Η ιστορία του σχολείου ακολουθεί και προσαρμόζεται στις εξελίξεις και αλλαγές, εκπαιδευτικές, οικονομικές, κοινωνικές, ιδεολογικές, πολιτικές της περιόδου.
Παρόλο που το αρχειακό υλικό χρονολογείται από το 1917, το 7ο Γυμνάσιο αρρένων Αθηνών, όπως το γνωρίζουμε από το 1933 μέχρι τη θέσπιση της συνεκπαίδευσης των δύο φύλων, λειτούργησε αρχικά ως «7ο εν Αθήναις Γυμνάσιον» στο οποίο μάλιστα το 1911 είχε αποφασιστεί η μετακίνηση του Α΄ Βαρβακείου (Κλασικού) Γυμνασίου που μέχρι τότε στεγαζόταν στο κτήριο της οδού Αθηνάς.
Το 1918, το Ι’ Γυμνάσιο Αθηνών μετονομάζεται σε 7ο εν Αθήναις Γυμνάσιον με Βασιλικό Διάταγμα στις 14 Ιουνίου 1918 «Περί μετονομασίας ελληνικών σχολείων αρρένων και ιδρύσεως ελληνικών σχολείων θηλέων κλπ.» (ΦΕΚ 136 / 19-6-1918, τ. Α΄). Ένα περίπου χρόνο πριν, το 7ο Γυμνάσιο είχε μετονομασθεί σε γυμνάσιο θηλέων με το Βασιλικό Διάταγμα στις 2 Σεπτεμβρίου 1917 «Περί ονομασίας ελλην. σχολείων και γυμνασίων Αθηνών ως τοιούτων των θηλέων» (ΦΕΚ 189 / 5-9-1917, τ. Α΄) επισημαίνοντας ότι από το ίδιο σχολικό έτος, 1917-1918, απαγορεύεται η εγγραφή μαθητριών στα υπόλοιπα ελληνικά σχολεία και γυμνάσια της πόλης των Αθηνών. Ωστόσο επιτρέπεται σε μαθητές να εγγραφούν στην πρώτη και δεύτερη τάξη των ελληνικών σχολείων θηλέων της Αθήνας εφόσον ο αριθμός των μαθητριών στην καθεμία από τις προαναφερθείσες τάξεις δεν υπερβαίνει τις 40.
Το 1923 επιτάχθηκε από το Ταμείο Περιθάλψεως Προσφύγων, για να στεγαστούν προσωρινά Μικρασιάτες πρόσφυγες. Κατά την περίοδο, λοιπόν, 1923 – 1924 το 7ο Γυμνάσιο δεν λειτούργησε, γεγονός που προκαλούσε τις έντονες αντιδράσεις των γηγενών. Γι’ αυτό το υπουργείο Παιδείας εξέφρασε προς το Ταμείο Περιθάλψεως την επιθυμία «να εκκενώσουν οι πρόσφυγες το σχολείο». Αυτό έγινε αφορμή για την ανέγερση, άρον – άρον, του πρώτου αστικού προσφυγικού οικισμού στο Παγκράτι.
Μετά την ανέγερση των προσφυγικών συνοικισμών της Καισαριανής και του Βύρωνα και με το δεδομένο ότι δεν λειτουργούσαν σ’ αυτούς Γυμνάσια, αυξήθηκε υπερβολικά ο αριθμός των μαθητών του 7ου Γυμνασίου Αρρένων. Γι’ αυτό επί κυβερνήσεως Ελευθερίου Βενιζέλου και υπουργίας Γεωργίου Παπανδρέου θεμελιώθηκε το 1931 το σχολικό συγκρότημα, το οποίο δεσπόζει απέναντι από το Άλσος Παγκρατίου, στο οικοδομικό τετράγωνο το περικλειόμενο από τις οδούς Σπύρου Μερκούρη, Στράβωνος, Πρατίνου και Δουρίδος. Σύμφωνα με εντοιχισμένη επιγραφή τα εγκαίνια έγιναν το 1933. Στο ισόγειο και στον 1ο όροφο του κτηρίου συστεγάστηκαν το 7ο Γυμνάσιο Αρρένων και το 4ο Γυμνάσιο Θηλέων τα οποία λειτουργούσαν εκ περιτροπής πρωί – απόγευμα, καθώς και το 1ο Δημοτικό Σχολείο Αθηνών.
