Το αρχείο περιέχει αλληλογραφία του εμπόρου και λογίου Αθανασίου Ν. Βερναρδάκη με τους αδελφούς του Δημήτριο (1859-1906), Γρηγόριο (1870-1899) και τις αδελφές του Βασιλική, Αικατερίνη (1869-1908), επιστολές του Marquis Queux de St. Hilaire προς τον Αθανάσιο (1869-1883) και διάφορες χειρόγραφες ιστορικές και βιβλιογραφικές σημειώσεις. Περιλαμβάνεται επίσης αλληλογραφία και προσωπικά έγγραφα του γιου του Κωνσταντίνου Αθ. Βερναρδάκη (1909-1958), επιστολές του Johannes και της Augusta Schaeffer προς τη Μαρίνα Κ.Βερναρδάκη (1912-1939) και νομικά κείμενα, μελέτες και πληρεξούσια του Κωνσταντίνου Βικέλα, πεθερού του Αθανασίου. Στο αρχείο υπάρχουν αρκετές εκδόσεις έργων των Δημητρίου Ν. Βερναρδάκη (και δύο χειρόγραφα έργα του Αντιόπη και Νικηφόρος Φωκάς), Γρηγορίου Ν. Βερναρδάκη, Αθανασίου Ν. Βερναρδάκη και του γιου του Κωνσταντίνου.