Αρχείο Εμμανουήλ Μπενάκη (1904-1929)
Γενική αλληλογραφία (1904-1927): αλληλογραφία μεταξύ Εμμανουήλ Μπενάκη και Μακεδονικού Κομιτάτου σχετικά με την προσφορά όπλων και πυρομαχικών για την ενίσχυση του Μακεδονικού Αγώνα (1904-1906). Επιστολές Αντωνίου Μπενάκη προς τον Εμμανουήλ (1907)· αντίγραφα επιστολών του Εμμανουήλ Μπενάκη προς διαφόρους σχετικά με χορηγίες και άλλα θέματα: επιστολές των : Ελευθερίου Βενιζέλου, Νικολάου Πλαστήρα, Θεόδωρου Πάγκαλου, Γεωργίου Κονδύλη, κ.ά.· επιστολές του Γιάννη Βλαχογιάννη σχετικά με την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» (1907-1921)· επιστολές αναφερόμενες στην αγορά της Βιβλιοθήκης του Γιάννη Ψυχάρη από τον Εμμανουήλ Μπενάκη (1915, 1923-1927).
Έγγραφα σχετικά με την υπηρεσία του Εμμανουήλ Μπενάκη στο Υπουργείο Γεωργίας (1911), καθώς και στη Δημαρχία Αθηνών (1914-1916)· καταθέσεις και απολογία του Εμμανουήλ Μπενάκη και άλλων μαρτύρων στη δίκη για τα Νοεμβριανά (1916)· έγγραφα σχετικά με τη λειτουργία και τη διαχείριση του Πατριωτικού Ιδρύματος, στο οποίο υπήρξε πρόεδρος (1912, 1917-1918).
Υπόθεση δολοφονίας Ίωνα Δραγούμη· ένταλμα σύλληψης του Εμμανουήλ Μπενάκη, ως ηθικού αυτουργού (1921).
Χορήγηση υποτροφιών σε άπορους φοιτητές, καταγόμενους κυρίως από τη Μικρά Ασία, προκειμένου να συνεχίσουν τις σπουδές τους στο εξωτερικό (1920-1925)· εισήγηση στη Βουλή για την ίδρυση σανατορίων (1923). Ευχαριστήριες επιστολές από διάφορα σωματεία και επιτροπές για χρηματικές δωρεές και αγαθοεργίες.
Αλληλογραφία Βιργινίας Μπενάκη (1919-1928).
Οικογενειακή αλληλογραφία: επιστολές Βιργινίας Μπενάκη, Αντωνίου Μπενάκη, Πηνελόπης και Στέφανου Δέλτα προς τον Εμμανουήλ Μπενάκη. Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1904-1925).
Τιμητικά διπλώματα και μετάλλια (1907-1927)· λογαριασμοί, αποδείξεις (1913-1928)· έγγραφα διανομής περιουσίας (1929)· έντυπα.

Αρχείο Αντωνίου Μπενάκη (1906-1954)
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη με τους: Κωνσταντή Σαράφη, Γιάννη Βλαχογιάννη, Κωνσταντή και Σταμάτη Χωρέμη σχετικά με την περισυλλογή των έργων του Αλέξανδρου και του Παναγή Σούτσου, καθώς και τη χρηματοδότηση της έκδοσης των «Απάντων» (1906).
Αλληλογραφία με τον Γιάννη Βλαχογιάννη, κυρίως για την έκδοση του «Χιακού Αρχείου» και για τις αγορές ιστορικών κειμηλίων, εγγράφων και βιβλίων (1907-1927)· αλληλογραφία με τον Δημήτριο Καμπούρογλου και τον Χριστόφορο Νομικό για θέματα αγορών ιστορικών κειμηλίων, αρχείων κ.ά. (1911-1919). Αλληλογραφία με τους: Αδαμάντιο Αδαμαντίου και Στέφανο Πάργα για την προετοιμασία και την έκδοση βιβλίου Βυζαντινής ιστορίας (1923-1925).
Αλληλογραφία με τον Ελευθέριο Βενιζέλο για την ίδρυση του Φυτοπαθολογικού Ινστιτούτου (1929) και με τον Σπυρίδωνα Μαρινάτο για τις ανασκαφές της Αμισού (1932)· ευχαριστήριες επιστολές προς τον Αντώνιο Μπενάκη για δωρεές έργων τέχνης και χρημάτων από τα ιδρύματα: Βυζαντινό Μουσείο, Εφορεία Αρχαιοτήτων Μακεδονίας, Αγγλοελληνικό Σύνδεσμο, Αθλητικό όμιλο Κηφισιάς, Σχολή Καλών Τεχνών, Εθνική Πινακοθήκη, βιβλιοθήκη της Βουλής κ.ά. (1920-1945).
Δωρεές προς τον Ναυτικό Όμιλο από το 1935 έως το 1940.
Αλληλογραφία του Αντωνίου Μπενάκη, ως μέλους της Μονίμου Επιτροπής Διεθνούς Καλλιτεχνικής Εκθέσεως Βενετίας, με καλλιτέχνες, αρμόδιους φορείς, για τη συμμετοχή ελλήνων καλλιτεχνών στη Bienalle (1929-1953).
Έγγραφα σχετικά με τις Δελφικές Εορτές. Αλληλογραφία, λογαριασμοί, αντιμισθίες ηθοποιών και ορχήστρας, φάκελος δικογραφίας κατά του Μπούρλου (1929-1934).
Αλληλογραφία και δημοσιεύματα τύπου σχετικά με τον θάνατο του Ίωνα Δραγούμη (1935).
Αλληλογραφία αναφερόμενη στη διενέργεια εράνου για την αποστολή βιταμινών και ειδών ιματισμού στους δεινοπαθούντες Έλληνες, μέσω του Ερυθρού Σταυρού και της Φανέλας του Στρατιώτη (1944-1948).
Τιμητικά διπλώματα (1912-1947)· ομιλίες και δημοσιεύματα ύστερα από τον θάνατο του Αντωνίου Μπενάκη (1954)

