Έγγραφα Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1824-1871)
Προσωπικά έγγραφα του Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1824-1871): απονομή του τίτλου Cavalliere από τον βασιλιά της Ισπανίας (1824) ˑ συστατική επιστολή του Gaspare Cav. Salvi, καθηγητή στην Ακαδημία του Αγίου Λουκά (Ρώμη), για τον Λύσανδρο Καυταντζόγλου (1836) ˑ έγγραφα σχετικά με την ανέγερση «Πάνθεου» από τον Λύσανδρο Καυταντζόγλου (1836) ˑ έκθεση για την κατασκευή του ναού της Παντάνασσας στην Πάτρα (1852) ˑ δίπλωμα διορισμού του ως καθηγητή της αρχιτεκτονικής στην Ακαδημία του Αγίου Λουκά (Ρώμη, 1856) ˑ έκθεση για την ανέγερση μνημείου στην Αδριανούπολη (1828, 1859) ˑ εκλογή του ως μέλους της βασιλικής Ακαδημίας του San Fernando (Ισπανία 1867) ˑ σχέδια επιστολών του Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1868) και, υπόμνημα προς τον βασιλιά για την ανέγερση του ναού του Αγίου Κωνσταντίνου (1871).
Αρχείο Κωνσταντίνου Κοντογόνη (1844-1877)
Επιστολές προς τον Κωνσταντίνο Κοντογόνη, κυρίως μαθητών του (1858-1862).
Λόγοι του Κωνσταντίνου Κοντογόνη εκφωνηθέντες στις επετείους της ίδρυσης του Πανεπιστημίου Αθηνών (1848-1861).
Αγγελίες και κατάλογοι συνδρομητών από διάφορες περιοχές της Ελλάδας για την έκδοση του «Ευαγγελικού Κήρυκα» (1857-1877) και της «Εκκλησιαστικής Ιστορίας» (1864) ˑ κατάστιχο εξόδων της έκδοσης του «Ευαγγελικού Κήρυκα» (1869-1872).
Απολογισμοί και εκθέσεις πεπραγμένων του Αρσακείου κατά τα έτη (1851-1874) ˑ επικήδειοι λόγοι εκφωνηθέντες από τον Κωνσταντίνο Κοντογόνη κατά τα έτη (1850-1877) ˑ ομιλίες προς τις μαθήτριες του Αρσακείου (1868-1873) και προς τους μαθητές της Ριζαρείου Σχολής (1857).
Σημειώσεις του Κοντογόνη με θέμα τα επιτύμβια (1822-1860) ˑ εισηγήσεις για διδακτορικά διπλώματα ˑ χειρόγραφα επιστημονικών μελετών και άρθρων του ˑ πανεπιστημιακά συγγράμματα θεολογικού και φιλοσοφικού περιεχομένου: «Εγκυκλοπαιδεία και μεθοδολογία των θεολογικών επιστημών» ˑ «Εισαγωγή εις την Αγίαν Γραφήν», «Ερμηνεία εις τον Ιώβ», «Ερμηνεία των ψαλμών», «Ερμηνεία των επιστολών του Αποστόλου Παύλου», «Ερμηνεία εις την Α’ του Πέτρου επιστολήν», «Βίος του Ευαγγελιστού Ματθαίου», «Εγχειρίδιο εβραϊκής αρχαιολογίας», «Κρίσεις για την εβραϊκή αρχαιολογία» (1844), «Περί εβραϊκής γλώσσας» ˑ σημειώσεις σχετικά με την ιταλική γλώσσα και λογοτεχνία ˑ «Εκκλησιαστική Ιστορία», «Εκκλησιαστικοί συγγραφείς Δ’ Εκατονταετηρίδας», «Ελληνισταί», «Σαμαρείται».
Κλασικοί: «Ανακρέοντος εις έρωτα», «Σημειώσεις εις τον Κατά Κτησιφώντος λόγον του Αισχύνου», «Ιερωνύμου Ουολφίου και Ιωάννου Ιακώβου Ρεισκίου σημειώσεις εις τον Ολυνθιακόν πρώτον λόγον του Δημοσθένους», σημειώσεις εις τον «Περί Στεφάνου λόγον του Δημοσθένους», «Περί Ηροδότου», «Βίος Θεοκρίτου» κ.ά.
Μετάφραση του έργου του Noël Desvergers «Αβυσσινία». Σημειώσεις για τη συγγραφή άρθρων και μελετών του Κωνσταντίνου Κοντογόνη «Περί Αθεϊστών», «Αστέριος», «Το ενιαίον του Θεού πανταχού παραδεδεγμένον» κ.ά. Ποίημα με τον τίτλο «Εις Μαρίαν».

Ογδόντα δύο (82) επιστολές του Παύλου Ιωάννου προς τον Κωνσταντίνο Κοντογόνη κατανεμειμένες στη χρονική περίοδο 1858-1862 ως εξής: δέκα τέσσερις επιστολές από Βιέννη (Σεπτέμβριος - Οκτώβριος 1858), σαράντα δύο επιστολές από Βιέννη (Ιανουάριος - Δεκέμβριος 1859), επτά επιστολές από Βιέννη (Ιανουάριος - Φεβρουάριος 1860), έντεκα επιστολές από Παρίσι και Λονδίνο (Οκτώβριος - Δεκέμβριος 1861), οκτώ επιστολές από Παρίσι και Πίζα (Ιανουάριος - Μάρτιος 1862).
Το περιεχόμενο των επιστολών αναφέρεται στις συνθήκες διαβίωσης του Ιωάννου, στη θεωρητική και πρακτική άσκησή του στη Χειρουργική και Ανατομία, στις επιστημονικές και συγγραφικές δραστηριότητές του γενικότερα, και σε πρόσωπα (Έλληνες και ξένους) που συναναστρέφεται κατά τη διάρκεια της παραμονής του στην Ευρώπη.