Αξίζει να σημειωθεί εδώ το γεγονός ότι στα βιβλία του σχολείου κατά τη δεκαετία του 1920 και πιθανότατα μέχρι την ίδρυση του Δ΄ Γυμνασίου θηλέων Αθηνών καταχωρίζονται ονόματα μαθητριών, κάτι το οποίο φαίνεται να συμβαίνει και σε άλλα γυμνάσια της πόλης1. Ο θεσμός της συνεκπαίδευσης εκτός από τα σχολεία της Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης αρχίζει να εμφανίζεται, με ανεπίσημο τρόπο, και στα δημόσια σχολεία της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης αφού πολλές μαθήτριες εγγράφονταν σε αυτά με δυναμικό τρόπο και συμφοιτούσαν με αγόρια. Έτσι κατά τη σχολική χρονιά 1910-11 στα δευτεροβάθμια σχολεία αρρένων συνεκπαιδεύονται 1221 μαθήτριες με 30178 μαθητές. Η πρακτική αυτή της συνεκπαίδευσης καθώς και ο συνεχώς αυξανόμενος αριθμός των μαθητριών που εγγράφονταν στα σχολεία των αρρένων οδήγησε την Πολιτεία στην ίδρυση των πρώτων δημόσιων Ελληνικών Σχολείων και Γυμνασίων Θηλέων το 1917, όπως αναφέρθηκε παραπάνω,2 χωρίς να λείπουν και τα προβλήματα που συνοδεύονταν από την ενέργεια αυτή. Σύμφωνα, λοιπόν, με τα πεπραγμένα του Ζ΄ Γυμνασίου Αθηνών για το σχολικό έτος 1928-1929, ο διευθυντής του σχολείου αναφέρεται στα προβλήματα που δημιουργούσε η φοίτηση θηλέων στο Γυμνάσιο όχι μόνο κατά τη διάρκεια των διαλειμμάτων αλλά και κατά τη συνδιδασκαλία μαθητών και μαθητριών λόγω της μη πρέπουσας ανατροφής των μαθητριών που ήταν «τέκνα εργατών ή μικροαστών».3
Επιπλέον, το αρχείο του 7ου Γυμνασίου (αρρένων) εμπεριέχει τμήμα του αρχείου του ΙΕ΄ Ελληνικού Σχολείου που έχει καταργηθεί από το 1929 με τη εκπαιδευτική μεταρρύθμιση του 1929 κατά την οποία καταργούνται τα Ελληνικά Σχολεία υποχρεώνοντας τα γυμνάσια να απορροφήσουν το διδακτικό προσωπικό και το μαθητικό δυναμικό όσων ελληνικών σχολείων μέχρι τότε επόπτευαν. Έτσι, σύμφωνα με το νόμο 4373/13-8-1929 «περί διαρρυθμίσεως των σχολείων της Μέσης Εκπαιδεύσεως» τα ελληνικά σχολεία ή ημιγυμνάσια των πόλεων καταργούνται εφόσον λειτουργεί γυμνάσιο ή πρακτικό λύκειο, ενώ στις κωμοπόλεις στις οποίες δεν λειτουργεί γυμνάσιο ή πρακτικό λύκειο μετατρέπονται προσωρινά σε διτάξια ημιγυμνάσια. Κατά τα άνω διατεταγμένα μετατρέπονται ή ιδρύονται και ίδια γυμνάσια θηλέων. Η εκπαίδευση γίνεται δωδεκαετής με εξατάξιο δημοτικό σχολείο και εξατάξιο γυμνάσιο.
Με τον Αναγκαστικό Νόμο 770/1937 «Περί των σχολείων της Μέσης Εκπαιδεύσεως» (ΦΕΚ 263 / 13-7-1937, τ.Α’) η Μέση Εκπαίδευση χωρίστηκε σε δύο κύκλους, ο πρώτος ήταν πενταετής και δεχόταν μαθητές που είχαν τελειώσει το δημοτικό, ενώ ο δεύτερος ήταν τριετής παρέχοντας το δικαίωμα στους απόφοιτους να συμμετέχουν σε εισαγωγικές εξετάσεις των ανώτερων και ανώτατων σχολών. Έτσι, τα γυμνάσια έγιναν οκτατάξια με εισαγωγική την Α΄ και τελευταία την Η΄ τάξη.
Το 1939 το δικτατορικό καθεστώς ανακαλεί την προηγούμενη απόφαση και δημιουργεί Γυμνάσιο με έξι έτη σπουδών (νέου τύπου) και Λύκειο ή Επιγυμνάσιο με διάρκεια σπουδών δύο έτη (Ζ΄- Η΄τάξη).
Τέλος, με το Νομοθετικό Διάταγμα 4379/1964 «Περί οργανώσεως και διοικήσεως της Γενικής (Στοιχειώδους και Μέσης) Εκπαιδεύσεως» καθιερώνεται η δωρεάν εκπαίδευση σε όλες τις βαθμίδες από την Πρωτοβάθμια μέχρι και την Ανώτατη και οι απόφοιτοι του Γυμνασίου εγγράφονται στο Λύκειο (3 τάξεις) μετά από εισαγωγικές εξετάσεις, ενώ στο νυχτερινό Λύκειο η φοίτηση είναι τετραετής.
Επιστρέφοντας στην ιστορία του σχολείου, στην περίοδο της Κατοχής, το συγκρότημα επιτάχθηκε από τους Ιταλούς, οι οποίοι το μετέτρεψαν σε στρατιωτικό νοσοκομείο ή σε στρατώνες και τα σχολεία αναγκαστικά στεγάστηκαν σε άλλο κτήριο. Ταυτόχρονα λειτούργησε εκεί και συσσίτιο για τους μαθητές και τους καθηγητές των δύο Γυμνασίων καθώς και για τους κοινωνικά ασθενέστερους κατοίκους της περιοχής.
Τα γερμανικά κατοχικά στρατεύματα που στρατωνίζονταν στις αίθουσες του σχολικού συγκροτήματος το εκκένωσαν στις 30 Αυγούστου 1944 (εφημερίδα ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ, φύλλο της 1ης Σεπτεμβρίου 1944). Έτσι τα Γυμνάσια του Παγκρατίου από το σχολικό έτος 1944 – 1945 λειτούργησαν στο αρχικό τους κτήριο.
Το σχολείο ως αμιγώς αρρένων λειτούργησε μέχρι το 1979 που ήταν η πρώτη χρονιά λειτουργίας μικτών τάξεων, μόνο όμως για την Α΄ Γυμνασίου και την Α' Λυκείου. Πλήρως μικτό έγινε ένα χρόνο αργότερα, το Σεπτέμβριο του 1980.
