Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: αποδείξεις, τιμολόγια, έγγραφα που αφορούν σε μισθολόγια προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: έγγραφα δρομολόγησης πλοίων και επιθεώρησης εμπορικών πλοίων, δελτία κινήσεως πλοίων, ποινολόγια πληρωμάτων
Γ. Αλληλογραφία: έγγραφα εισερχόμενα και εξερχόμενα, έγγραφα που αφορούν στις τοπικές συγκοινωνίες.

Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους με στοιχεία πλοίων: δελτία και καταστάσεις κατάπλου, απόπλου, επιβατών και φορτώσεως οχημάτων των πλοίων «ΘΗΣΕΑΣ», «ΜΑΡΘΑ» «ΜΑΡΙΑ ΠΑ», «ΝΗΣΟΣ ΚΥΘΗΡΑ», «Ε/Γ ΔΕΛΦΙΝΙ».

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.