Ατομικά έγγραφα σχετικά με τη συμμετοχή του Στέφανου Δούκα στην αντίσταση (1941-1944): πιστοποιητικό πατριώτη (1945), προτάσεις για απονομή διάκρισης (1945), υποβολή δικαιολογητικών αναγνώρισης οργανώσεων (1950), έκθεση δράσης του Στέφανου Δούκα (1970) κ.ά.
Αντίγραφα αναφορών, επιστολών, διαταγών, εκθέσεων, δελτία πληροφοριών κ.ά., σχετικά με την οργάνωση ΜΥΔΑΣ στην Πελοπόννησο (1943)ˑ επιστολές, αναφορές, ονομαστικές καταστάσεις εργασθέντων στην οργάνωση ΜΥΔΑΣ κατά το διάστημα (1942-1944)ˑ εκθέσεις για τη δράση των μελών της οργάνωσης (1943) ˑ άδειες αναχωρήσεων των μελών της οργάνωσης από τις ιταλικές αρχές (1943) ˑ συνοπτική έκθεση των εργασιών του επιτελείου της οργάνωσης ΜΥΔΑΣ (Αύγουστος 1942 – Οκτώβριος 1944).
Εκθέσεις του στρατηγείου Ρούμελης της Ε.Κ.Κ.Α. 5/42 Συντάγματος Ευζώνων (Ιούνιος 1943 - Απρίλιος 1944) ˑ αντίγραφα εγγράφων αναφερόμενα στο ιστορικό της Ε.Κ.Κ.Α., δελτία πληροφοριών, εκθέσεις επιχειρήσεων (Νοέμβριος – Δεκέμβριος 1943), διαταγές κ.ά. Κείμενο του Στέφανου Δούκα με τον τίτλο «Σκέψεις», που εκφράζει τις απόψεις του για την οργάνωση του αντιστασιακού αγώνα, αναφερόμενος κυρίως στην Ε.Κ.Κ.Α. από την αρχή της γερμανικής κατοχής έως το τέλος ˑ οικονομικά και λογαριασμοί της οργάνωσης (1943-1944).
Έκθεση πεπραγμένων της υπηρεσίας σαμποτάζ της οργάνωσης «Απόλλων» (Ιούλιος – Οκτώβριος 1944) ˑ έγγραφα σχετικά με την αναγνώριση των αντιστασιακών οργανώσεων (1944-1950) ˑ βιβλιάριο εσόδων-εξόδων της ίδιας υπηρεσίας (1944) ˑ αναλυτική έκθεση για την οργάνωση και τη δράση της Ο.Π.Δ. Απόλλων (1969) ˑ απόσπασμα έκθεσης του Άλκη Δελμούζου για την αποφυλάκισή του από τους Γερμανούς (1945).
Αντίγραφα αναφορών και κοινοποιήσεων του Γενικού Στρατηγείου του Ε.Λ.Α.Σ. (1944), καθώς και διαταγές του Γενικού Αρχηγείου των Ε.Ο.Ε.Α. (1944). Αντίγραφα εγγράφων της συνδιάσκεψης στην Πλάκα για την κατάπαυση των εχθροπραξιών μεταξύ Ε.Δ.Ε.Σ. –Ε.Λ.Α.Σ. (1943-1944) κ.ά. ˑ οδοιπορικός χάρτης Αθήνα – Λάρισας (1903).

Φωτογραφίες των οπλαρχηγών του Μακεδονικού Αγώνα: Χρυσοστόμου Χρυσομαλλίδη (Παπαδράκου), Γερμανού Καραβαγγέλη (1912), Παύλου Γυπαράκη, Ιωσήφ Κουδουράκη, Νικολάου Πρωτόπαπα κ.ά. αφιερωμένες στον Δημήτριο Καλαποθάκη.
Ο διάδοχος Κωνσταντίνος με αξιωματικούς και πρίγκιπες στο μέτωπο της Ηπείρου (1913).
Ο Ελευθέριος Βενιζέλος κατά την επιθεώρηση στο Μακεδονικό μέτωπο (1917-1918). Αξιωματικοί και πολίτες κατά την περίοδο της Μικρασιατικής Εκστρατείας· ο βασιλιάς Κωνσταντίνος έτοιμος να επιβιβαστεί σε ατμάκατο, πιθανόν μετά τις νίκες των Βαλκανικών πολέμων.