσουν στις ΗΠΑ σε μια εποχή που αυτή η υποστήριξη δεν ήταν ο κανόνας. Ήταν γενναιόδωρος με το υλικό του και ανοιχτόμυαλος σε νέες ιδέες στο χώρο.