Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Αλληλογραφία, ιδιωτική και εμπορική, ενδεικτική της οικονομικής δραστηριότητος των αδελφών Μανταφούνη. Περιλαμβάνονται έγγραφα των επιχειρήσεων:

1. Ατμοπλοΐα Μανταφούνη, έδρα Πειραιεύς: Ατμόπλοια «΄Ελση», «Μυκάλη», «Θεμιστοκλής».
2. Οίκος Μανταφούνη. Ch. P. Mantafounis, vins muscats de Samos en Gros, έδρα Βρυξέλλες.
   Αλληλογραφία του Μανώλη Π. Μανταφούνη, οινεμπόρου στο Καρλόβασι Σάμου με τον αδελφό του Chr. P. Mantafounis, ο οποίος διατηρεί αποθήκη στην Αθήνα και εκπροσωπεί τον εμπορικό οίκο στην Αθήνα και το Βέλγιο ενώ εμπορεύεται, εκτός από οίνους, και άλλα προϊόντα (οίνος, καπνά, δαφνόφυλλα, όπλα κ.ά.). "

Το αρχείο περιλαμβάνει τον βαρύτιμο δερματόδετο κώδικα «Α» (1805-1873) του αρχείου της κοινότητας, καθώς και τρεις ακόμη τέτοιους κώδικες (που όμως περιέχουν αρκετά άγραφα φύλλα), με λιγοστά λυτά έγγραφα που βρέθηκαν μεταξύ των σελίδων τους.

Επίσης περιλαμβάνει αντίγραφα κοινοτικής αλληλογραφίας του 19ου αι., πίνακες των συνδρομών που μάζευε η ελληνορθόδοξη «καπέλλα» του Αγίου Γεωργίου της Λειψίας στα ετήσια πανηγύρια «Λαμπρής» και «Μιχαήλ», απογραφές υλικού, πρακτικά συνελεύσεων ως το 1885, και κυρίως το ληξιαρχικό αρχείο της Ελληνικής Κοινότητας Λειψίας από το 1800 ως το 1941. Σε αυτό το τελευταίο εντοπίζονται βιβλία ή «δίπτυχα» βαφτίσεων, γάμων και θανάτων, καταγράφονται δε - εκτός από βαφτίσεις, γάμους και θανάτους που λάμβαναν χώρα στη Λειψία- συμβάντα στη Δρέσδη, ενίοτε το Βερολίνο, τη Φρανκφούρτη ή και άλλα μέρη της Γερμανίας. Τα τελευταία κατάλοιπα του αρχείου συμπίπτουν σχεδόν με την καταστροφή της εκκλησίας και των γραφείων της παροικίας κατά το Β' Παγκόσμιο Πόλεμο.

Το υλικό της συλλογής αποτελείται από έγγραφα και εφημερίδες σχετικά με το Συνέδριο των Ελληνικών Παροικιών στο εξωτερικό που έλαβε χώρα στο Παρίσι, τον Ιανουάριο του 1916, και υποστήριξε την πολιτική του Βενιζέλου, ανταποκρίσεις ειδησεογραφικών πρακτορείων, άρθρα και αποκόμματα εφημερίδων για τον αποκλεισμό των Συμμάχων, τα Νοεμβριανά, την πολιτική κατάσταση και τις κυβερνήσεις Αθηνών και Θεσσαλονίκης (Οκτώβριος-Δεκέμβριος 1916) καθώς και από μία σειρά άρθρων περί Βενιζέλου (1909-1915). Επίσης από μία επί μέρους συλλογή εγγράφων (χειρόγραφα σημειώματα, διάλεξη, επιστολές) του γιατρού Τομάζου Σγουρδαίου για διάφορα θέματα σχετικά με τον ελληνισμό της Τουρκίας, την εκλογή Εθνικού Συμβουλίου των Αλύτρωτων Ελλήνων κ.ά. Περιλαμβάνονται σημαντικοί, χειρόγραφοι, αναλυτικοί γενεαλογικοί πίνακες για τις φαναριώτικες οικογένειες Φωτιάδη και Βυζαντίου που συνέταξε ο Αλέξανδρος Ν.Δ.Φωτιάδης το 1928 με βάση σημειώματα του πατέρα του.

