Το Αρχείο Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου αποτελείται από 300 περίπου αρχειακούς φακέλους, οι οποίοι περιλαμβάνουν: το Πρωτόκολλο του Μουσείου (έως το 1982), αλληλογραφία περιοδικών εκθέσεων, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής αντικειμένων, υπηρεσιακούς φακέλους υπαλλήλων, καθώς και λοιπά επιμέρους θέματα που σχετίζονται με τη διοίκηση αλλά και την επιστημονική δράση του ιδρύματος.