Το Αρχείο Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου αποτελείται από 300 περίπου αρχειακούς φακέλους, οι οποίοι περιλαμβάνουν: το Πρωτόκολλο του Μουσείου (έως το 1982), αλληλογραφία περιοδικών εκθέσεων, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής αντικειμένων, υπηρεσιακούς φακέλους υπαλλήλων, καθώς και λοιπά επιμέρους θέματα που σχετίζονται με τη διοίκηση αλλά και την επιστημονική δράση του ιδρύματος.

Το 1964, με αφορμή την έκθεση «Η Βυζαντινή Τέχνη, Τέχνη Ευρωπαϊκή» (Ζάππειο, Απρίλιος–Ιούνιος 1964), άρχισε στο Μουσείο η συγκρότηση Φωτογραφικού Αρχείου Βυζαντινής Τέχνης, με την τεχνική και οικονομική ενίσχυση του Συμβουλίου της Ευρώπης. Τον πυρήνα του Αρχείου αυτού θα αποτελούσε η συστηματική φωτογράφηση όλων των αντικειμένων που θα συγκεντρώνονταν στην Αθήνα για την έκθεση, με την προοπτική να εμπλουτιστεί αργότερα με τη συνεργασία ελληνικών και ξένων ιδρυμάτων. Το φιλόδοξο αυτό πρόγραμμα δεν ολοκληρώθηκε, φωτογραφήθηκαν ωστόσο όλα τα αντικείμενα της έκθεσης, για τα οποία υπήρχε σχετική έγκριση των Μουσείων, από τους ειδικούς φωτογράφους Ε. Σεράφη, Γ. Σκιαδαρέση και τις Ιωαννίδου και Μπαρτζιώτη.

Έγιναν συνολικά περίπου 2500 λήψεις σε αρνητικά 6×7 και 10×12,5 και τυπώθηκαν οι ανάλογες φωτογραφίες, όλες σε διαστάσεις 18×24. Τα αρνητικά και οι φωτογραφίες ταξινομήθηκαν με βάση τον αριθμό που είχε το εικονιζόμενο αντικείμενο στον κατάλογο της έκθεσης. Το αρχείο είναι πλήρως τεκμηριωμένο (περιγραφή θέματος, φωτογράφος, έτος λήψης κλπ).