Αρχείο Μητροπολίτη Ιγνάτιου Ουγγροβλαχίας:

1. Τέσσερις (4) επιστολές: επιστολή του Εμ. Παπαδόπουλου από τη Ρωσία στις 15 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του κόμητος Γ. Μοτσενίγου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του ίδιου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, επιστολή καπεταναίων από την Αγία Μαύρα (Λευκάδα) στις 3 Απριλίου 1807 προς τον Ιγνάτιο.
2. Συνθήκη Επτανησίων και Αλή Πασά στην Κέρκυρα στις 9 Νοεμβρίου 1803.
3. Έγγραφα της Φιλομούσου Εταιρείας των ετών 1813, 1815, 1817 και 1820 και της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας του 1836.
4. Εξήντα εννιά (69) επιστολές προς τον Ιγνάτιο των ετών 1799, 1807, 1816 έως 1827.
5. Ογδόντα πέντε (85) επιστολές προς τον Ιγνάτιο στη γαλλική γλώσσα των ετών 1809-1827.
6. Είκοσι μία (21) επιστολές και έγγραφα προς τον Ιγνάτιο σχετικά με την Επανάσταση των ετών 1819-1827
7. Διάφορα:
   -Τεύχος με αντίγραφο των Πρακτικών της Β' Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως, ήτοι του υπ΄αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων περί Οργανισμού των Ελληνικών Επαρχιών.
   -Αντίγραφο του υπ' αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων.
   -"Πρακτικά της Β΄ Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως".
   -"Πρόσκαιρος γενικός Οργανισμός της Πελοποννήσου και των άλλων μερών της Ελλάδος μέχρι της αποκαταστάσεως του Έθνους",
   -"Διαταγή της Ημέρας" Αλέξανδρου Υψηλάντη εν Ριμνίκω (Μολδοβλαχίας) τη 8η Ιουνίου 1821,
   • Δίφυλλο που συντάχθηκε στο Λιβόρνο στις 30 Νοεμβρίου 1827 και περιέχει συμφωνητικό των ομογενών του Λιβόρνο περί βοηθείας των αιχμαλώτων Ελλήνων.
     -"Grece, cause de sa Resolution et son Etat Actuel. Le 1/13 Octobre 1822. Pise (Πίζα)",
     -"La Grece en 1823". Pise (Πίζα) le 18/30 Avril 1824,
     -Το Σύνταγμα της Α' Εθνικής Συνελεύσεως,
     -Ίσον (αντίγραφο) από το μπουγιουρντί του Βεζίρ Η(Ο)μέρ Πασιά Εφεντός μας, Νεχώρι 8 Απριλίου 1823.
     -"Traduction de la Lettre de Lord Thomas Erskine au Comte de Liverpool au sujet des Grecs".
     -"Copie de la lettre de M. Eynard au Gouvernt grec. Geneve 27 Fevrier (1826?)".
     -Αντίγραφο επιστολής του Eynard στα γαλλικά προς την Ελληνική Κυβέρνηση εκ Beaulieu στις 27 Νοεμβρίου 1826.
     -"Declaration aux Puissances Chretiens" εκ Κορίνθου τη 15 Απριλίου 1822 εκδοθέν υπό του Εκτελεστικού.
     -Αντίγραφο των πρακτικών της Συνελεύσεως της Δυτικής Χέρσου Ελλάδος, Μεσολόγγι 4 Νοεμβρίου 1821.
     -"Το εκφωνηθέν λογίδριο παρά του Σχολαρχούντος διδασκάλου Κων. Βαρδαλάχου της εν Βουκουρεστίω Αυθεντικής Σχολής κατά την επισήμως γενομένη έναρξιν των μαθημάτων τη α' Σεπτ. 1820" και
     -¨Λογίδριον εκφωνηθέν παρά του εκλαμπροτάτου Πεηζαδέ Νικολάου Σούτζου κατά την επισήμως γενομένην έναρξιν των μαθημάτων εν τη Αυθεντική Σχολή τη εν Βουκουρεστίω τη α' Σεπτ. 1820".