Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Τμήματα – Διευθύνσεις - Γραφεία Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης, Ασφάλειας, Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης, Εθιμοτυπίας, Εσωτερικών Υποθέσεων, βιβλία παραδόσεως αλληλογραφίας, έγγραφα περί σύστασης Επιτροπών Ναυαγίων και Ναυαγοσωστών πολυσύχναστων παραλιών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί πληρωμάτων και δρομολογίων των πλοίων «ΣΑΡΩΝΙΚΟΣ», «ΜΑΡΙΑ», «ΚΑΝΤΙΑ», «ΑΝΔΡΕΑΣ ΙΙ», “ΠΗΓΑΣΟΣ», «ΜΗΛΟΣ ΕΞΠΡΕΣ» , «EL GRECO», «ΕΛΑΦΙ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΚΟΙΜΗΣΙΣ», περί δρομολογίων των πλοίων στη γραμμή Πούντα – Ελαφόννησος, δελτία ναυτιλιακής κίνησης
Γ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις ατομικών επαγγελματικών αδειών αλιείας, δελτία αλιευτικής δραστηριότητας
Δ. Στοιχεία Ναυτικών: καταστάσεις ανέργων ναυτικών
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: πίνακες βαρδιών προσωπικού, ατομικοί φάκελοι υπαλλήλων Λιμεναρχείου.