Βιβλία: Γραφείο Προσωπικού (Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Τετράδια: Γραφείο Προσωπικού (Άδειες προσωπικού), Φάκελοι: Γραφείο προσωπικού (Ατομικοί φάκελοι, Πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής καθηκόντων, Γενική Επιθεώρηση – Φάκελος Επιθεωρήσεων Λιμενικών Σταθμών, Φάκελος Μονίμων Διαταγών – Επιθεώρηση Λ/Σ – Υ/Λ [4580.5]), Γραφείο Νηολογίων (Τμήμα Ναυτιλιακής Πολιτικής, Επιθεώρηση Νηολογίου από Εισαγγελική Αρχή, Χορήγηση Διεθνών Διακρατικών Σημάτων, Μεταβολές – Υποθηκολόγια, Εποπτεία Ναυτικού Επιμελητηρίου), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας – Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (ΒΝΓ κοινή αλληλογραφία ναυπηγικών θεμάτων πλοίων, Μηνιαία στατιστικά δελτία ναυτιλιακής κίνησης).

Φάκελοι: Γραφείο Ναυτολογίας – ΝΑΤ (Αρχεία συμβολαιογραφικών εγγράφων, Συλλογικές συμβάσεις εργασίας, Αρχεία στατιστικών στοιχείων, Αρχεία ΓΕΝΕ: Ατομικοί Φάκελοι Επιδοτούμενων Ναυτικών, Ημερήσιος Πίνακας Συμβάντων, Αντίγραφο Ημερολογίου Συμβάντων, Κατάλογοι-Καταστάσεις ΓΕΝΕ – άνεργων ναυτικών για επιδότηση), Γραφείο Γραμματείας – Διεκπαιρέωσης Ταχυδρομείου (Στατιστικά στοιχεία ΔΘΣ (2253.3-1), Επιβατική κίνηση λιμένα Σκιάθου (2253.1-2), Καταστάσεις προς Λ.Τ. Σκοπέλου: στατιστικά, Καταστάσεις προς Λ.Τ. Σκιάθου: στατιστικά), Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας (Χορήγηση στοιχείων ΔΕΚΠΑ).

Φάκελοι: Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας (Άδειες αλιείας ερασιτεχνικών σκαφών, Δελτία συμβάντων, Κ.Φ. 3112 Ερυθρά Δελτία, Δικαιολογητικά έκδοσης και ανανέωσης ατομικών αδειών ερασιτεχνικής αλιείας, Δικαιολογητικά έκδοσης – ανανέωσης – θεώρησης επαγγελματικών αδειών αλιείας σκάφους, Καταστάσεις επιβατών – Επιθεωρήσεις σκαφών), Γραφείο Επιστασίας (Δικαιολογητικά προκηρύξεων Λιμενικού Σώματος), Γραφείο Τ.Ε.Ε.Π. [Τμήμα Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων] (Κ.Φ. 1421ΑΣΠ Επιθεωρήσεις σκαφών, Έκτακτες επιθεωρήσεις πλοίων), Γραφείο Ασφάλειας ( Κ.Φ. 3312.38 Αναζήτηση – απώλεια – απόδοση λέμβων, Σήματα ασφάλειας, Δελτία Εγκληματικών Αναζητήσεων (Δ.Ε.Α.), Απώλεια λέμβων – Πειθαρχικά).

Φάκελοι: Ατομικοί φάκελοι απερχόμενου προσωπικού, Φάκελος ημερήσιων διαταγών γραφείου επιστασίας, Φάκελος Υ/Ξ και Λ/Φ κοινό αρχείο αριθ. Πρωτ. 1120, Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Βιβλία: Ημερήσιες διαταγές Λιμενάρχη Σκιάθου, Γραφείο Γραμματείας: Βιβλία Πρωτοκόλλου εισερχόμενων σημάτων, Βιβλία Πρωτοκόλλου εισερχόμενων εγγράφων, Γραφείο Π.Ο.Ν (Παράρτημα Οίκου Ναύτου): Βιβλίο Εισερχόμενων – Εξερχόμενων σημάτων.

Φάκελοι: Γραφείο Επιστασίας – Προσωπικού (Ανάγκες Λ.Α. σε μέσα – εξοπλισμό – προσωπικό, Τμήμα βασικής εκπαίδευσης, Απλούστευση διαδικασιών, Επεξεργασία – προώθηση νομοθετικών ρυθμίσεων, Τμήμα νομοπαρασκευαστικής εργασίας – Διάφορα Θέματα, Ποινικές υποθέσεις προσωπικού, Κατάρτιση μητρώου εκπαιδευτών Λ.Σ, Διάφορα θέματα- ΑΜΕΑ, Προγράμματα μετεκπαίδευσης – επιμόρφωσης προσωπικού Λ.Σ, Επικοινωνία με πολίτες- ΚΕΠ, Αλληλογραφία με φορείς Δημοσίου, Μετεκπαίδευση – επιμόρφωση προσωπικού Λ.Σ.), Γραφείο Οικονομικού Ελέγχου (Προϋπολογισμοί ετών), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοϊας (Σήματα σχετικά με καταζητούμενα πλοία, Συλλογή στοιχείων- Πληροφοριών για υφιστάμενους θαλάσσιους κινδύνους, Συμμόρφωση πλοίων στον διεθνή κανονισμό αποφυγής συγκρούσεων, Έρευνα και διάσωση θαλάσσιας περιοχής ευθύνης Ελλάδας, Οδηγίες για ασφάλεια Ναυσιπλοΐας, Παρακολούθηση θεμάτων σχετικά με την υπηρεσία Φάρων), Γραφείο Επιτελικού (Εκθέσεις επιθεωρήσεων Λιμενικών Αρχών υπαγωγής Υ/Χ Σκοπέλου, Αποσπασμένοι 2009, Διάφορα έγγραφα).

Βιβλία: Έκδοσης αδειών εκτελέσεως πλόων σκαφών, Πρωτότυπων ναυτολογίων, Απόπλου πλοίων, Κατάπλου πλοίων, Εσόδων εξόδων γραφείου ασφάλειας ναυσιπλοΐας, Φάκελοι: Υπεύθυνες δηλώσεις ανέργων – επιδοτούμενων ναυτικών, Βιβλία εγγραφής μικρών σκαφών (ΒΕΜΣ) αλιείας – Αιτήσεις για χορήγηση αδειών αλιείας εγγεγραμμένων στα ΒΕΜΣ, Συνήθης αλληλογραφία - ανακρίσεις (τομέας ασφάλειας). Δειγματοληπτικά.