Το αρχείο περιέχει υπηρεσιακά βιβλία: Πρωτόκολλα και ευρετήρια, Διεκπεραιώσεως και επιδόσεως, Ποιότητας προσωπικού, Δημοτικής εκπαίδευσης, Μέσης εκπαίδευσης, Ιερατικών σχολείων, Πανεπιστημίου, Μοναστηριακά - Εκκλησιαστικά, Λογιστικά - Οικονομικά.

Το αρχείο αποτελείται από επτά σειρές το περιεχόμενο των οποίων προέρχεται από τη διοικητική δραστηριότητα των αντίστοιχων τμημάτων του Υπουργείου και μία σειρά που περιέχει σχέδια εγγράφων. Οι σειρές αντιστοιχούν στα παρακάτω τμήματα: Τμήμα Α’- Εκκλησιαστικά και Γενικά Θέματα, Τμήμα Β’- Ανωτέρα και Μέση Εκπαίδευση, Τμήμα Γ’-Δημοτική Εκπαίδευση, Τμήμα Δ’-Αρχαιότητες και Τμήμα Ε’-Λογιστικό. Δύο επιπλέον σειρές περιέχουν ποικίλα και χρηματικά εντάλματα.