Το αρχείο Σπ. Μαρινάτου αποτελείται από περίπου 500 επιστολές Ελλήνων και ξένων που χρονολογούνται στο διάστημα 1929-1940. Ξεχωριστή θεματικά ενότητα αποτελούν οι επιστολές που σχετίζονται με το ταξίδι του ΣΜ στην Αμερική προσκεκλημένος του The Archaeological Institute of America. Επίσης ξεχωριστή ενότητα αποτελεί η μικρή συλλογή Στ. Ξανθουδίδη που αποτελείται από επιστολές του ΣΜ προς τον προκάτοχό του διευθυντή του Μουσείου Ηρακλείου και άλλα έγγραφα (1898-1928). Στους αλληλογράφους του ΣΜ περιλαμβάνονται γνωστοί Έλληνες και ξένοι αρχαιολόγοι όπως οι Γ. Μυλωνάς, Κ. Ρωμαίος, Γ. Μηλιάδης, Georg Karo και W. Doerpfeld, πολιτικοί όπως ο Ι. Μεταξάς, τοπικοί παράγοντες, πολίτες και ομογενείς.

Υπηρεσιακή αλληλογραφία του αρχαιολόγου Σπυρίδωνος Μαρινάτου, εφόρου στην Θ΄ Αρχαιολογική περιφέρεια Κρήτης (Ηράκλειο) και διευθυντή Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων. Η αλληλογραφία αναφέρεται κυρίως σε προαγωγές, επιστημονικές άδειες και διάφορα οικονομικά ζητήματα των υπηρεσιών. Ενδιαφέρον παρουσιάζει επιστολή του (11 Ιουλίου 1935) προς το υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων σχετικά με τις φήμες που τον ήθελαν ευνοϊκά διακείμενο στο κίνημα του Μαρτίου 1935.