Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

1) Τμήμα 1 Γενικής Λιμενικής Αστυνομίας: Ακτοπλοϊκή - πορθμιακή κίνηση επιβατών.Στοιχεία πνιγμών. Δελτία συμβάντων. Δελτία συμβάντων. Επισκευές πλοίων / Πυρασφάλεια λιμένων / Αναζητήσεις / Ασφάλεια λιμένων. 2) Τμήμα 3 Κανονισμών και Διατάξεων: Συλλογή στοιχείων για νομοθεσία. Έλεγχος αλιείας. Προστασία αλιείας-αλιεράτες. Έλεγχος σπογγαλιείας-προστασία λοιπών υδρόβιων οργανισμών. Άδειες αλιευτικών σκαφών. Δίωξη-κυρώσεις για παράνομη αλιεία. Διακίνηση ιχθύων και λοιπών αλιευμάτων. Διεθνείς συμβάσεις-αλιευτικά θέματα ΕΟΚ. Υδατοκαλλιέργειες. Διάφορα: Απεργίες. Λεμβολόγια. Υποβρύχια δραστηριότητα. Προστασία υγείας και ασφάλειας εργαζομένων. Παροπλισμένα πλοία. Ναυάγια

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Αποφάσεις και προκηρύξεις (decreti, terminazioni e proclami) των Προβλεπτών της Υγείας (Proveditori alla Sanita). Αποφάσεις, δικογραφίες, δικαστικές αποφάσεις και ποινές του Συμβουλίου της Υγείας (Collegietto di Sanita) που αφορούν στην προστασία της δημόσιας υγείας. Αναφορές του Ιατρικού Συμβουλίου (Collegietto Medico), καταθέσεις σχετικές με τις αφίξεις και τις αναχωρήσεις των πλοίων που προσορμίζονται στο λιμάνι και στις ακτές της νήσου Κέρκυρας. Ναυτολόγια, προέλευση των επιβατών και των φορτίων που επιβιβάζονται στο λιμάνι της Κέρκυρας, διαβατήρια (καθώς και αναθεωρήσεις) και άδειες του Υγειονομείου, πιστοποιητικά θανάτου και γεννήσεων, ονομαστικοί κατάλογοι των υγειονομικών υπαλλήλων (deputati sanitarii) των αλιευτικών, αλληλογραφία και σχετικά έγγραφα, εγγυήσεις, βεβαιώσεις του λοιμοκαθαρτηρίου, γνωστοποιήσεις (notificazioni), λιμενικά τέλη, επισκευές πλοίων, αιτήσεις και αναφορές.