Το αρχείο αντιστοιχεί στα παρακάτω Τμήματα: Τμήμα Εκκλησιαστικόν: Προϋπολογισμοί, απολογισμοί μονών, διοικητικά θέματα, συνενώσεις-προσαρτήσεις μονών κ.ά. Τμήμα Μέσης και Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις Ελληνικών σχολείων και Γυμνασίων, Εθνική Βιβλιοθήκη, Διδασκαλεία, Αστεροσκοπείο, στρατιωτική εκπαίδευση κλπ. Τμήμα Δημοτικής Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις, σύσταση και κατάσταση δημοτικών σχολείων, ιδιωτικά σχολεία κλπ. Τμήμα Αρχαιολογικόν: Θέματα προσωπικού, ανασκαφές, μουσεία, απαλλοτριώσεις, αρχαιολογικές εργασίες, ποικίλα ζητήματα Τμήμα Λογιστικόν: Εγκρίσεις δαπανών, εντάλματα, οδοιπορικά κλπ.